PDB-4tkt: Streptomyces platensis isomigrastatin ketosynthase domain MgsF KS6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tkt

タイトル

Streptomyces platensis isomigrastatin ketosynthase domain MgsF KS6

要素

AT-less polyketide synthase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / NatPro / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

: / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces platensis subsp. rosaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.4289 Å

データ登録者

Chang, C. / Li, H. / Endres, M. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J.R. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. ...

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural and evolutionary relationships of "AT-less" type I polyketide synthase ketosynthases.
著者: Lohman, J.R. / Ma, M. / Osipiuk, J. / Nocek, B. / Kim, Y. / Chang, C. / Cuff, M. / Mack, J. / Bigelow, L. / Li, H. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Phillips, G.N. / Shen, B.

履歴

登録	2014年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月18日	Group: Other
改定 1.2	2016年11月2日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.3	2023年3月22日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tkt.cif.gz	234.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tkt.ent.gz	189.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tkt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4tkt_validation.pdf.gz	454.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4tkt_full_validation.pdf.gz	457.1 KB	表示
XML形式データ	4tkt_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	4tkt_validation.cif.gz	33 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/4tkt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/4tkt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4opeC 4opfC 4oqjC 4qyrC 4wkyC 4zdnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2grv-2 4qyr-d 1d4c-3 2ff3-d 6i4k-d 3cip-d 5vg7-1 3zyz-d 1esv-d 1nm1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC109613 TargetTrack: NATPRO-GO.121602

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (15) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AT-less polyketide synthase

ヘテロ分子

67.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.331, 83.331, 203.725
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	AT-less polyketide synthase 分子量: 66580.242 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 3137-3758 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces platensis subsp. rosaceus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0U2E4

-
非ポリマー , 5種, 167分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.28 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6M Magnesium sulfate, 0.1M MES pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97913 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月17日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97913 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4289→50 Å / Num. all: 31779 / Num. obs: 31725 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.3 % / B_iso Wilson estimate: 38.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Χ²: 0.9 / Net I/av σ(I): 27.96 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 326286

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.4289-2.47	10	0.983	1557	0.66	100
2.47-2.52	10.4	0.855	1567	0.666	100
2.52-2.57	10.5	0.689	1533	0.668	100
2.57-2.62	10.5	0.68	1590	0.675	100
2.62-2.67	10.5	0.512	1574	0.677	100
2.67-2.74	10.5	0.445	1519	0.704	100
2.74-2.81	10.5	0.406	1604	0.709	100
2.81-2.88	10.5	0.302	1554	0.724	100
2.88-2.97	10.5	0.218	1574	0.744	100
2.97-3.06	10.4	0.191	1567	0.787	100
3.06-3.17	10.4	0.153	1559	0.861	100
3.17-3.3	10.4	0.115	1587	0.941	100
3.3-3.45	10.4	0.1	1581	1.057	99.9
3.45-3.63	10.3	0.079	1589	1.221	100
3.63-3.86	10.2	0.072	1576	1.269	100
3.86-4.15	10.2	0.064	1621	1.359	100
4.15-4.57	10.1	0.059	1595	1.386	100
4.57-5.23	10	0.052	1624	1.235	100
5.23-6.59	10	0.044	1644	0.895	100
6.59-50	9.5	0.039	1710	0.75	97

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.4289→41.612 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.23 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2378	1334	5.08 %	Random selection
R_work	0.1827	-	-	-
obs	0.1854	26238	82.57 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4289→41.612 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4330	0	35	161	4526

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4474
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.655	6089
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.659	1560
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.025	658
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	806

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4289-2.5158	0.2589	59	0.2752	1213	X-RAY DIFFRACTION	41
2.5158-2.6165	0.3862	93	0.2725	1427	X-RAY DIFFRACTION	49
2.6165-2.7355	0.3451	105	0.2675	1732	X-RAY DIFFRACTION	59
2.7355-2.8797	0.3877	126	0.2577	2715	X-RAY DIFFRACTION	90
2.8797-3.0601	0.2653	162	0.2401	2876	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0601-3.2963	0.3033	164	0.2165	2884	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2963-3.6278	0.2255	159	0.1813	2922	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6278-4.1523	0.2101	151	0.1467	2928	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1523-5.2299	0.1688	164	0.1343	3021	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2299-41.618	0.2131	151	0.1687	3186	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1805	-0.1779	-0.1841	1.9741	-0.0796	2.5781	-0.039	0.2189	0.3436	-0.1189	-0.0114	0.1197	-0.6115	-0.2665	0.0818	0.4037	-0.0096	-0.104	0.2673	-0.025	0.3228	35.2215	20.0623	29.2082
2	1.5176	0.0235	0.3067	0.9176	0.2053	1.8246	-0.0997	0.412	0.0667	-0.2047	0.0547	-0.0386	-0.1994	0.1374	0.0478	0.2759	-0.0731	-0.0098	0.3733	0.0297	0.2267	41.772	6.3622	16.1749
3	2.0237	-0.7904	-0.7404	1.017	-0.186	2.1176	-0.0841	-0.0296	-0.3432	0.0403	0.0098	0.1143	-0.007	-0.2082	0.0769	0.222	-0.037	0.0049	0.338	-0.0329	0.3613	35.0536	-0.5495	26.9845
4	0.8264	-0.2829	0.2071	1.2208	0.1808	1.4346	-0.2029	-0.0966	0.0741	0.0836	0.1525	0.0211	-0.173	0.3049	0.026	0.2088	-0.0592	-0.0321	0.2924	0.0232	0.266	44.7076	9.589	30.1947
5	1.0308	-0.0154	-0.7112	1.1829	0.0611	0.6429	-0.0745	-0.0721	0.316	0.0449	0.0893	-0.2342	-0.4836	0.4507	0.013	0.3579	-0.1751	-0.0718	0.5367	-0.0286	0.4008	55.0432	17.68	40.7344
6	0.8687	-0.4198	0.0451	1.73	0.0216	0.7726	-0.1514	-0.067	0.5217	-0.0735	0.0386	-0.4026	-0.7751	0.4925	0.0874	0.5521	-0.228	-0.0529	0.4468	0.0147	0.5617	52.1492	27.0337	34.6031
7	0.0709	-0.0596	-0.1859	0.0147	-0.2588	2.1618	-0.058	0.0239	0.2291	-0.1359	-0.0614	-0.1002	-0.2833	0.0629	0.1267	0.4745	-0.1662	0.0663	0.515	0.0451	0.407	51.5237	17.2602	4.335
8	0.2865	0.104	-0.19	0.6075	-0.4431	2.1425	-0.0402	0.0702	0.0571	-0.2615	0.0067	-0.165	-0.0293	0.415	0.0129	0.4058	-0.0684	0.0498	0.5544	0.0413	0.358	48.3853	11.2928	-2.3169

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3139 through 3199 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 3200 through 3257 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 3258 through 3295 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 3296 through 3400 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 3401 through 3476 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 3477 through 3565 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 3566 through 3651 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 3652 through 3754 )

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