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- PDB-4s3q: Amylomaltase MalQ from Escherichia coli in complex with maltose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s3q
タイトルAmylomaltase MalQ from Escherichia coli in complex with maltose
要素4-alpha-glucanotransferase
キーワードTRANSFERASE / Glucoside hydrolase clan H / maltose / maltodextrin / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


4-alpha-glucanotransferase / 4-alpha-glucanotransferase activity / beta-maltose 4-alpha-glucanotransferase activity / maltose catabolic process / glycogen catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / MalQ N-terminal beta sandwich domain / Glycoside hydrolase, family 77 / 4-alpha-glucanotransferase / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / IODIDE ION / 4-alpha-glucanotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Weiss, S.C. / Schiefner, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for the Interconversion of Maltodextrins by MalQ, the Amylomaltase of Escherichia coli.
著者: Weiss, S.C. / Skerra, A. / Schiefner, A.
履歴
登録2015年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Database references
改定 1.22015年9月16日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-alpha-glucanotransferase
B: 4-alpha-glucanotransferase
C: 4-alpha-glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,61617
ポリマ－236,9483
非ポリマー1,66814
水8,413467
1
A: 4-alpha-glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8307
ポリマ－78,9831
非ポリマー8476
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 4-alpha-glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4886
ポリマ－78,9831
非ポリマー5055
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 4-alpha-glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2994
ポリマ－78,9831
非ポリマー3163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.132, 77.019, 128.403
Angle α, β, γ (deg.)76.110, 75.480, 66.310
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 4-alpha-glucanotransferase / Amylomaltase / Disproportionating enzyme / D-enzyme


分子量: 78982.664 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b3416, JW3379, malA, malQ / プラスミド: pASK75-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P15977, 4-alpha-glucanotransferase
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20 %(w/v) PEG3350, 200 mM NaH2PO4, 250 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, protein concentration 13 mg/ml, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月12日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→35 Å / Num. all: 138781 / Num. obs: 138781 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 36.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 12.02
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.20.3943.034087118524196.4
2.2-2.40.2664.336227628228196.1
2.4-2.70.1556.86204228114195.9
2.7-30.08710.763934017858195.1
3-3.50.04617.393819517415193.1
3.5-40.0325.05206349462190.3
4-60.02628.862926213423189.6
6-80.02529.874573424193.6
8-100.0232.9726391215193.2
10-350.0233.3424301118181.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MAR345データ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4S3R

4s3r


解像度: 2.1→34.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / WRfactor Rfree: 0.247 / WRfactor Rwork: 0.2073 / FOM work R set: 0.7556 / SU B: 14.029 / SU ML: 0.182 / SU R Cruickshank DPI: 0.2463 / SU Rfree: 0.2013 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2584 6970 5 %RANDOM
Rwork0.2208 ---
all0.2227 138780 --
obs0.2227 138780 94.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.6 Å2 / Biso mean: 39.119 Å2 / Biso min: 14.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-1 Å2-0.05 Å2
2---0.88 Å20.15 Å2
3---0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16350 0 51 467 16868
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01916830
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0215676
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2751.95122866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.769336054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.75952043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.11123.769804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.025152763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.92615117
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.22410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02119122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023981
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4360.998190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4360.998189
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7711.48210227
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 516 -
Rwork0.294 9981 -
all-10497 -
obs--96.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.34850.21372.54333.90921.84888.5011-0.00890.00320.07560.05670.06640.6424-0.1822-0.6681-0.05750.3898-0.00260.06490.33430.07540.3107-2.064-6.330521.0335
25.15224.18780.6215.1072.40542.39190.10440.0489-0.26110.2371-0.12080.05080.393-0.28280.01640.7956-0.1179-0.12370.14770.03110.475913.5365-36.476910.7914
31.30630.20790.46220.869-0.36281.9609-0.06380.1314-0.0274-0.08840.07280.01780.0070.0237-0.00910.5287-0.0121-0.00570.0813-0.05680.048627.133-3.15133.4859
40.49680.39830.18962.0926-0.17862.2433-0.0258-0.14210.04410.2218-0.0070.1249-0.20880.00620.03280.47950.0418-0.03680.1362-0.07790.0733.12334.290828.2465
57.9698-0.9541-0.42260.9967-0.9354.07060.1060.43480.4098-0.22610.01360.3149-0.201-0.2187-0.11970.47320.106-0.06010.4106-0.00690.2266-7.6342-32.1022-53.3075
65.30092.97440.04164.9639-0.43113.07430.01530.1143-0.0191-0.02020.07970.51810.2342-0.6822-0.0950.514-0.0704-0.01620.36180.02220.1687-10.5717-50.9579-23.7601
71.82950.0944-0.18110.61860.15260.70390.06550.0845-0.2263-0.0078-0.0564-0.03940.13-0.0128-0.00920.58790.0183-0.02850.1538-0.05190.043721.723-44.6919-40.2254
81.15080.1293-0.39681.4169-0.16231.49030.1685-0.03570.1190.0224-0.0790.0171-0.24970.0076-0.08950.56970.008-0.00040.1519-0.07160.046323.575-18.4559-35.6283
95.8015-3.0952-0.63156.0425-0.42765.3798-0.1251-0.1645-0.37350.29360.0060.6220.639-0.30070.11910.5982-0.07270.10950.1751-0.12790.4041-22.2371-51.085345.6055
106.59140.79422.57533.9303-0.79622.7788-0.00120.7475-0.2093-0.4549-0.01770.49620.1837-0.2030.01890.57890.0018-0.09190.5316-0.21190.2058-22.4612-33.687414.7902
111.2183-0.241-0.21791.45320.41860.8667-0.11620.0099-0.07820.08540.0380.16150.0387-0.02630.07830.45760.011-0.01290.1551-0.05270.0421-12.2278-17.962146.4323
120.7174-0.2755-0.11240.90240.19921.9367-0.1553-0.0767-0.12840.14550.1294-0.1570.2690.35980.02590.46880.0908-0.01090.2609-0.07550.106510.2633-31.375550.9331
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2A52 - 129
3X-RAY DIFFRACTION3A130 - 485
4X-RAY DIFFRACTION4A486 - 691
5X-RAY DIFFRACTION5B2 - 43
6X-RAY DIFFRACTION6B52 - 129
7X-RAY DIFFRACTION7B130 - 485
8X-RAY DIFFRACTION8B486 - 694
9X-RAY DIFFRACTION9C2 - 43
10X-RAY DIFFRACTION10C52 - 129
11X-RAY DIFFRACTION11C130 - 485
12X-RAY DIFFRACTION12C486 - 690

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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