PDB-4s3j: Crystal structure of the Bacillus cereus spore cortex-lytic enzym...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4s3j

タイトル

Crystal structure of the Bacillus cereus spore cortex-lytic enzyme SleL

要素

Cortical-lytic enzyme

キーワード

HYDROLASE / TIM Barrel / N-acetylglucosaminidase / Spore cortex

機能・相同性

Chitinase A; domain 3 - #10 / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases / TIM Barrel / Roll / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Christie, G. / Chirgadze, D.Y. / Ustok, F.I.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural and functional analysis of SleL, a peptidoglycan lysin involved in germination of Bacillus spores.
著者: Ustok, F.I. / Chirgadze, D.Y. / Christie, G.

履歴

登録	2015年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月23日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4s3j.cif.gz	744.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4s3j.ent.gz	630.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4s3j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4s3j_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4s3j_full_validation.pdf.gz	463.3 KB	表示
XML形式データ	4s3j_validation.xml.gz	57.6 KB	表示
CIF形式データ	4s3j_validation.cif.gz	88.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/4s3j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/4s3j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4s3kC 3cz8S 4f55 4fet C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1n59-1 2gt9-1 4zfz-2 1bhm-d 3p8v-d 2x70-1 6apn-2 5gsb-d 5ttk-4 5ynj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cortical-lytic enzyme

B: Cortical-lytic enzyme

C: Cortical-lytic enzyme

ヘテロ分子

146 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cortical-lytic enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cortical-lytic enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Cortical-lytic enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	51.330, 62.730, 119.880
Angle α, β, γ (deg.)	92.70, 100.99, 108.39
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Cortical-lytic enzyme / LysM domain protein 分子量: 48530.141 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 2-430 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 10876 / 遺伝子: bcere0002_33520, DJ50_4346 / プラスミド: pNZ / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: C2N467
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.86 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M trisodium citrate buffer, pH 5.5, 20% (w/v) PEG 3,000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月21日
放射	モノクロメーター: Si(111) single bounce / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 182930 / Num. obs: 169576 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 17.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / R_sym value: 0.064 / Net I/σ(I): 18.74
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 13527 / R_sym value: 0.52 / % possible all: 78.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GDA		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3CZ8

3cz8

解像度: 1.6→47.811 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1767	1942	1.18 %	Random
R_work	0.1568	-	-	-
obs	0.157	164510	89.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.811 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10143	0	12	1336	11491

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	10398
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.18	14128
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.482	3832
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1568
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1820

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6391	0.2555	110	0.2183	8932	X-RAY DIFFRACTION	69
1.6391-1.6834	0.245	120	0.2029	10262	X-RAY DIFFRACTION	80
1.6834-1.733	0.2339	130	0.1923	10838	X-RAY DIFFRACTION	84
1.733-1.7889	0.2052	134	0.1859	11374	X-RAY DIFFRACTION	88
1.7889-1.8529	0.2045	142	0.18	11685	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8529-1.9271	0.2049	137	0.1781	11731	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9271-2.0148	0.2105	139	0.1733	11461	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0148-2.121	0.1914	143	0.166	12134	X-RAY DIFFRACTION	94
2.121-2.2539	0.1902	149	0.1587	12361	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2539-2.4279	0.1826	148	0.1528	12354	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4279-2.6722	0.1506	147	0.1494	12262	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6722-3.0588	0.158	144	0.1502	12070	X-RAY DIFFRACTION	93
3.0588-3.8535	0.1495	150	0.1446	12631	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8535-47.8323	0.1672	149	0.1428	12473	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5227	0.7395	0.0669	0.9314	0.1248	1.4285	-0.0367	-0.0749	-0.0578	0.0026	-0.0331	0.2096	-0.1181	-0.1479	-0.0007	0.0986	0.0344	-0.0567	0.1843	-0.0236	0.172	-27.1288	-1.308	94.6259
2	0.3641	0.2112	-0.0605	0.5537	-0.0162	0.4979	0.1171	-0.0619	-0.0359	0.2244	-0.1348	0.0856	0.0307	-0.066	0.0021	0.1619	-0.0501	-0.0053	0.1775	0.0111	0.1223	-24.1598	2.4731	109.7693
3	0.4079	0.1366	0.0811	0.7015	0.1503	0.5051	0.1583	-0.0622	0.0965	0.2978	-0.2088	0.1175	-0.1462	0.0215	0.043	0.3045	-0.0771	0.0349	0.1813	-0.0172	0.1556	-14.6073	32.7632	115.5893
4	0.3997	0.1435	-0.178	0.8327	0.072	0.7396	0.1183	-0.0108	-0.0642	0.238	-0.1471	-0.0497	-0.0538	0.0531	0.0049	0.1169	-0.0262	-0.0262	0.1378	0.0087	0.1132	-12.5231	11.4261	106.3585
5	0.9827	0.3895	0.1483	0.5935	0.0944	0.1859	0.0634	0.2555	0.0293	-0.2301	0.0044	0.1513	-0.0297	-0.1368	-0.0301	0.1539	0.1109	-0.0913	0.2358	0.0151	0.199	-13.4456	63.1698	63.1321
6	0.1758	-0.0843	-0.049	1.2115	-0.2757	0.4368	0.0865	0.067	0.0122	-0.1801	-0.0695	0.0316	-0.0345	-0.0491	-0.0103	0.1294	0.0609	-0.0036	0.1649	0.0198	0.1755	1.8011	57.8124	64.7751
7	0.5867	-0.042	0.1547	0.6634	-0.0395	0.5542	0.0529	0.0143	-0.1711	-0.1028	-0.0857	0.0244	0.1048	0.0035	0.0273	0.1153	0.0375	-0.0318	0.1482	0.0009	0.2015	6.6774	27.1727	75.2002
8	0.2422	-0.1072	-0.0617	0.189	0.094	0.1383	0.0047	-0.0742	-0.0516	0.0073	-0.0227	-0.072	0.0382	0.0302	0.0086	0.0034	0.061	-0.0557	0.1329	0.0084	0.1887	7.4307	45.3798	82.3445
9	0.1934	-0.0608	0.0438	0.1865	-0.0748	0.1891	0.0525	0.0403	-0.0354	-0.1142	-0.0724	0.0771	0.0392	-0.0601	-0.0165	-0.0136	0.0777	-0.0584	0.1551	-0.0107	0.1583	-6.6454	52.3257	75.1029
10	0.2368	0.1362	0.2826	1.273	0.4983	0.4528	-0.0473	-0.0489	-0.1856	-0.1992	0.0728	0.04	0.0937	-0.0274	-0.0363	0.4406	-0.0181	0.103	0.1781	0.0444	0.2347	-31.1309	21.2738	45.3132
11	0.2678	0.0524	-0.1418	0.4744	-0.0181	0.1413	0.0305	0.0026	0.0118	-0.1438	0.026	0.0211	0.1099	-0.0043	0.0855	0.7555	-0.1242	0.1881	0.1992	-0.0479	0.2623	-24.5419	25.1647	31.0966
12	0.3137	0.1984	-0.1977	0.7642	-0.2491	0.6089	-0.0727	-0.016	-0.058	-0.0105	-0.0142	-0.0514	-0.1742	0.1294	-0.185	0.6754	-0.1447	0.2433	0.2457	-0.0591	0.3133	-2.7077	48.068	35.2415
13	0.1999	0.0118	-0.1556	0.2818	-0.2064	0.6505	-0.0349	0.004	-0.0326	-0.0568	-0.0109	-0.0442	-0.0143	0.0835	-0.045	0.7649	-0.1603	0.2829	0.2693	-0.0669	0.3305	0.1434	49.6417	25.0819
14	0.3721	0.0956	-0.2072	0.0915	-0.1394	0.2253	-0.0095	0.0466	0.0175	-0.1212	0.0685	-0.0646	-0.0659	0.0157	0.1683	0.7788	-0.1322	0.2092	0.2187	-0.0289	0.2277	-18.6716	46.8185	25.4878
15	0.3886	0.234	-0.4139	0.2108	-0.1055	0.8807	-0.0162	0.0874	0.0205	-0.2967	0.0602	-0.0139	-0.0795	-0.0134	-0.058	0.5747	-0.0871	0.1331	0.1618	-0.0162	0.1991	-24.1462	45.6312	32.3315
16	0.4268	-0.1622	0.0279	0.2421	0.1476	0.1481	-0.1061	0.0242	-0.0443	-0.3568	0.1212	-0.0431	0.0945	-0.0217	0.1082	0.512	-0.0618	0.1204	0.142	-0.0215	0.1889	-26.8634	35.9751	39.0125

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 5:35 )	A	5 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 36:123 )	A	36 - 123
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 124:295 )	A	124 - 295
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 296:430 )	A	296 - 430
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 5:60 )	B	5 - 60
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 61:123 )	B	61 - 123
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 124:244 )	B	124 - 244
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 245:334 )	B	245 - 334
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 335:432 )	B	335 - 432
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 6:60 )	C	6 - 60
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 61:123 )	C	61 - 123
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 124:196 )	C	124 - 196
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 197:244 )	C	197 - 244
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 245:302 )	C	245 - 302
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 303:344 )	C	303 - 344
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 345:430 )	C	345 - 430

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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