PDB-4s2w: Structure of E. coli RppH bound to sulfate ions

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4s2w

タイトル

Structure of E. coli RppH bound to sulfate ions

要素

RNA pyrophosphohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Nudix hydrolase / RNA pyrophosphohydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA NAD-cap (NMN-forming) hydrolase activity / RNA decapping / RNA destabilization / mRNA 5'-diphosphatase activity / NAD-cap decapping / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / tRNA processing / mRNA catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.992 Å

データ登録者

Vasilyev, N. / Serganov, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structures of RNA Complexes with the Escherichia coli RNA Pyrophosphohydrolase RppH Unveil the Basis for Specific 5'-End-dependent mRNA Decay.
著者: Vasilyev, N. / Serganov, A.

履歴

登録	2015年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4s2w.cif.gz	79.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4s2w.ent.gz	60.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4s2w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/4s2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/4s2w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4s2vC 4s2xC 4s2yC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2b71-d 4x8p-d 1bnl-4 7cw1-2 6k2g-1 4gen-d 6glr-1 1bnl-2 1dy1-d 4oyy-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: RNA pyrophosphohydrolase

ヘテロ分子

19.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: RNA pyrophosphohydrolase

ヘテロ分子

A: RNA pyrophosphohydrolase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
39.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.391, 38.851, 56.806
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.95, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	RNA pyrophosphohydrolase / (Di)nucleoside polyphosphate hydrolase / Ap5A pyrophosphatase 分子量: 18965.773 Da / 分子数: 1 / 変異: Q159A, E160A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rppH, nudH, ygdP, b2830, JW2798 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A776, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.4 M ammonium sulfate, 12% PEG 3350, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年5月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.992→20 Å / Num. all: 11316 / Num. obs: 10978 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.09
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / Num. unique all: 1578 / % possible all: 84.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHENIX	(phenix.automr)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.992→19.425 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2155	549	5 %	RANDOM
R_work	0.1702	-	-	-
all	0.1724	10977	-	-
obs	0.1724	10977	93.35 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.992→19.425 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1264	0	30	91	1385

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1328
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.098	1804
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.032	473
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	182
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	228

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9916-2.1918	0.2715	127	0.203	2413	X-RAY DIFFRACTION	87
2.1918-2.5084	0.2327	135	0.1917	2575	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5084-3.1581	0.2268	141	0.1864	2667	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1581-19.4264	0.1957	146	0.1518	2773	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.7129	3.8471	4.2884	3.7167	2.4142	5.5446	0.2165	-0.2801	0.6691	0.7768	-0.2486	-0.111	-0.1581	0.3495	-0.0013	0.4363	-0.0776	-0.0441	0.3402	-0.0055	0.3805	21.4214	7.1281	17.3967
2	1.3801	-1.4865	0.4157	1.977	-0.6927	2.8067	-0.1101	-0.4878	0.2004	0.1152	0.1179	0.0412	0.2121	-0.2764	-0.0245	0.2609	-0.0677	0.0095	0.2315	0.0064	0.2433	15.0084	-8.6495	8.8145
3	2.646	-0.3567	0.0135	2.3307	0.4567	2.2976	0.1432	-0.0872	0.166	0.0205	-0.1742	-0.053	-0.2059	-0.1602	0.0237	0.2292	-0.002	0.0045	0.1738	0.0164	0.2227	14.6799	7.6071	5.8513
4	2.325	1.4371	1.4371	1.8185	0.4933	3.8573	0.1373	-1.0873	0.301	0.2354	-0.4225	-0.023	-1.1911	-0.8117	0.0174	0.7548	0.0784	0.0131	0.597	-0.0441	0.3375	16.0779	6.2025	22.8574
5	3.5506	3.3382	0.1604	8.2409	0.9614	3.5902	-0.5373	0.6708	-0.0634	-0.0413	0.1735	-0.8794	-0.4657	0.8127	0.1242	0.3798	-0.06	-0.1464	0.6742	0.1602	0.6005	31.3747	1.3123	23.5542
6	1.4793	-0.3057	0.0806	2.0124	0.3464	1.8241	0.0173	-0.2636	-0.0891	0.1942	-0.086	-0.0134	0.0679	-0.1497	0.0072	0.1927	-0.0615	-0.0074	0.2218	0.024	0.2033	14.4176	-3.7797	7.9874
7	5.6504	-1.0049	0.8259	2.2395	-0.7611	1.8354	0.1752	-0.9243	-0.1942	0.3448	0.2892	0.3925	0.232	-0.9286	-0.1338	0.331	-0.1211	0.0508	0.6712	0.1065	0.3285	7.4004	-3.0997	18.9085

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 36 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 37 through 71 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 72 through 79 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 80 through 94 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 95 through 138 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 139 through 161 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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