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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4s2w | ||||||
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タイトル | Structure of E. coli RppH bound to sulfate ions | ||||||
![]() | RNA pyrophosphohydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Nudix hydrolase / RNA pyrophosphohydrolase | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA NAD-cap (NMN-forming) hydrolase activity / RNA decapping / RNA destabilization / mRNA 5'-diphosphatase activity / NAD-cap decapping / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / tRNA processing / mRNA catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vasilyev, N. / Serganov, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of RNA Complexes with the Escherichia coli RNA Pyrophosphohydrolase RppH Unveil the Basis for Specific 5'-End-dependent mRNA Decay. 著者: Vasilyev, N. / Serganov, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 60.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18965.773 Da / 分子数: 1 / 変異: Q159A, E160A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A776, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.4 M ammonium sulfate, 12% PEG 3350, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年5月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.992→20 Å / Num. all: 11316 / Num. obs: 10978 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / Num. unique all: 1578 / % possible all: 84.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.992→19.425 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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