[日本語] English
万見
- PDB-4s2q: Crystal Structure of HMG domain of the chondrogenesis master regu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s2q
タイトルCrystal Structure of HMG domain of the chondrogenesis master regulator, Sox9 in complex with ChIP-Seq identified DNA element
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*CP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*CP*CP*TP*G)-3')
  • Transcription factor SOX-9
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA Bending / Minor groove binding / Transcription Regulation / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


heart valve formation / male germ-line sex determination / glial cell fate specification / epithelial cell proliferation involved in prostatic bud elongation / regulation of cell proliferation involved in tissue homeostasis / regulation of branching involved in lung morphogenesis / morphogenesis of a branching epithelium / cell proliferation involved in heart morphogenesis / renal vesicle induction / metanephric tubule development ...heart valve formation / male germ-line sex determination / glial cell fate specification / epithelial cell proliferation involved in prostatic bud elongation / regulation of cell proliferation involved in tissue homeostasis / regulation of branching involved in lung morphogenesis / morphogenesis of a branching epithelium / cell proliferation involved in heart morphogenesis / renal vesicle induction / metanephric tubule development / ureter urothelium development / positive regulation of kidney development / negative regulation of beta-catenin-TCF complex assembly / positive regulation of mesenchymal stem cell differentiation / regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / neural crest cell fate specification / ureter smooth muscle cell differentiation / metanephric nephron tubule formation / negative regulation of immune system process / intrahepatic bile duct development / astrocyte fate commitment / bronchus cartilage development / lung smooth muscle development / ureter development / ureter morphogenesis / chondrocyte differentiation involved in endochondral bone morphogenesis / Transcriptional regulation by RUNX2 / negative regulation of fatty acid oxidation / anterior head development / chondrocyte hypertrophy / Harderian gland development / otic vesicle development / cellular response to heparin / Sertoli cell differentiation / retinal rod cell differentiation / trachea cartilage development / growth plate cartilage chondrocyte growth / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / chondrocyte development / negative regulation of photoreceptor cell differentiation / intestinal epithelial cell differentiation / regulation of cell cycle process / positive regulation of epithelial cell differentiation / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / lacrimal gland development / prostate gland morphogenesis / otic vesicle formation / extracellular matrix assembly / cochlea morphogenesis / positive regulation of male gonad development / neuron fate specification / endochondral bone morphogenesis / bHLH transcription factor binding / positive regulation of cartilage development / glandular epithelial cell differentiation / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / positive regulation of chondrocyte differentiation / notochord development / prostate gland development / limb bud formation / heart valve morphogenesis / mesenchymal cell apoptotic process / neural crest cell development / Sertoli cell development / lung epithelial cell differentiation / negative regulation of bone mineralization / endocrine pancreas development / intestinal epithelial structure maintenance / positive regulation of extracellular matrix assembly / mesenchymal cell proliferation / response to fatty acid / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of chondrocyte proliferation / cellular response to BMP stimulus / tissue homeostasis / negative regulation of biomineral tissue development / male sex determination / negative regulation of myoblast differentiation / heart valve development / mammary gland development / aortic valve morphogenesis / negative regulation of chondrocyte differentiation / negative regulation of ossification / cartilage development / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / endocardial cushion morphogenesis / cartilage condensation / branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of epithelial cell differentiation / type I pneumocyte differentiation / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of stem cell proliferation / bone mineralization / protein kinase A catalytic subunit binding / oligodendrocyte differentiation / regulation of cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of epithelial cell migration / cell fate commitment
類似検索 - 分子機能
Sox developmental protein N-terminal / : / Sox developmental protein N terminal / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily ...Sox developmental protein N-terminal / : / Sox developmental protein N terminal / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor SOX-9
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Vivekanandan, S. / Moovarkumudalvan, B. / Lescar, J. / Kolatkar, P.R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of HMG domain of the chondrogenesis master regulator, Sox9 in complex with ChIP-Seq identified DNA element
著者: Vivekanandan, S. / Moovarkumudalvan, B. / Lescar, J. / Kolatkar, P.R.
履歴
登録2015年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*CP*CP*TP*G)-3')
B: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*CP*TP*G)-3')
D: Transcription factor SOX-9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1013
ポリマ－19,1013
非ポリマー00
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.492, 99.492, 45.894
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*CP*CP*TP*G)-3')


分子量: 4871.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*CP*TP*G)-3')


分子量: 4965.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 Transcription factor SOX-9


分子量: 9264.711 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 103-178 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sox9, Sox-9 / プラスミド: pETG20A-Sox9HMG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q04887
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 3350, 200mM Sodium/potassium phosphate, 100mM Bis Tris propane, pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月10日
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE CRYSTAL SAGITTAL FOCUSING MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 6721 / Num. obs: 6675 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 30.3 % / Rsym value: 0.133 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.7→3.4011 Å / 冗長度: 30.3 % / Mean I/σ(I) obs: 19 / Num. unique all: 6721 / Rsym value: 0.133 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3F27

3f27


解像度: 2.7→24.873 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2688 316 4.73 %RANDOM
Rwork0.2134 ---
obs0.2162 6675 99.69 %-
all-6721 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→24.873 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数653 659 0 2 1314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081410
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.492038
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.547582
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005149
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-3.40110.40131550.25813094X-RAY DIFFRACTION100
3.4011-24.8740.24151610.20283265X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3093-0.61.21662.42841.08064.64420.37970.2757-0.4596-0.2644-0.24570.26210.5429-0.2253-0.13420.3766-0.0053-0.13810.3453-0.02010.422-16.7256-0.6508-0.2605
24.17552.94861.11882.78582.08842.26060.2035-0.4833-0.3472-0.17380.15181.216-0.4893-1.4533-0.01040.56030.1756-0.04290.74830.05570.5124-29.52270.31931.8315
33.52640.8023-0.23171.152.24144.64760.10820.4528-0.5019-0.21130.0521.6161-0.082-1.0791-0.57950.62930.0167-0.23520.60740.11890.9497-32.03822.5412-2.4048
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN D AND RESID 66:141 )D66 - 141
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 0:15 )B0 - 15
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 3:18 )A3 - 18

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る