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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4s2m | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of OXA-163 complexed with iodide in the active site | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE / globular | ||||||
機能・相同性 | ![]() penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stojanoski, V. / Hu, L. / Palzkill, T.G. / Prasad, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Different Substrate Profiles of Two Closely Related Class D beta-Lactamases and Their Inhibition by Halogens. 著者: Stojanoski, V. / Chow, D.C. / Fryszczyn, B. / Hu, L. / Nordmann, P. / Poirel, L. / Sankaran, B. / Prasad, B.V. / Palzkill, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 384.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 316.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 457.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 474.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 25 - 261 / Label seq-ID: 1 - 233
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27457.082 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 25-261 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: blaOXA-163 / プラスミド: pET29a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-IOD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 % |
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結晶化 | 温度: 298 K 詳細: 0.1M Sodium Iodine 15% w/v PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.87→59.801 Å / Num. obs: 22060 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.87→2.99 Å / % possible all: 91.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3HBR 解像度: 2.87→59.801 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 37.789 / SU ML: 0.378 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.462 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.21 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.87→59.801 Å
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拘束条件 |
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