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- PDB-4s2b: Covalent complex of E. coli transaldolase TalB with tagatose-6-ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s2b
タイトルCovalent complex of E. coli transaldolase TalB with tagatose-6-phosphate
要素Transaldolase B
キーワードTRANSFERASE / TIM barrel / pentose phosphate pathway / Schiff base tagatose 6-phosphate / ring sugar
機能・相同性
機能・相同性情報


transketolase or transaldolase activity / transaldolase / transaldolase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / carbohydrate metabolic process / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transaldolase type 1 / Transaldolase active site. / Transaldolase, active site / Transaldolase signature 1. / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-deoxy-6-O-phosphono-beta-D-lyxo-hexofuranose / Transaldolase B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Stellmacher, L. / Sandalova, T. / Schneider, G. / Sprenger, G.A. / Samland, A.K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Novel mode of inhibition by D-tagatose 6-phosphate through a Heyns rearrangement in the active site of transaldolase B variants.
著者: Stellmacher, L. / Sandalova, T. / Schneider, S. / Schneider, G. / Sprenger, G.A. / Samland, A.K.
履歴
登録2015年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月13日Group: Database references
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42020年7月29日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transaldolase B
B: Transaldolase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6336
ポリマ－74,9532
非ポリマー6804
水10,377576
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area24830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.308, 91.699, 130.987
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 317 / Label seq-ID: 22 - 337

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Transaldolase B


分子量: 37476.543 Da / 分子数: 2 / 変異: F178Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: b0008, JW0007, talB, yaaK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LJ110 / 参照: UniProt: P0A870, transaldolase
#2: 糖 ChemComp-44S / 2-deoxy-6-O-phosphono-beta-D-lyxo-hexofuranose / tagatose-6-phosphate, bound form / 2-deoxy-6-O-phosphono-beta-D-lyxo-hexose / 2-deoxy-6-O-phosphono-D-lyxo-hexose / 2-deoxy-6-O-phosphono-lyxo-hexose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 244.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13O8P
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A247T IS A NATURAL VARIANT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.39 %
結晶化温度: 293.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.15 M lithium sulfate, 18% PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.2K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月20日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→75.12 Å / Num. all: 140870 / Num. obs: 140870 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.46→1.48 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 6871 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ProDCデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ONR

1onr


解像度: 1.46→75.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.98 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1846 7057 5 %RANDOM
Rwork0.1519 ---
obs0.1536 133697 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.44 Å2 / Biso mean: 24.094 Å2 / Biso min: 11.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9 Å2-0 Å20 Å2
2---0.73 Å2-0 Å2
3----1.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→75.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4946 0 40 576 5562
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.025137
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024992
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3591.9866984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.849311516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4175656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.55725.043230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.16215934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6141532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2810
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025791
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021085
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4682.1092558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4672.1082557
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0233.183203
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.35310119
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.025154
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.925510452
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 21370 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.498 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 518 -
Rwork0.267 9793 -
all-10311 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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