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万見
- PDB-3upb: 1.5 Angstrom Resolution Crystal Structure of Transaldolase from F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3upb
タイトル1.5 Angstrom Resolution Crystal Structure of Transaldolase from Francisella tularensis in Covalent Complex with Arabinose-5-Phosphate
要素Transaldolase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Alpha-Beta Barrel/TIM Barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


transaldolase / transaldolase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Transaldolase type 1 / Transaldolase active site. / Transaldolase, active site / Transaldolase signature 1. / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARABINOSE-5-PHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Transaldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Light, S.H. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2014
タイトル: Arabinose 5-phosphate covalently inhibits transaldolase.
著者: Light, S.H. / Anderson, W.F.
履歴
登録2011年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月5日Group: Database references
改定 1.22014年4月9日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transaldolase
B: Transaldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2119
ポリマ－76,9522
非ポリマー1,2597
水13,025723
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area25580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.045, 86.197, 140.547
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Transaldolase /


分子量: 38476.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
株: SCHU S4 / 遺伝子: FTT_1093c, talA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: Q5NFX0, transaldolase

-
非ポリマー , 5種, 730分子

#2: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-A5P / ARABINOSE-5-PHOSPHATE / D-アラビニト-ル5-りん酸


分子量: 232.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13O8P
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 723 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.22 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: Protein: 11.2 mg/ml, 0.5 M sodium chloride, 0.01 M Tris-HCl, Screen: Pegs H1 (Qiagen), 0.2 M K/Na tartrate, 20% (w/v) PEG 3350 Crystals were soaked in a mother liquor containing 20 mM ...詳細: Protein: 11.2 mg/ml, 0.5 M sodium chloride, 0.01 M Tris-HCl, Screen: Pegs H1 (Qiagen), 0.2 M K/Na tartrate, 20% (w/v) PEG 3350 Crystals were soaked in a mother liquor containing 20 mM arabinose-5-phosphate for 2 hours before being flash frozen for data collection, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K, pH 8.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月2日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 106919 / Num. obs: 106919 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 5295 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3IGX

3igx


解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.939 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17527 5316 5 %RANDOM
Rwork0.15056 ---
all0.15181 106919 --
obs0.15181 101536 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.775 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4847 0 79 723 5649
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.025210
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0571.9877073
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0438846
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4075686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.25926.182220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.269151020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2721519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2849
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02921
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.502→1.541 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 345 -
Rwork0.202 6707 -
obs--94.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2079-0.01240.22680.1182-0.01050.3031-0.0830.0453-0.0152-0.00090.02290.0004-0.14540.02830.06010.156-0.0183-0.04220.1046-0.00490.125-1.037422.5427-14.5954
23.99070.1914-1.63737.35473.62882.63860.44650.92520.3657-0.4322-0.44350.2934-0.4445-0.8233-0.0030.1640.2087-0.03080.64320.05870.0821-22.737812.5689-24.9235
30.10130.0775-0.00170.2772-0.12840.6087-0.05060.0154-0.0196-0.03890.0066-0.02780.0336-0.01780.0440.1173-0.00930.00610.1008-0.00290.0998-5.50313.3552-17.6389
40.23250.22560.25580.37540.15620.34420.00380.00460.02070.0611-0.05010.0054-0.05250.05180.04620.1249-0.0317-0.00530.1049-0.00770.10932.902215.9749-1.2081
50.01370.051-0.07640.2348-0.34560.54930.0021-0.0168-0.01180.0505-0.0377-0.0072-0.03780.00650.03560.113-0.013-0.00660.1072-0.00130.1127-3.75894.0515-1.1491
613.6274-2.18566.08261.01421.719313.66730.50830.1828-0.442-0.1666-0.25050.0632-0.0972-0.7397-0.25780.04810.0805-0.05550.2691-0.06510.1249-27.63819.8101-17.6328
70.46150.0322-0.44120.0077-0.05130.8498-0.0185-0.1032-0.02170.0148-0.0137-0.00130.10820.04650.03220.1172-0.02710.00860.14060.0040.0872-19.8082-19.845128.4047
82.7922-0.996-1.51910.49870.85821.6396-0.0299-0.28240.02160.05680.0871-0.07640.13080.0461-0.05720.0720.0337-0.00060.1629-0.01390.15065.1794-24.080525.8945
90.188-0.0313-0.15370.1474-0.11410.3285-0.0162-0.0184-0.0295-0.0289-0.0056-0.0080.02110.00880.02180.1051-0.0070.00690.10820.00130.1069-11.7574-20.080413.1096
100.06670.0846-0.07710.1408-0.06310.41820.0216-0.01530.01040.0256-0.00840.0637-0.0263-0.047-0.01310.1006-0.00650.00950.1338-0.0140.1048-26.6891-10.775218.786
110.7556-0.321-0.1162.3347-0.78930.3586-0.03350.04830.03550.10950.17830.3141-0.0654-0.152-0.14480.07370.06920.04670.31720.0070.0837-36.6194-12.527525.7792
120.11120.0367-0.08160.2021-0.24950.39080.0186-0.04590.0188-0.01990.005-0.039-0.0410.009-0.02350.1066-0.0110.00850.1153-0.01220.1212-7.2372-9.084910.7373
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2A45 - 70
3X-RAY DIFFRACTION3A71 - 176
4X-RAY DIFFRACTION4A177 - 261
5X-RAY DIFFRACTION5A262 - 313
6X-RAY DIFFRACTION6A314 - 321
7X-RAY DIFFRACTION7B3 - 44
8X-RAY DIFFRACTION8B45 - 76
9X-RAY DIFFRACTION9B77 - 194
10X-RAY DIFFRACTION10B195 - 258
11X-RAY DIFFRACTION11B259 - 268
12X-RAY DIFFRACTION12B279 - 321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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