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万見
- PDB-4s1k: Structure of Uranotaenia sapphirina cypovirus (CPV17) polyhedrin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s1k
タイトルStructure of Uranotaenia sapphirina cypovirus (CPV17) polyhedrin at 100 K
要素Polyhedrin
キーワードVIRAL PROTEIN / Polyhedrin
機能・相同性Cypovirus polyhedrin / Cypovirus polyhedrin / ATP binding / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Polyhedrin
機能・相同性情報
生物種Uranotaenia sapphirina cypovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ginn, H.M. / Messerschmidt, M. / Ji, X. / Zhang, H. / Axford, D. / Gildea, R.J. / Winter, G. / Brewster, A.S. / Hattne, J. / Wagner, A. ...Ginn, H.M. / Messerschmidt, M. / Ji, X. / Zhang, H. / Axford, D. / Gildea, R.J. / Winter, G. / Brewster, A.S. / Hattne, J. / Wagner, A. / Grimes, J.M. / Evans, G. / Sauter, N.K. / Sutton, G. / Stuart, D.I.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structure of CPV17 polyhedrin determined by the improved analysis of serial femtosecond crystallographic data.
著者: Ginn, H.M. / Messerschmidt, M. / Ji, X. / Zhang, H. / Axford, D. / Gildea, R.J. / Winter, G. / Brewster, A.S. / Hattne, J. / Wagner, A. / Grimes, J.M. / Evans, G. / Sauter, N.K. / Sutton, G. / Stuart, D.I.
履歴
登録2015年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyhedrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4793
ポリマ－26,9481
非ポリマー5312
水2,630146
1
A: Polyhedrin
ヘテロ分子

A: Polyhedrin
ヘテロ分子

A: Polyhedrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,4379
ポリマ－80,8433
非ポリマー1,5946
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
Buried area11870 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area31180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.879, 104.879, 104.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-532-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Polyhedrin


分子量: 26947.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Uranotaenia sapphirina cypovirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q5EK29
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 768

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.04 %
結晶化温度: 301 K / 手法: in vivo / pH: 7.5
詳細: CRYSTALS FORMED NATURALLY WITHIN THE CYTOPLASM AND WERE PURIFIED FROM CELLS, pH 7.5, In vivo, temperature 301K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月19日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→74 Å / Num. all: 9903 / Num. obs: 9376 / % possible obs: 99.79 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.2→74.16 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 6.984 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.2 / ESU R: 0.478 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19892 504 5.1 %RANDOM
Rwork0.14771 ---
obs0.15054 9376 99.79 %-
all-9376 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.242 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1881 0 32 146 2059
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0191996
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6751.9692715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85434214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6075242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.31623.63699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.40215331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4541517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4162.12962
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4122.12961
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.273.1741206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2693.1741207
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1532.4441034
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1522.4461035
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3323.5791510
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.53218.1772325
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.35618.0422295
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 32 -
Rwork0.251 676 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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