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- PDB-4s1b: Crystal Structure of L. monocytogenes phosphodiesterase PgpH HD d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s1b
タイトルCrystal Structure of L. monocytogenes phosphodiesterase PgpH HD domain in complex with Cyclic-di-AMP
要素Lmo1466 protein
キーワードHYDROLASE / c-di-AMP / Listeria monocytogenes / phosphodiesterase / HD domain
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Metal-dependent phosphohydrolase, 7TM intracellular domain / Metal-dependent phosphohydrolase, 7TM extracellular domain / : / 7TM-HD extracellular / 7TM receptor with intracellular HD hydrolase / HDIG domain / HD domain profile. / HD domain / HD domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2BA / : / Lmo1466 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.099 Å
データ登録者Luo, S. / Tong, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: An HD-domain phosphodiesterase mediates cooperative hydrolysis of c-di-AMP to affect bacterial growth and virulence.
著者: Huynh, T.N. / Luo, S. / Pensinger, D. / Sauer, J.D. / Tong, L. / Woodward, J.J.
履歴
登録2015年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lmo1466 protein
D: Lmo1466 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7868
ポリマ－50,2462
非ポリマー1,5406
水3,873215
1
A: Lmo1466 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8934
ポリマ－25,1231
非ポリマー7703
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Lmo1466 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8934
ポリマ－25,1231
非ポリマー7703
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Lmo1466 protein
ヘテロ分子

D: Lmo1466 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7868
ポリマ－50,2462
非ポリマー1,5406
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z+1/61
Buried area2610 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.286, 124.286, 58.019
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Lmo1466 protein


分子量: 25122.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: lmo1466, pgpH / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8Y746
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate


分子量: 658.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O12P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M MES, 30% PEG 3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: single-wavelenth anomalous diffraction / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.099→25 Å / Num. obs: 29910 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 27.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Χ2: 1.061 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.183.70.40829750.908199.7
2.18-2.2640.3429791.029199.8
2.26-2.3640.25929781.016199.8
2.36-2.493.80.22529741.074199.6
2.49-2.654.10.18629871.106199.8
2.65-2.8540.13929751.07199.9
2.85-3.144.30.11630111.0971100
3.14-3.594.10.09229891.078199.1
3.59-4.524.10.07529801.105198.6
4.52-254.20.07130621.103198.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.099→24.693 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2024 1713 5.73 %
Rwork0.1625 --
obs0.1648 29902 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.05 Å2 / Biso mean: 29.8999 Å2 / Biso min: 14.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.099→24.693 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3390 0 92 215 3697
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013560
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2114842
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006607
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5411360
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0986-2.16030.26981420.19372290243299
2.1603-2.230.24521440.187523442488100
2.23-2.30970.25231460.184423492495100
2.3097-2.40210.24781420.17623432485100
2.4021-2.51130.23161430.18372329247299
2.5113-2.64350.23021410.17123602501100
2.6435-2.80890.21991400.177923492489100
2.8089-3.02550.22341450.174823562501100
3.0255-3.32930.2171450.170623612506100
3.3293-3.80950.17361430.15012343248699
3.8095-4.79380.16651420.13222339248198
4.7938-24.69480.16921400.15592426256699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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