PDB-4s1a: Crystal structure of a hypothetical protein Cthe_0052 from Rumini...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4s1a

タイトル

Crystal structure of a hypothetical protein Cthe_0052 from Ruminiclostridium thermocellum ATCC 27405

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Putative glycosyl hydrolase domain DUF4015 / Putative glycosyl hydrolase domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily / CITRATE ANION / DUF4015 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Ruminiclostridium thermocellum ATCC 27405 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein Cthe_0052 from Ruminiclostridium thermocellum ATCC27405
著者: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2015年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4s1a.cif.gz	177.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4s1a.ent.gz	141.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4s1a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/4s1a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/4s1a	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2cy8-d 5f3p-d 4fch-d 5x0n-3 6dvs-d 4ch7-d 6n9o-4 3rb4-2 5l8j-d 2ja9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-apc113114

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

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「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
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クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
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糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

53.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.539, 65.483, 113.021
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 26526.379 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 94-323 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ruminiclostridium thermocellum ATCC 27405 (バクテリア) 株: ATCC 27405 / 遺伝子: Cthe_0052 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: A3DBG4
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Na Citrate, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月14日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 44613 / Num. obs: 44613 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 32.4
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.789 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.8.0069	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 4.444 / SU ML: 0.072 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19775	2155	4.8 %	RANDOM
R_work	0.15913	-	-	-
obs	0.161	42391	99.9 %	-
all	-	42391	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.861 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.39 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.35 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3074	0	30	458	3562

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	3205
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2993
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.645	1.949	4346
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.84	3	6894
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.18	5	382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.95	24.783	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.47	15	528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.81	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	463
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3630
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	748
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.481	1.573	1531
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.481	1.57	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.29	2.344	1912
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.289	2.347	1913
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.447	1.915	1674
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.419	1.916	1674
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.707	2.751	2435
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.461	15.678	4125
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.46	15.686	4126
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.796 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	141	-
R_work	0.219	3105	-
obs	-	-	99.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6305	1.6886	1.1369	4.7742	1.7429	3.9736	-0.1534	0.0414	0.2588	-0.4072	0.0276	0.6321	-0.1625	-0.2827	0.1258	0.0581	0.0206	-0.0462	0.0852	0.0057	0.1447	45.1299	76.9016	150.8186
2	1.7472	0.2102	0.7082	2.6294	-0.0973	1.283	-0.0914	-0.0651	-0.0282	0.1396	0.0426	0.1045	0.0264	-0.0382	0.0487	0.0422	0.0126	0.0407	0.0598	0.0149	0.0435	57.3069	76.8248	160.5288
3	1.8102	1.568	0.7516	2.6983	0.5974	0.8807	-0.0922	-0.0017	-0.0318	0.0659	0.0523	0.0729	0.0477	0.0204	0.04	0.0421	0.0138	0.0111	0.0358	-0.0009	0.031	60.5462	77.359	157.6633
4	1.4995	0.6222	0.0375	2.1038	0.3988	0.8483	-0.1035	0.0261	-0.0244	0.0768	0.0825	-0.1562	-0.0246	0.0606	0.021	0.0211	0.0063	-0.0127	0.0457	0.0116	0.0277	70.1692	82.4548	157.7519
5	2.0824	0.7031	0.2367	3.3456	1.8286	1.0755	-0.1183	0.1501	-0.0318	-0.2809	0.2351	-0.3505	-0.1457	0.1531	-0.1168	0.0604	-0.0398	0.0112	0.1391	-0.0084	0.1554	79.8844	83.0232	151.5219
6	2.5322	-0.3799	-0.1863	2.3518	-2.0524	3.3845	-0.1351	0.1722	-0.12	0.3787	0.032	-0.1675	-0.3606	0.0669	0.1031	0.0728	-0.0218	-0.0165	0.0624	-0.0299	0.0566	71.122	73.8998	147.1302
7	2.198	-1.7148	-1.2774	3.8174	1.1942	2.3136	-0.0581	0.0809	-0.3432	0.142	-0.0257	0.6088	0.0733	-0.1948	0.0838	0.0217	-0.0149	0.0027	0.0655	-0.0068	0.1584	47.1904	76.4621	129.3821
8	2.2174	-1.3634	-0.6133	2.7615	0.1285	1.2798	0.056	0.1305	0.0241	-0.1203	-0.0461	0.2273	-0.0805	-0.0864	-0.0098	0.0144	-0.0006	-0.0166	0.0395	-0.0026	0.0455	57.4078	79.0139	124.5463
9	1.3805	-0.3739	0.1259	4.0159	-0.1547	1.4819	0.0161	0.0015	-0.0105	-0.2483	0.0154	-0.1012	0.0782	0.074	-0.0315	0.0259	0.0063	0.0145	0.0544	-0.0003	0.0169	75.3529	65.7634	123.2278
10	1.9983	-1.0237	-0.4375	2.4198	0.7277	0.5862	-0.0786	-0.1035	0.1445	0.1073	0.1061	-0.2216	0.0379	0.1387	-0.0275	0.0196	0.008	0.0003	0.0784	-0.0143	0.0416	74.4894	74.5728	131.016
11	2.0576	2.0365	-1.9213	2.7339	-3.6017	6.1066	-0.1068	-0.1881	0	-0.314	-0.1117	-0.1436	0.5101	0.141	0.2185	0.1137	-0.0206	0.0562	0.1348	-0.0474	0.1383	70.6555	80.9496	135.964

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 117
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	118 - 156
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	157 - 190
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	191 - 241
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	242 - 270
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	271 - 287
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	94 - 116
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	117 - 174
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	175 - 219
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	220 - 271
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	272 - 285

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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