PDB-4s11: Gelsolin nanobody shielding mutant plasma gelsolin from furin pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4s11

タイトル

Gelsolin nanobody shielding mutant plasma gelsolin from furin proteolysis

要素

GELSOLIN NANOBODY

キーワード

IMMUNE SYSTEM / NANOBODY

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.998 Å

データ登録者

Wongsantichon, J. / Loonchanta, A. / Robinson, R.C. / Gettemans, J.

引用

ジャーナル: Hum.Mol.Genet. / 年: 2015
タイトル: An ER-directed gelsolin nanobody targets the first step in amyloid formation in a gelsolin amyloidosis mouse model.
著者: Van Overbeke, W. / Wongsantichon, J. / Everaert, I. / Verhelle, A. / Zwaenepoel, O. / Loonchanta, A. / Burtnick, L.D. / De Ganck, A. / Hochepied, T. / Haigh, J. / Cuvelier, C. / Derave, W. / ...

履歴

登録	2015年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4s11.cif.gz	58.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4s11.ent.gz	46.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4s11.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4s11_validation.pdf.gz	413.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4s11_full_validation.pdf.gz	413.2 KB	表示
XML形式データ	4s11_validation.xml.gz	7.2 KB	表示
CIF形式データ	4s11_validation.cif.gz	9.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/4s11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/4s11	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4s10C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4of7-1 5f7h-1 5f7h-2 2kdg-d 3bbu-d 2mx8-d 3rrq-d 1bw5-d 4of7-4 2d92-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GELSOLIN NANOBODY

14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.633, 56.299, 57.449
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	GELSOLIN NANOBODY 分子量: 14110.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.18 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.2 詳細: 40% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月12日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→20 Å / Num. obs: 7828 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.232 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Num. unique all: 371 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.998→18.13 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2056	385	4.95 %	RANDOM
R_work	0.1587	-	-	-
obs	0.1611	7783	99.79 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.998→18.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	982	0	0	57	1039

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1004
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.121	1356
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.445	357
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	142
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	181

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.9983-2.287	0.215	122	0.1503	2396	2396	99
2.287-2.8795	0.2675	113	0.1811	2463	2463	100
2.8795-18.1303	0.1834	150	0.1513	2539	2539	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4866	-0.178	0.0354	6.6633	-0.8721	1.4402	-0.0814	-0.1352	-0.0833	0.0714	0.3197	0.4506	0.0459	-0.0838	-0.1915	0.1575	-0.0037	0.003	0.1904	-0.029	0.1739	-20.4128	-5.7102	-7.9047
2	1.8104	0.7153	0.5988	1.7551	-1.0021	2.1924	0.1131	0.1846	0.2845	-0.2404	-0.006	0.0836	-0.0788	-0.1421	-0.0836	0.2246	0.0375	0.0485	0.27	0.0612	0.1871	-19.7043	7.9502	-12.6726
3	2.7665	0.9092	-0.798	1.8802	-0.0659	1.2449	-0.104	-0.0111	0.0559	-0.0464	-0.0209	-0.0661	-0.0012	0.0827	0.0905	0.156	0.0076	0.0057	0.132	0.0085	0.1513	-14.0681	3.9956	-0.5454
4	1.1011	0.3938	-0.4546	1.8475	0.3918	0.8581	-0.0289	-0.0007	0.052	0.0639	-0.0324	-0.0842	0.0698	0.0467	0.0902	0.1522	0.0141	-0.0079	0.177	0.0163	0.1676	-13.2014	-1.7025	-4.7912
5	3.6358	1.7513	-0.8467	1.699	0.9586	2.3787	-0.153	-0.318	0.6321	0.184	0.2176	0.1545	0.2508	0.1284	-0.0254	0.1527	-0.0249	-0.0367	0.2423	-0.0107	0.2541	-12.6307	15.2951	-1.1369
6	3.0715	1.468	-1.0958	7.248	-0.7163	0.6366	-0.0942	-0.118	0.2121	-0.1837	0.0601	0.4074	-0.1733	-0.2208	0.0598	0.1584	0.0216	0.0293	0.184	0.0394	0.1807	-22.2335	8.9849	-0.5159
7	0.1674	0.1298	-0.0532	0.1018	-0.0174	0.3981	0.2141	-0.0905	-0.5307	0.0038	0.0195	0.4433	-0.0271	-0.0348	-0.084	0.1403	0.002	0.0032	0.1943	0.0509	0.2637	-18.4132	-17.5961	-0.3412

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 32 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 33 through 60 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 61 through 99 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 100 through 110 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 111 through 120 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 121 through 130 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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