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万見
- PDB-4s0f: Crystal structure of the peptidase-containing ABC transporter PCA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s0f
タイトルCrystal structure of the peptidase-containing ABC transporter PCAT1 E648Q mutant complexed with ATPgS in an occluded conformation
要素ABC-type bacteriocin transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN/HYDROLASE / C39 peptidase / ABC transporter / bacteriocin transporter / bi-functional ABC transporter / ATP-binding cassette transporters / Membrane / TRANSPORT PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type bacteriocin transporter activity / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / cysteine-type peptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase C39, ABC-type bacteriocin transporter / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / Peptidase family C39 domain profile. / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter ...Peptidase C39, ABC-type bacteriocin transporter / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / Peptidase family C39 domain profile. / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ABC-type bacteriocin transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Ruminiclostridium thermocellum ATCC 27405 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.515 Å
データ登録者Lin, D.L. / Huang, S. / Chen, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of a polypeptide processing and secretion transporter.
著者: Lin, D.Y. / Huang, S. / Chen, J.
履歴
登録2014年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC-type bacteriocin transporter
B: ABC-type bacteriocin transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,4064
ポリマ－162,3602
非ポリマー1,0462
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)230.000, 230.000, 89.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 ABC-type bacteriocin transporter


分子量: 81179.812 Da / 分子数: 2 / 変異: E648Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminiclostridium thermocellum ATCC 27405 (バクテリア)
株: ATCC 27405 / 遺伝子: ABN51770.1, Cthe_0534 / プラスミド: pMCSG20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL
参照: UniProt: A3DCU1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 7% PEG1500, 20mM CaCl2, 100 mM sodium citrate, pH 5.2-5.6, and 1.4 mM N,N-bis-(3-D-Gluconamidopropyl)., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年4月7日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.5→50 Å / Num. all: 8276 / Num. obs: 8210 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
5.5-5.7199.2
5.7-5.92195.6
5.92-6.19198.3
6.19-6.52199.9
6.52-6.931100
6.93-7.461100
7.46-8.211100
8.21-9.391100
9.39-11.81100
11.8-50198.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JBluIce-EPICSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1839)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RY2, 3VX4

4ry2

3vx4


解像度: 5.515→19.983 Å / SU ML: 1.04 / σ(F): 2 / 位相誤差: 43.36 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3139 306 4.76 %Random
Rwork0.3005 ---
obs0.3013 6433 80.89 %-
all-7953 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.515→19.983 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5574 0 62 0 5636
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035638
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6887856
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.7161146
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0231066
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031130
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Num. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
5.515-6.481690.4441475X-RAY DIFFRACTION147550.54
6.481-7.15520.40671203X-RAY DIFFRACTION120399.92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1404-0.2533-0.18320.9246-0.54041.8138-0.6115-0.2125-0.13240.059-0.7584-1.15030.5867-0.251-3.05012.4565-0.08171.36461.01530.6980.507541.1955-37.290938.031
24.31190.14240.47750.3605-0.33970.3353-0.99640.47092.04720.00870.316-0.7479-0.6263-0.7024-0.92080.9701-1.3236-0.52370.7115-0.09541.443566.7548-20.387428.7076
3-0.00750.03070.0280.09620.0050.0909-0.06920.0223-0.3052-0.24440.3280.2841-0.161-0.03420.60911.6529-1.1564-0.94570.76860.28610.112747.0204-48.59220.322
40.0174-0.0172-0.20190.06550.12250.191-0.15830.36661.2993-0.37020.21840.3262-0.85540.38820.07292.7561-1.1415-0.95331.38911.17312.518564.913-10.093411.1503
51.4349-0.13570.00580.0147-0.0083-0.03130.4389-0.38070.543-0.14220.477-0.02180.9825-1.08941.35710.905-1.70730.58291.87720.140.567539.3937-44.150617.8079
60.00670.0019-0.00790.2859-0.0080.02540.0290.1580.2232-0.3134-0.0763-0.2864-0.71860.79860.0831.3244-1.50530.07341.5915-0.1031.672864.0932-25.842621.5603
70.2293-0.0262-0.05580.1414-0.06520.3459-0.67570.7226-0.3043-0.76560.7597-0.8105-0.02450.7776-0.9703-0.8121-2.7387-1.2212-0.9516-0.72082.171999.3834-1.873228.3167
80.58770.37730.05450.2346-0.17710.5160.60460.95430.6397-0.27020.96590.1517-0.01740.37923.65351.2884-3.2492-1.16190.6081-0.67221.987485.287513.124338.9112
90.2109-0.1062-0.26240.3183-0.17770.4461-0.27550.45250.8226-0.33360.2609-0.3122-0.30650.3285-0.71342.7807-2.19220.52221.22050.36533.3725107.867913.393223.8554
102.4144-0.29140.47791.02530.55984.59760.06380.16330.2038-0.22870.4478-0.2574-1.08631.21851.73061.5492-0.9312-0.7721.03740.16991.456335.8544-17.6944.3638
112.0224-0.00530.10120.5297-0.31940.2994-0.66630.98621.5258-0.2787-0.5362-0.5559-0.61050.6299-2.2650.9944-1.2673-0.13741.29610.40871.084635.499-34.79078.1057
120.2981-0.2313-0.25380.1790.17680.4237-0.2230.1126-0.83150.4008-0.0024-0.50150.6248-0.62750.11233.5472-0.18820.50630.90650.6754.006360.54442.810418.7846
130.13890.2720.33750.55730.089-0.0175-0.47750.55080.15640.0468-0.0942-0.488-0.70420.3923-0.39891.4273-1.1694-1.25471.18650.41861.326949.97-12.730528.5811
141.35681.4750.07071.6542-0.04550.5626-0.75940.92940.7483-0.62090.2702-1.03570.4912-1.2305-0.68951.6514-1.4357-0.23330.29230.021.438332.3287-26.441726.1957
150.72560.853-1.21791.4136-1.62642.51180.34660.72551.1324-0.1777-0.63820.34750.4551-1.1967-1.02394.0641-2.3206-0.32960.59371.11653.648367.333726.673917.8543
160.6810.0524-0.15040.1704-0.17680.241-0.4120.48480.2022-0.07380.46670.3701-0.14620.167-0.62912.3122-3.8189-0.27823.10852.0863.217176.188413.1176.656
170.04250.14580.02940.58720.05830.01730.13690.17720.70680.0146-0.0406-0.3498-0.06540.21920.40112.0993-3.0101-0.58871.95140.72111.915887.07888.77437.0066
180.3337-0.21480.55360.131-0.38561.0825-0.9518-0.06031.6758-0.4522-1.5853-1.1825-0.22251.8485-0.64534.2023-1.38920.50323.11371.36385.574588.523830.075818.6938
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 158:233)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 234:298)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 299:320)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 321:389)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 390:439)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 440:463)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 485:573)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 574:671)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 672:722)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 158:186)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 187:239)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 240:275)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 276:388)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 389:457)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 458:551)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 552:591)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 592:643)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 644:722)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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