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- PDB-4s04: Crystal structure of Klebsiella pneumoniae PmrA in complex with P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s04
タイトルCrystal structure of Klebsiella pneumoniae PmrA in complex with PmrA box DNA
要素
  • (DNA (25-MER)) x 2
  • DNA-binding transcriptional regulator BasR
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Two-Component System / response regulator / PmrA / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulatory protein WalR-like / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...Transcriptional regulatory protein WalR-like / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA-binding transcriptional regulator BasR / :
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hsiao, C.D. / Weng, T.H. / Li, Y.C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structure and dynamics of polymyxin-resistance-associated response regulator PmrA in complex with promoter DNA.
著者: Lou, Y.C. / Weng, T.H. / Li, Y.C. / Kao, Y.F. / Lin, W.F. / Peng, H.L. / Chou, S.H. / Hsiao, C.D. / Chen, C.
履歴
登録2014年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月25日Group: Database references
改定 1.22018年4月4日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.42024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding transcriptional regulator BasR
B: DNA-binding transcriptional regulator BasR
C: DNA (25-MER)
D: DNA (25-MER)
E: DNA-binding transcriptional regulator BasR
F: DNA-binding transcriptional regulator BasR
G: DNA (25-MER)
H: DNA (25-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,28716
ポリマ－135,9268
非ポリマー3618
水1,54986
1
A: DNA-binding transcriptional regulator BasR
B: DNA-binding transcriptional regulator BasR
C: DNA (25-MER)
D: DNA (25-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1438
ポリマ－67,9634
非ポリマー1814
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9260 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area26130 Å2
手法PISA
2
E: DNA-binding transcriptional regulator BasR
F: DNA-binding transcriptional regulator BasR
G: DNA (25-MER)
H: DNA (25-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1438
ポリマ－67,9634
非ポリマー1814
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9420 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area25670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.327, 250.761, 108.944
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質
DNA-binding transcriptional regulator BasR


分子量: 26305.926 Da / 分子数: 4 / 変異: W181G, I220D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 株: JM45 / 遺伝子: N559_3529 / プラスミド: pET29b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: S5YJU7, UniProt: A0A0R4I965*PLUS

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CGDH

#2: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7630.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: leading strand / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7720.034 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: lagging strand / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 94分子

#4: 化合物
ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 0.8M Ammonium acetate, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月25日
放射モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 38831 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 16.356
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 3.488 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: KpPmrA/26-bp PmrA box complex

解像度: 3.2→24.194 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2324 2024 5.21 %
Rwork0.1808 --
obs0.1835 38831 45.88 %
all-38831 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→24.194 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6904 2050 20 86 9060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0129327
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8313010
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.0713648
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0981504
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071328
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.28050.3195390.3523708X-RAY DIFFRACTION12
3.2805-3.36890.4125790.30091429X-RAY DIFFRACTION25
3.3689-3.46780.29751100.29471984X-RAY DIFFRACTION35
3.4678-3.57940.3451330.25382432X-RAY DIFFRACTION42
3.5794-3.70690.29141530.22442774X-RAY DIFFRACTION48
3.7069-3.85470.25361630.20382948X-RAY DIFFRACTION51
3.8547-4.02940.26311630.21372955X-RAY DIFFRACTION52
4.0294-4.24080.24321620.17482961X-RAY DIFFRACTION52
4.2408-4.50490.21661650.14952973X-RAY DIFFRACTION52
4.5049-4.85010.19161640.14082989X-RAY DIFFRACTION52
4.8501-5.33350.22631660.15443003X-RAY DIFFRACTION52
5.3335-6.09450.22931650.1873019X-RAY DIFFRACTION53
6.0945-7.63810.24281760.18863179X-RAY DIFFRACTION56
7.6381-24.19420.16431860.13923453X-RAY DIFFRACTION60
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.24790.10270.23510.17170.12520.4627-0.06470.09030.02-0.05670.037-0.001-0.13890.0905-0.29630.09830.0099-0.08040.1574-0.07130.0193-71.564941.6653-40.1907
20.1111-0.02770.06630.0588-0.00480.07190.03710.0215-0.11960.00150.04260.01360.07510.03910.09790.21450.165-0.07010.1868-0.0570.1352-84.127522.5054-29.521
30.0303-0.0152-0.02770.0562-0.03770.0827-0.02760.2211-0.0834-0.1750.0893-0.05440.0190.2394-0.0010.2897-0.0076-0.05680.5331-0.15750.1557-81.43532.2229-61.3181
40.0549-0.03960.05170.0406-0.07450.2182-0.02290.1117-0.0027-0.0658-0.0342-0.1668-0.12550.1833-0.00781.01260.49120.17550.9123-0.03911.0807-59.95594.9631-30.2656
50.0211-0.00950.00630.0027-0.0030.02240.09880.10860.0409-0.1223-0.0611-0.0457-0.03050.00420.30980.1570.21470.08580.1025-0.0340.0796-55.96-42.8782-2.331
60.2250.00520.00740.0014-0.0030.01320.0455-0.00220.1669-0.0255-0.0346-0.0046-0.0313-0.0109-0.04820.51640.23940.30050.3770.14350.5377-31.7279-37.2873-7.5954
70.1851-0.0896-0.08880.1110.00720.06250.0078-0.15220.1390.00570.0572-0.14040.02980.236-0.25520.18320.02560.10950.241-0.16130.213-47.9636-38.187521.2465
80.0531-0.00580.01610.1978-0.07870.04430.09370.08150.0738-0.00240.00740.0536-0.0845-0.07710.17520.39770.31590.13960.37770.09070.2625-22.1283-65.2941-8.8037
90.02840.04070.00210.2755-0.10810.05780.0065-0.00380.00490.02180.03820.0643-0.0727-0.10060.04140.42650.2575-0.05150.4121-0.03210.2201-90.840532.8616-14.4262
100.00660.00350.00520.03740.00530.0042-0.0241-0.01720.00320.02-0.0005-0.0107-0.009-0.0004-0.03310.45370.22030.03050.32760.07880.33-80.907814.4248-6.7321
110.02510.0176-0.00650.02520.00320.0069-0.0105-0.0384-0.03070.0385-0.0016-0.07240.03330.05730.01010.50810.252-0.10340.4513-0.02260.5488-66.93574.8004-14.5078
120.0112-0.003-0.00710.00240.0030.0152-0.03420.0188-0.01070.0572-0.0368-0.0088-0.0193-0.0128-0.01920.92160.45740.02030.63330.0151.0144-55.5758-12.0818-14.7102
130.02390.02290.03060.06820.02440.04-0.07690.01790.1218-0.0159-0.04490.0135-0.1145-0.0125-0.00860.57230.23450.01380.36810.10640.6991-38.6369-22.9183-20.1359
140.0920.00320.03010.0629-0.00150.03660.1130.14690.1157-0.05980.00560.0007-0.1061-0.04790.19970.68260.41040.29290.7330.26510.6004-14.1177-55.2716-24.3024
150.0010.00250.00020.0084-0.01260.0849-0.04590.00710.01090.0722-0.0488-0.02810.01020.0427-0.02940.71720.3902-0.02170.6050.02511.0369-54-8.7334-17.9872
160.0227-0.03210.00490.0460.00370.0817-0.0525-0.0655-0.20380.0359-0.0361-0.07190.07310.0453-0.10940.610.3239-0.0960.47420.01340.5825-69.93895.6993-10.0428
170.0387-0.0118-0.04390.0702-0.01410.0606-0.0781-0.0801-0.01740.10870.0190.09850.0292-0.004-0.11610.55420.30160.02730.43870.00360.3081-89.324930.0665-12.6452
180.04170.0138-0.01360.0269-0.01210.00710.11430.14760.1107-0.09930.0007-0.0543-0.1256-0.03990.07450.59590.33010.19540.53070.15770.5023-8.6821-63.883-22.7415
190.2261-0.054-0.00560.01330.00710.1983-0.05330.03430.1029-0.0752-0.09790.0729-0.0874-0.0749-0.09640.7040.35130.28870.60580.25610.7583-32.6846-32.3822-24.3008
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:120 )A1 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 121:219 )A121 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 1:119 )B1 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 120:219 )B120 - 219
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND RESID 1:119 )E1 - 119
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN E AND RESID 120:219 )E120 - 219
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN F AND RESID 1:119 )F1 - 119
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN F AND RESID 120:219 )F120 - 219
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 1:8 )C1 - 8
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 9:13 )C9 - 13
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 14:18 )C14 - 18
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 19:25 )C19 - 25
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN G AND RESID 1:6 )G1 - 6
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN G AND RESID 7:25 )G7 - 25
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN D AND RESID 1:6 )D1 - 6
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN D AND RESID 7:14 )D7 - 14
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID 15:25 )D15 - 25
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN H AND RESID 1:11 )H1 - 11
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN H AND RESID 12:25 )H12 - 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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