PDB-4rzd: Crystal Structure of a PreQ1 Riboswitch

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rzd

タイトル

Crystal Structure of a PreQ1 Riboswitch

要素

PreQ1-III Riboswitch (Class 3)

キーワード

RNA / Three-way Helical Junction / HL(OUT)-TYPE PSEUDOKNOT / Translational Regulation

機能・相同性

7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

生物種

Faecalibacterium prausnitzii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Wedekind, J.E. / Liberman, J.A. / Salim, M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural analysis of a class III preQ1 riboswitch reveals an aptamer distant from a ribosome-binding site regulated by fast dynamics.
著者: Liberman, J.A. / Suddala, K.C. / Aytenfisu, A. / Chan, D. / Belashov, I.A. / Salim, M. / Mathews, D.H. / Spitale, R.C. / Walter, N.G. / Wedekind, J.E.

履歴

登録	2014年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月22日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4rzd.ent.gz	120.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

類似構造データ	6axj-3 3fk3-d 6axj-1 6axj-4 6axj-2 3sb5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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リシン (Ricin)
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テロメラーゼ (Telomerase)
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類似性 (1)
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アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PreQ1-III Riboswitch (Class 3)

ヘテロ分子

32.8 kDa, 1 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.083, 84.083, 278.365
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: RNA鎖	PreQ1-III Riboswitch (Class 3) 分子量: 32639.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Faecalibacterium prausnitzii (バクテリア)
#2: 化合物	ChemComp-PRF / 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / 2-アミノ-5-(アミノメチル)-7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4(3H)-オン分子量: 179.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₉N₅O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 85% Tacsimate pH 7.0, 0.010 M Mg(C2H3O2)2, 0.006 M Co(NH3)6Cl3, and 0.001 M spermine HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1.1696
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年2月19日 / 詳細: RH COATED FOCUSING MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1696 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→46.4 Å / Num. obs: 25223 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 79.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.75→38.294 Å / SU ML: 0.46 / Isotropic thermal model: isotropic with TLS / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2277	2526	10.01 %
R_work	0.2121	-	-
obs	0.2138	25223	88.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 122 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→38.294 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2116	13	4	2133

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2383
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.554	3704
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.736	1186
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.024	494
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	100

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7502-2.8031	0.5861	101	0.4743	875	X-RAY DIFFRACTION	60
2.8031-2.8603	0.5079	109	0.4552	1025	X-RAY DIFFRACTION	74
2.8603-2.9224	0.3585	142	0.4067	1223	X-RAY DIFFRACTION	85
2.9224-2.9904	0.3736	143	0.3613	1288	X-RAY DIFFRACTION	90
2.9904-3.0651	0.3218	140	0.3216	1200	X-RAY DIFFRACTION	85
3.0651-3.148	0.3137	127	0.307	1367	X-RAY DIFFRACTION	93
3.148-3.2406	0.3346	157	0.2695	1372	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2406-3.3451	0.3034	147	0.2535	1301	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3451-3.4646	0.2624	152	0.2465	1351	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4646-3.6032	0.1761	139	0.2193	1302	X-RAY DIFFRACTION	91
3.6032-3.7671	0.2176	139	0.1853	1213	X-RAY DIFFRACTION	85
3.7671-3.9655	0.1946	156	0.1776	1374	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9655-4.2136	0.1951	143	0.1675	1362	X-RAY DIFFRACTION	95
4.2136-4.5385	0.1696	149	0.1541	1313	X-RAY DIFFRACTION	92
4.5385-4.9943	0.251	135	0.1799	1238	X-RAY DIFFRACTION	86
4.9943-5.715	0.1762	159	0.1704	1353	X-RAY DIFFRACTION	95
5.715-7.1925	0.1824	142	0.1927	1277	X-RAY DIFFRACTION	89
7.1925-38.2978	0.2153	146	0.1993	1263	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.8585	5.8749	3.6358	5.1039	1.4699	1.6014	0.0726	-0.2896	1.7375	0.3699	0.6023	1.8278	-0.3242	-1.7053	-0.6506	1.9962	0.2537	0.2441	1.244	0.1415	0.4875	37.1079	39.2845	123.296
2	5.0869	-0.7803	-2.2149	4.0699	-1.3178	3.2352	-0.0137	-0.7008	-1.4981	0.0148	0.5575	-1.1467	-0.9794	0.6054	0.4974	1.3629	0.2264	-0.0573	0.8636	0.0483	0.0639	39.3866	28.9558	107.6021
3	4.0429	0.1615	-4.754	4.2963	-0.0654	5.8469	1.1965	-0.4682	0.5163	0.1025	-0.2009	0.1079	0.9554	0.3938	-1.0838	1.3244	0.0761	-0.0834	1.0738	0.0721	0.4122	41.5035	36.6475	99.7705
4	1.5848	-0.0694	2.1429	9.6044	-2.6027	7.8719	-0.1484	-0.2372	-0.0725	-0.9976	0.4102	0.4395	0.5882	-0.118	-0.3667	0.9908	0.1191	0.0378	0.8835	-0.0044	0.3905	33.523	33.329	113.7477
5	7.2643	-5.2236	-4.5057	5.1327	4.6968	4.4109	0.8581	0.2204	0.9062	-0.478	0.0401	-0.5287	-0.7227	-0.7228	-0.8498	1.2859	0.0648	0.1518	0.9334	-0.143	0.4813	38.617	31.0438	127.894
6	2.1182	-3.5345	1.7214	6.345	-3.7675	2.9436	-0.4864	-2.7558	0.1866	0.2431	2.251	0.2475	0.513	0.0335	-1.8183	1.6741	0.1749	0.2523	1.651	-0.0452	0.7768	27.0777	37.0813	138.2514
7	9.1976	-7.1088	9.1756	2.0018	-6.2372	9.2889	2.4933	-0.1372	-0.9713	0.3683	1.6748	2.3521	1.0587	0.7088	-3.3768	1.8711	0.0528	-0.0679	2.9373	0.5015	1.204	27.8178	25.0148	148.1332
8	2.2044	2.6377	-1.6162	3.695	-2.7496	2.5652	2.2184	1.2947	0.2225	0.8013	-1.2439	2.5724	-1.6212	-0.3939	-0.7622	2.8272	0.2254	0.386	2.1839	-0.069	1.6393	29.5826	30.8837	155.9265
9	1.9814	4.729	6.2753	4.9546	4.7864	5.4303	-1.7542	-1.1255	-0.488	-2.1836	-0.4763	1.0371	-0.6017	-2.7687	2.3623	1.6108	0.2018	0.0482	2.0861	-0.137	0.7456	33.9241	26.5048	142.0879
10	6.2434	-5.5453	0.9434	6.0806	0.015	5.2782	0.5131	1.3123	-0.6868	-0.2367	0.943	1.0839	-0.6461	1.658	-1.4248	1.537	0.0489	0.0675	1.4963	0.227	0.7123	24.3302	32.7553	131.2186
11	0.9973	2.0279	-2.0995	4.3662	-5.0353	6.1497	-0.147	-1.6646	-1.0778	1.3443	-0.6108	1.3185	-1.1279	0.2939	0.6257	1.2381	0.4415	0.2089	1.3541	0.362	0.8944	24.3276	38.9796	112.2155
12	1.2654	1.2285	-2.1713	8.8151	0.1457	3.7343	0.1623	0.4149	-0.1375	1.1034	-0.3908	0.6887	-0.3276	0.1248	0.2017	0.9472	0.1904	-0.1596	0.8347	-0.0736	0.5484	9.1253	48.2741	107.4996
13	6.0228	2.5864	-1.4929	1.3749	-0.4154	1.598	-1.1104	-1.1235	1.0721	-0.7115	0.5309	0.6391	-0.2148	-0.1016	0.5561	1.2849	0.3358	-0.0765	1.1061	0.0228	0.6832	1.4455	64.5836	102.4823
14	8.6938	0.5115	5.1294	4.6067	0.1272	3.0197	0.0757	0.8823	-0.257	0.1171	0.2389	0.4888	0.3098	0.8155	-0.1678	1.0105	0.1139	-0.0469	0.9692	0.0937	0.5149	7.0433	53.7053	100.1202
15	3.1535	-1.0258	3.5285	5.9172	0.9861	5.0126	0.317	-0.241	-1.0694	0.2542	0.7241	0.6812	0.5599	-0.2306	-0.7039	1.1648	0.1982	0.0718	0.8663	-0.0164	0.5527	14.3729	44.436	115.4991
16	8.1293	-2.0352	-1.1577	6.3005	-1.2392	1.8113	0.4515	-0.4918	-0.8839	1.0835	-0.8422	-0.9557	-0.5131	0.0596	0.5391	1.1007	0.0804	0.0747	0.8014	0.0513	1.0174	13.196	33.3122	109.1728
17	8.6653	5.5562	-4.7607	8.1155	-0.7227	8.4181	1.0173	-0.4894	-0.2187	0.6811	-0.6714	0.2832	-0.0988	0.7573	-0.3914	0.9855	0.2566	-0.0428	0.8407	0.1105	0.5048	30.0723	36.8036	103.6932
18	3.1478	3.5928	-0.106	4.3597	1.0474	6.6517	0.5326	0.117	0.3397	0.6029	0.4876	-0.2337	-0.288	-0.7042	-1.0625	1.3702	0.0294	-0.0343	1.0277	0.0395	0.5111	43.6209	43.2932	93.3331
19	3.6295	-0.7236	-3.5117	0.2939	0.5054	3.3883	-1.3769	-1.3598	-1.0728	0.8467	1.1784	-0.4169	-0.5665	1.6525	0.3677	1.28	0.1198	-0.1598	1.535	0.3006	0.8069	53.3199	28.4798	93.3761
20	3.1415	-3.0503	2.813	4.1572	-1.847	3.345	-1.0576	-0.5783	-0.4294	0.4516	0.1675	-0.8167	-1.266	1.4929	1.2363	1.4695	-0.0268	-0.2148	1.8484	0.3387	1.8102	69.0956	26.4555	91.0341

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:4)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 5:9)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 10:14)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 15:20)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 21:24)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 25:28)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 29:32)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 33:41)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 42:45)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 46:49)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 50:54)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 55:62)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 63:68)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 69:75)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 76:79)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 80:83)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 84:88)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 89:92)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 93:96)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 97:101)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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