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- PDB-4rz8: Crystal structure of HIV-1 gp120 core in complex with NBD-11021, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rz8
タイトルCrystal structure of HIV-1 gp120 core in complex with NBD-11021, a small molecule CD4-antagonist
要素Envelope glycoprotein gp120
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-1 gp120 / NBD-11021 / small molecule CD4-antagonist / Phe 43 cavity
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3ZM / clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kwon, Y.D. / Debnath, A.K. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structure-Based Design of a Small Molecule CD4-Antagonist with Broad Spectrum Anti-HIV-1 Activity.
著者: Curreli, F. / Kwon, Y.D. / Zhang, H. / Scacalossi, D. / Belov, D.S. / Tikhonov, A.A. / Andreev, I.A. / Altieri, A. / Kurkin, A.V. / Kwong, P.D. / Debnath, A.K.
履歴
登録2014年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22017年8月2日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector / _software.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein gp120
B: Envelope glycoprotein gp120
C: Envelope glycoprotein gp120
D: Envelope glycoprotein gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,22352
ポリマ－156,6414
非ポリマー11,58148
水12,466692
1
A: Envelope glycoprotein gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,83512
ポリマ－39,1601
非ポリマー2,67411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Envelope glycoprotein gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,83512
ポリマ－39,1601
非ポリマー2,67411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Envelope glycoprotein gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,27714
ポリマ－39,1601
非ポリマー3,11713
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Envelope glycoprotein gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,27714
ポリマ－39,1601
非ポリマー3,11713
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.621, 68.842, 116.192
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Envelope glycoprotein gp120


分子量: 39160.367 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 43-122, 201-303, 325-486 / 変異: V1V2 and V3 deletion, H375S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: clade A/E 93TH057 / 遺伝子: env / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0ED31, UniProt: A0A0M3KKW9*PLUS
#2: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-3ZM / 5-(4-chlorophenyl)-N-{(S)-[5-(hydroxymethyl)-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl][(2R)-piperidin-2-yl]methyl}-1H-pyrrole-2-carboxamide


分子量: 444.978 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25ClN4O2S
#4: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG 8000, 5% iso-propanol, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. all: 150137 / Num. obs: 131370 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 36.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Rsym value: 0.896 / % possible all: 28.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1839)精密化
HKL-2000データ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID: 3TGT

3tgt


解像度: 1.9→44.027 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2435 1896 1.52 %
Rwork0.2266 --
obs0.2269 124366 93.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.027 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10579 0 740 692 12011
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00111619
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44815805
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.044207
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0211865
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021997
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94750.3333980.2995849X-RAY DIFFRACTION64
1.9475-2.00020.29961130.29157273X-RAY DIFFRACTION78
2.0002-2.0590.33951230.28558058X-RAY DIFFRACTION87
2.059-2.12550.30771330.27898721X-RAY DIFFRACTION94
2.1255-2.20150.30351430.27179128X-RAY DIFFRACTION98
2.2015-2.28960.27581500.26099252X-RAY DIFFRACTION99
2.2896-2.39380.30541370.26059231X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-2.520.30691430.26239307X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.67780.28491400.25249285X-RAY DIFFRACTION100
2.6778-2.88460.26341490.25269318X-RAY DIFFRACTION100
2.8846-3.17480.24291360.24169302X-RAY DIFFRACTION100
3.1748-3.6340.25551440.21749278X-RAY DIFFRACTION99
3.634-4.57770.1711430.18659279X-RAY DIFFRACTION99
4.5777-44.03880.22151440.20199189X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2185-0.7865-0.11723.2191-0.4774.3948-0.1303-0.79010.12020.08070.2756-0.2910.2360.5101-0.14230.28820.05120.06990.47-0.13030.560417.5797-3.299943.1081
22.7452-0.4734-0.28452.3839-0.94232.76630.1131-0.80621.41360.30380.3424-0.3414-0.76890.1933-0.09970.5402-0.09880.23550.5118-0.46931.173814.298919.001743.2867
32.57240.48370.10532.38350.6364.1155-0.11340.5969-0.22740.08520.02240.53020.3694-0.56860.0790.2873-0.06590.10110.4276-0.0720.664319.139231.129612.6934
42.81490.1458-0.47042.43320.46083.84950.17190.54860.8077-0.05040.2120.4364-0.869-0.2103-0.23850.43160.05920.15980.36140.16910.849222.462953.066612.7677
54.41791.30480.63174.60790.86331.78390.1892-0.0695-0.44080.0492-0.0269-0.28810.22620.0161-0.17460.33990.0163-0.09280.2758-0.01080.251361.849812.325420.3875
64.07540.6850.8882.39660.55061.28750.07220.23420.2284-0.09410.0211-0.0815-0.1340.239-0.10490.299-0.0339-0.00440.2752-0.03510.196160.789934.558217.0868
73.76520.3133-0.49773.7623-0.55411.76690.0793-0.1659-0.1334-0.1245-0.12480.10960.15450.01950.05050.28190.0531-0.06750.2457-0.05060.170824.806212.3656-33.6153
84.31690.47930.12.5394-0.41710.88350.17230.12230.4578-0.0316-0.08940.1087-0.18490.0824-0.08370.31370.02520.00460.2404-0.04780.225523.928834.5027-37.1745
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 44:252 or resid 474:492)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resi 253:473
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and (resid 44:252 or resid 474:492)
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resi 253:473
5X-RAY DIFFRACTION5chain C and (resid 44:252 or resid 474:492)
6X-RAY DIFFRACTION6chain C and resi 253:473
7X-RAY DIFFRACTION7chain D and (resid 44:252 or resid 474:492)
8X-RAY DIFFRACTION8chain D and resi 253:473

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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