PDB-4rz8: Crystal structure of HIV-1 gp120 core in complex with NBD-11021, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rz8

タイトル

Crystal structure of HIV-1 gp120 core in complex with NBD-11021, a small molecule CD4-antagonist

要素

Envelope glycoprotein gp120

キーワード

VIRAL PROTEIN / HIV-1 gp120 / NBD-11021 / small molecule CD4-antagonist / Phe 43 cavity

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane fusion involved in viral entry into host cell / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Kwon, Y.D. / Debnath, A.K. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structure-Based Design of a Small Molecule CD4-Antagonist with Broad Spectrum Anti-HIV-1 Activity.
著者: Curreli, F. / Kwon, Y.D. / Zhang, H. / Scacalossi, D. / Belov, D.S. / Tikhonov, A.A. / Andreev, I.A. / Altieri, A. / Kurkin, A.V. / Kwong, P.D. / Debnath, A.K.

履歴

登録	2014年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月23日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月2日	Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector / _software.name
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rz8.cif.gz	578.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rz8.ent.gz	483 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rz8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rz8_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rz8_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	4rz8_validation.xml.gz	64.3 KB	表示
CIF形式データ	4rz8_validation.cif.gz	85.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/4rz8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/4rz8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tgtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4dku-1 4dkp-1 3tgq-3 4dvs-2 4dkv-1 4dvw-2 4dku-2 4dkv-2 4i54-1 4dvw-1 4dvt-1 4dvv-2 4dkq-d 5u6e-2 3tgt-d 4i54-2 2zba-3 6ut1-d 4lht-2 4dvt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (6) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (6) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Envelope glycoprotein gp120

B: Envelope glycoprotein gp120

C: Envelope glycoprotein gp120

D: Envelope glycoprotein gp120

ヘテロ分子

168 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Envelope glycoprotein gp120

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Envelope glycoprotein gp120

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Envelope glycoprotein gp120

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Envelope glycoprotein gp120

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.621, 68.842, 116.192
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.59, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Envelope glycoprotein gp120

分子量: 39160.367 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 43-122, 201-303, 325-486 / 変異: V1V2 and V3 deletion, H375S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: clade A/E 93TH057 / 遺伝子: env / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主:

Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0ED31, UniProt: A0A0M3KKW9*PLUS

#2: 糖

...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-3ZM / 5-(4-chlorophenyl)-N-{(S)-[5-(hydroxymethyl)-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl][(2R)-piperidin-2-yl]methyl}-1H-pyrrole-2-carboxamide

分子量: 444.978 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₅ClN₄O₂S

#4: 化合物

ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES

分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% PEG 8000, 5% iso-propanol, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→50 Å / Num. all: 150137 / Num. obs: 131370 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 36.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / R_sym value: 0.896 / % possible all: 28.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1839)	精密化
HKL-2000		データ削減
PROTEUM PLUS	PLUS	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID: 3TGT

3tgt

解像度: 1.9→44.027 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2435	1896	1.52 %
R_work	0.2266	-	-
obs	0.2269	124366	93.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.027 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10579	0	740	692	12011

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.001	11619
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.448	15805
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.04	4207
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.021	1865
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1997

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9475	0.3333	98	0.299	5849	X-RAY DIFFRACTION	64
1.9475-2.0002	0.2996	113	0.2915	7273	X-RAY DIFFRACTION	78
2.0002-2.059	0.3395	123	0.2855	8058	X-RAY DIFFRACTION	87
2.059-2.1255	0.3077	133	0.2789	8721	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1255-2.2015	0.3035	143	0.2717	9128	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2015-2.2896	0.2758	150	0.2609	9252	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2896-2.3938	0.3054	137	0.2605	9231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.52	0.3069	143	0.2623	9307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.6778	0.2849	140	0.2524	9285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6778-2.8846	0.2634	149	0.2526	9318	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8846-3.1748	0.2429	136	0.2416	9302	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1748-3.634	0.2555	144	0.2174	9278	X-RAY DIFFRACTION	99
3.634-4.5777	0.171	143	0.1865	9279	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5777-44.0388	0.2215	144	0.2019	9189	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2185	-0.7865	-0.1172	3.2191	-0.477	4.3948	-0.1303	-0.7901	0.1202	0.0807	0.2756	-0.291	0.236	0.5101	-0.1423	0.2882	0.0512	0.0699	0.47	-0.1303	0.5604	17.5797	-3.2999	43.1081
2	2.7452	-0.4734	-0.2845	2.3839	-0.9423	2.7663	0.1131	-0.8062	1.4136	0.3038	0.3424	-0.3414	-0.7689	0.1933	-0.0997	0.5402	-0.0988	0.2355	0.5118	-0.4693	1.1738	14.2989	19.0017	43.2867
3	2.5724	0.4837	0.1053	2.3835	0.636	4.1155	-0.1134	0.5969	-0.2274	0.0852	0.0224	0.5302	0.3694	-0.5686	0.079	0.2873	-0.0659	0.1011	0.4276	-0.072	0.6643	19.1392	31.1296	12.6934
4	2.8149	0.1458	-0.4704	2.4332	0.4608	3.8495	0.1719	0.5486	0.8077	-0.0504	0.212	0.4364	-0.869	-0.2103	-0.2385	0.4316	0.0592	0.1598	0.3614	0.1691	0.8492	22.4629	53.0666	12.7677
5	4.4179	1.3048	0.6317	4.6079	0.8633	1.7839	0.1892	-0.0695	-0.4408	0.0492	-0.0269	-0.2881	0.2262	0.0161	-0.1746	0.3399	0.0163	-0.0928	0.2758	-0.0108	0.2513	61.8498	12.3254	20.3875
6	4.0754	0.685	0.888	2.3966	0.5506	1.2875	0.0722	0.2342	0.2284	-0.0941	0.0211	-0.0815	-0.134	0.239	-0.1049	0.299	-0.0339	-0.0044	0.2752	-0.0351	0.1961	60.7899	34.5582	17.0868
7	3.7652	0.3133	-0.4977	3.7623	-0.5541	1.7669	0.0793	-0.1659	-0.1334	-0.1245	-0.1248	0.1096	0.1545	0.0195	0.0505	0.2819	0.0531	-0.0675	0.2457	-0.0506	0.1708	24.8062	12.3656	-33.6153
8	4.3169	0.4793	0.1	2.5394	-0.4171	0.8835	0.1723	0.1223	0.4578	-0.0316	-0.0894	0.1087	-0.1849	0.0824	-0.0837	0.3137	0.0252	0.0046	0.2404	-0.0478	0.2255	23.9288	34.5027	-37.1745

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 44:252 or resid 474:492)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resi 253:473
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain B and (resid 44:252 or resid 474:492)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resi 253:473
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain C and (resid 44:252 or resid 474:492)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain C and resi 253:473
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain D and (resid 44:252 or resid 474:492)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain D and resi 253:473

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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