PDB-4rz4: Fructose-6-phosphate aldolase Q59E Y131F from E.coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rz4

タイトル

Fructose-6-phosphate aldolase Q59E Y131F from E.coli

要素

Fructose-6-phosphate aldolase 1

キーワード

LYASE / TIM barrel / homodecamer

機能・相同性

機能・相同性情報

ketone catabolic process / fructose 6-phosphate aldolase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離 / fructose metabolic process / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Sandalova, T. / Stellmacher, L. / Leptihn, S. / Schneider, G. / Sprenger, G.A. / Samland, A.K.

引用

ジャーナル: ChemCatChem / 年: 2015
タイトル: Acid Base Catalyst Discriminates between a Fructose 6-Phosphate Aldolase and a Transaldolase
著者: Stellmacher, L. / Sandalova, T. / Leptihn, S. / Schneider, G. / Sprenger, G.A. / Samland, A.K.

履歴

登録	2014年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rz4.cif.gz	430 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rz4.ent.gz	349.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rz4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/4rz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/4rz4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rxfC 4rxgC 4rz5C 4rz6C 4s1fC 1l6wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4s1f-1 4rxf-d 4rxg-d 1l6w-d 4s1f-2 5zol-d 6yrt-1 3s1u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fructose-6-phosphate aldolase 1

B: Fructose-6-phosphate aldolase 1

C: Fructose-6-phosphate aldolase 1

D: Fructose-6-phosphate aldolase 1

E: Fructose-6-phosphate aldolase 1

F: Fructose-6-phosphate aldolase 1

G: Fructose-6-phosphate aldolase 1

H: Fructose-6-phosphate aldolase 1

I: Fructose-6-phosphate aldolase 1

J: Fructose-6-phosphate aldolase 1

ヘテロ分子

243 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.440, 133.000, 102.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.37, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 220 / Label seq-ID: 7 - 226

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Fructose-6-phosphate aldolase 1 / Fructose-6-phosphate aldolase A / FSAA 分子量: 23830.623 Da / 分子数: 10 / 変異: Q59E Y131F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0825, fsa, fsaA, JW5109, mipB, ybiZ / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS Star 参照: UniProt: P78055, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M NaCl, 21% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月22日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→88.44 Å / Num. all: 236188 / Num. obs: 236188 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / R_merge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 11527 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1L6W, pentamer

1l6w

解像度: 1.75→88.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 2.459 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19585	11921	5 %	RANDOM
R_work	0.17919	-	-	-
all	0.18003	224227	-	-
obs	0.18003	224227	99.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.152 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.35 Å²	0 Å²	0.48 Å²
2-	-	-0.62 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→88.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16140	0	140	1298	17578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	16536
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	16577
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.318	1.987	22483
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.095	3	38141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.346	5	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.907	25.179	560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.373	15	2729
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.562	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	2739
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	18623
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	3309
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.146	1.66	8808
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.142	1.659	8807
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.758	2.482	10997
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.758	2.482	10998
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.902	1.908	7728
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.872	1.899	7688
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.93	2.737	11418
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.474	13.977	19163
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.316	13.656	18455
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	13726	0.02
1	2	B	13726	0.02
2	1	A	13726	0.02
2	2	C	13726	0.02
3	1	A	13721	0.02
3	2	D	13721	0.02
4	1	A	13682	0.03
4	2	E	13682	0.03
5	1	A	13699	0.04
5	2	F	13699	0.04
6	1	A	13629	0.04
6	2	G	13629	0.04
7	1	A	13681	0.04
7	2	H	13681	0.04
8	1	A	13581	0.04
8	2	I	13581	0.04
9	1	A	13485	0.06
9	2	J	13485	0.06
10	1	B	13725	0
10	2	C	13725	0
11	1	B	13712	0.02
11	2	D	13712	0.02
12	1	B	13664	0.03
12	2	E	13664	0.03
13	1	B	13697	0.03
13	2	F	13697	0.03
14	1	B	13621	0.04
14	2	G	13621	0.04
15	1	B	13672	0.03
15	2	H	13672	0.03
16	1	B	13572	0.04
16	2	I	13572	0.04
17	1	B	13490	0.05
17	2	J	13490	0.05
18	1	C	13735	0.02
18	2	D	13735	0.02
19	1	C	13700	0.03
19	2	E	13700	0.03
20	1	C	13725	0.03
20	2	F	13725	0.03
21	1	C	13645	0.04
21	2	G	13645	0.04
22	1	C	13696	0.04
22	2	H	13696	0.04
23	1	C	13608	0.04
23	2	I	13608	0.04
24	1	C	13517	0.05
24	2	J	13517	0.05
25	1	D	13692	0.03
25	2	E	13692	0.03
26	1	D	13711	0.04
26	2	F	13711	0.04
27	1	D	13647	0.04
27	2	G	13647	0.04
28	1	D	13695	0.04
28	2	H	13695	0.04
29	1	D	13586	0.05
29	2	I	13586	0.05
30	1	D	13505	0.06
30	2	J	13505	0.06
31	1	E	13664	0.04
31	2	F	13664	0.04
32	1	E	13598	0.05
32	2	G	13598	0.05
33	1	E	13662	0.04
33	2	H	13662	0.04
34	1	E	13595	0.04
34	2	I	13595	0.04
35	1	E	13523	0.05
35	2	J	13523	0.05
36	1	F	13642	0.04
36	2	G	13642	0.04
37	1	F	13674	0.05
37	2	H	13674	0.05
38	1	F	13603	0.04
38	2	I	13603	0.04
39	1	F	13526	0.05
39	2	J	13526	0.05
40	1	G	13623	0.05
40	2	H	13623	0.05
41	1	G	13591	0.05
41	2	I	13591	0.05
42	1	G	13458	0.06
42	2	J	13458	0.06
43	1	H	13565	0.05
43	2	I	13565	0.05
44	1	H	13481	0.06
44	2	J	13481	0.06
45	1	I	13544	0.05
45	2	J	13544	0.05

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	865	-
R_work	0.268	16424	-
obs	-	-	98.5 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)