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- PDB-4rz0: Crystal Structure of Plasmodium falciparum putative histone methy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rz0
タイトルCrystal Structure of Plasmodium falciparum putative histone methyltransferase PFL0690c
要素PFL0690c
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics Consortium / SGC / Putative Histone Methyltransferase / PFL0690c
機能・相同性Beta-clip-like / SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain profile. / SET domain / Beta Complex / Mainly Beta / SET domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Plasmodium (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.487 Å
データ登録者Jiang, D.Q. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Graslund, S. / He, H. / Ravichandran, M. / Seitova, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. ...Jiang, D.Q. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Graslund, S. / He, H. / Ravichandran, M. / Seitova, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. / Hutchinson, A. / Lin, Y.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Plasmodium falciparum putative histone methyltransferase PFL0690c
著者: Jiang, D.Q. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Graslund, S. / He, H. / Ravichandran, M. / Seitova, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. / Hutchinson, A. / Lin, Y.H.
履歴
登録2014年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.22024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PFL0690c
B: PFL0690c


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5619
ポリマ－33,5612
非ポリマー07
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.730, 53.474, 111.592
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1ILEILELYSLYSchain AAA3 - 1463 - 146
2LYSLYSTRPTRPchain BBB6 - 1446 - 144

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要素

#1: タンパク質 PFL0690c


分子量: 16780.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Plasmodium (真核生物) / 株: Laverania / 遺伝子: PFAG_03779, PFL0690c / プラスミド: PFBOH-MHL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: W7FLI1
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 7 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20% PEG3350, 0.2M NH4Cl, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.487→50 Å / Num. all: 10729 / Num. obs: 10658 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 55.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.351 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.5460.844940.742194.6
2.54-2.596.70.8285070.748197.7
2.59-2.646.80.6465050.839198.1
2.64-2.697.30.6575160.853198.5
2.69-2.757.50.5415220.836199.6
2.75-2.827.70.55190.832199.8
2.82-2.8980.4615400.8731100
2.89-2.968.30.3565210.9111100
2.96-3.058.20.2725271.0051100
3.05-3.158.20.2385310.9961100
3.15-3.268.20.1685291.1421100
3.26-3.398.10.1475251.2231100
3.39-3.558.10.125361.3491100
3.55-3.738.10.0975321.5361100
3.73-3.9780.0875371.7931100
3.97-4.277.90.0745462.173199.8
4.27-4.77.70.0655382.459199.8
4.7-5.387.40.0595572.1841100
5.38-6.787.10.0565641.9541100
6.78-506.60.0416122.201199.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9-1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
APSデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.487→48.223 Å / SU ML: 0.52 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 523 4.95 %RANDOM
Rwork0.2198 ---
all0.2225 10573 --
obs0.2225 10573 98.12 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.17 Å2 / Biso mean: 52.4588 Å2 / Biso min: 26.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.487→48.223 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1654 0 7 8 1669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121688
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3362308
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063271
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.888560
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A862X-RAY DIFFRACTION4.536TORSIONAL
12B862X-RAY DIFFRACTION4.536TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4865-2.73670.40751130.31032328244193
2.7367-3.13270.33971440.279224982642100
3.1327-3.94650.29551300.224125522682100
3.9465-48.23230.22571360.189226722808100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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