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万見
- PDB-4ryk: Crystal structure of a putative transcriptional regulator from Li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ryk
タイトルCrystal structure of a putative transcriptional regulator from Listeria monocytogenes EGD-e
要素Lmo0325 protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcription activator MutR, C-terminal / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / L(+)-TARTARIC ACID / Lmo0325 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative transcriptional regulator from Listeria monocytogenes EGD-e
著者: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2014年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lmo0325 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4424
ポリマ－36,8441
非ポリマー5993
水2,450136
1
A: Lmo0325 protein
ヘテロ分子

A: Lmo0325 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8858
ポリマ－73,6882
非ポリマー1,1976
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_566x,-y+1,-z+3/21
Buried area7850 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area28230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.310, 103.930, 112.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lmo0325 protein


分子量: 36843.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
遺伝子: lmo0325 / プラスミド: pMCSG87 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: Q8YA39
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.1 M Ammonium Tartrate, 25 % Sucrose, 10 % PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月21日 / 詳細: beryllium lenses
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→56.4 Å / Num. all: 30178 / Num. obs: 30178 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 37.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル解像度: 2.09→2.14 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.658 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2187 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.8.0069精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.09→56.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 8.317 / SU ML: 0.104 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19919 1514 5 %RANDOM
Rwork0.16783 ---
obs0.1694 28664 99.29 %-
all-28664 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.718 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.22 Å20 Å2-0 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3----2.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→56.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2483 0 29 136 2648
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192574
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6471.9573461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85135608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6565294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.97123.778135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.2515465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2151517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022847
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02635
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7533.6061182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7443.6051181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0985.3791474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1015.3811475
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.194.1891390
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.194.1891390
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.3846.11988
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.51330.2553185
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.51230.2673186
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.14 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 98 -
Rwork0.271 2089 -
obs--98.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8129-0.45960.53641.4792-0.40592.94270.06420.02010.15850.0714-0.0748-0.0629-0.02460.62630.01060.1826-0.0052-0.00460.2215-0.00110.010572.99349.633495.3704
22.06470.46431.18265.98870.40251.82870.0523-0.23370.21740.5027-0.0021-0.07440.0750.0851-0.05010.2256-0.00770.06940.0693-0.06370.085659.84672.290777.0757
37.2922-5.37050.004712.4352-2.71819.0444-0.277-0.09510.0627-0.33670.40640.7216-0.2575-0.7498-0.12940.21190.02310.00980.0885-0.04340.298647.280581.920170.0895
42.04670.34170.39270.13190.53283.22580.06470.14280.2149-0.0783-0.00860.0194-0.3792-0.0956-0.05610.25420.05430.03790.07830.01710.027655.358264.623761.9993
52.89330.257-0.58060.61160.11681.5992-0.00630.40940.0156-0.19190.11830.15910.1095-0.1837-0.1120.1908-0.0284-0.04850.12520.05280.066240.455453.975369.895
62.8127-0.6061.63892.6389-0.08284.708-0.19770.04160.21780.00050.14320.3516-0.5531-0.52730.05450.13480.0483-0.03840.13620.10660.18128.408462.394977.3739
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2A69 - 115
3X-RAY DIFFRACTION3A116 - 134
4X-RAY DIFFRACTION4A135 - 177
5X-RAY DIFFRACTION5A178 - 261
6X-RAY DIFFRACTION6A262 - 297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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