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万見
- PDB-4k8u: Crystal structure of TRAF4 TRAF domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k8u
タイトルCrystal structure of TRAF4 TRAF domain
要素TNF receptor-associated factor 4
キーワードSIGNALING PROTEIN / TRAF domain / TRAF fold / Protein interaction / signaling molecule binding
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory tube development / respiratory gaseous exchange by respiratory system / thioesterase binding / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of protein kinase activity / WW domain binding / bicellular tight junction / signaling adaptor activity / RING-type E3 ubiquitin transferase ...respiratory tube development / respiratory gaseous exchange by respiratory system / thioesterase binding / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of protein kinase activity / WW domain binding / bicellular tight junction / signaling adaptor activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of JNK cascade / fibrillar center / ubiquitin protein ligase activity / regulation of apoptotic process / cytoskeleton / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell surface receptor signaling pathway / innate immune response / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
TNF receptor-associated factor 4, MATH domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / MATH/TRAF domain ...TNF receptor-associated factor 4, MATH domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TNF receptor-associated factor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.302 Å
データ登録者Park, H.H. / Yoon, J.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of the TRAF4 TRAF domain with a coiled-coil domain and its implications for the TRAF4 signalling pathway.
著者: Yoon, J.H. / Cho, Y.J. / Park, H.H.
履歴
登録2013年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Data collection
改定 1.22020年1月1日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF receptor-associated factor 4
B: TNF receptor-associated factor 4
C: TNF receptor-associated factor 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4933
ポリマ－68,4933
非ポリマー00
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.949, 87.989, 117.364
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TNF receptor-associated factor 4 / Cysteine-rich domain associated with RING and Traf domains protein 1 / Metastatic lymph node gene ...Cysteine-rich domain associated with RING and Traf domains protein 1 / Metastatic lymph node gene 62 protein / MLN 62 / RING finger protein 83


分子量: 22830.863 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 281-470 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BUZ4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 13% PEG 3350, 0.14M Magnessium formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月8日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→42 Å / Num. obs: 27677 / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.302→41.589 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7417 / SU ML: 0.67 / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 31.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2813 1383 5.03 %Random
Rwork0.2374 ---
obs0.2397 27521 99.22 %-
all-28354 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.454 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 126.36 Å2 / Biso mean: 61.629 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.698 Å20 Å20 Å2
2--0.96 Å2-0 Å2
3----0.262 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.302→41.589 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4294 0 0 46 4340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014414
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4515972
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.116610
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006780
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4321637
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3022-2.38450.40741170.32552513263097
2.3845-2.480.4151260.31272594272099
2.48-2.59280.37441270.304825822709100
2.5928-2.72950.38361390.313126062745100
2.7295-2.90050.34141600.276325562716100
2.9005-3.12440.28591380.272326282766100
3.1244-3.43860.30151350.248226222757100
3.4386-3.93590.28471450.221126342779100
3.9359-4.95750.22341390.19192660279999
4.9575-41.59530.24571570.2192743290098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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