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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ryi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of BcTSPO/PK11195 complex | ||||||
要素 | Integral membrane protein | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS / Receptor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tetrapyrrole metabolic process / tetrapyrrole binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus cereus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.49 Å | ||||||
データ登録者 | Guo, Y. / Liu, Q. / Hendrickson, W.A. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS) | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2015 タイトル: Protein structure. Structure and activity of tryptophan-rich TSPO proteins. 著者: Guo, Y. / Kalathur, R.C. / Liu, Q. / Kloss, B. / Bruni, R. / Ginter, C. / Kloppmann, E. / Rost, B. / Hendrickson, W.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ryi.cif.gz | 74.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ryi.ent.gz | 56.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ryi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ryi_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ryi_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4ryi_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ryi_validation.cif.gz | 16.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/4ryi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/4ryi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21496.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 14579 / DSM 31 / 遺伝子: BC_3136, DSM 31 / プラスミド: pMCSG7 10xHis 30021246 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q81BL7 #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.31 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 7.5 詳細: 3% PEG 4000, 0.066 sodium chloride, 0.02 Tris,pH 7.5 as crystallization buffer, covered the drop of a mix of (10mg/mL protein and saturated PK11195 in 8% DMSO):monoolein in a ratio of 2/3 ...詳細: 3% PEG 4000, 0.066 sodium chloride, 0.02 Tris,pH 7.5 as crystallization buffer, covered the drop of a mix of (10mg/mL protein and saturated PK11195 in 8% DMSO):monoolein in a ratio of 2/3 (v/v), LCP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月21日 |
放射 | モノクロメーター: Single crystal bender / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.49→50 Å / Num. obs: 4245 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.176 / Net I/σ(I): 4.35 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.56 Å / % possible all: 88.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.49→35.12 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.5 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.49→35.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.49→35.1214 Å
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