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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rwr | ||||||
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タイトル | 2.1 Angstrom Crystal Structure of Stage II Sporulation Protein D from Bacillus anthracis | ||||||
![]() | Stage II sporulation protein D | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / stage II sporulation protein D / SpoIID / germination | ||||||
機能・相同性 | Sporulation stage II protein D, amidase enhancer LytB / Sporulation stage II protein D, amidase enhancer LytB N-terminal / Sporulation stage II, protein D firmicutes / Stage II sporulation protein / asexual sporulation / sporulation resulting in formation of a cellular spore / Stage II sporulation protein D / Stage II sporulation protein D![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. ...Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of the SpoIID Lytic Transglycosylases Essential for Bacterial Sporulation. 著者: Nocadello, S. / Minasov, G. / Shuvalova, L.S. / Dubrovska, I. / Sabini, E. / Anderson, W.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 230.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 194 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37055.449 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-339 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: BAS5136, BA_5528, DH23_5378, DJ42_3419, DJ44_3608, DJ45_519, DJ48_4453, DJ49_4581, GBAA_5528, spoIID プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.37 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein: 6.7 mG/mL, 0.5 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer, pH 8.3, 2mM N-Acetylglucosamine; Screen: Classics II (H7), 0.15M DL-Malic acid, pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Protein: 6.7 mG/mL, 0.5 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer, pH 8.3, 2mM N-Acetylglucosamine; Screen: Classics II (H7), 0.15M DL-Malic acid, pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月13日 / 詳細: Beryllium lenses |
放射 | モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 32915 / Num. obs: 32915 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1648 / Rsym value: 0.623 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.359 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→27.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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