PDB-4rwq: Crystal structure of the apo-state of porcine OAS1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rwq

タイトル

Crystal structure of the apo-state of porcine OAS1

要素

2'-5'-oligoadenylate synthase 1

キーワード

TRANSFERASE / Interferon-induced / dsRNA-activated

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of transformation of host cell by virus / 2'-5' oligoadenylate synthase / 2'-5'-oligoadenylate synthetase activity / regulation of ribonuclease activity / interleukin-27-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / type I interferon-mediated signaling pathway / antiviral innate immune response / double-stranded RNA binding / defense response to virus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Sus scrofa (ブタ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Lohoefener, J. / Steinke, N. / Kay-Fedorov, P. / Baruch, P. / Nikulin, A. / Tishchenko, S. / Manstein, D.J. / Fedorov, R.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: The Activation Mechanism of 2'-5'-Oligoadenylate Synthetase Gives New Insights Into OAS/cGAS Triggers of Innate Immunity.
著者: Lohofener, J. / Steinke, N. / Kay-Fedorov, P. / Baruch, P. / Nikulin, A. / Tishchenko, S. / Manstein, D.J. / Fedorov, R.

履歴

登録	2014年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rwq.cif.gz	294.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rwq.ent.gz	244.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rwq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rwq_validation.pdf.gz	436.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rwq_full_validation.pdf.gz	449.3 KB	表示
XML形式データ	4rwq_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	4rwq_validation.cif.gz	34.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/4rwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/4rwq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rwnC 4rwoC 4rwpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fdn-d 4p8k-2 3kmi-d 4xq7-d 6w13-d 7c6l-1 4i0o-d 4feh-d 6xix-4 1px5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 2'-5'-oligoadenylate synthase 1

B: 2'-5'-oligoadenylate synthase 1

82.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2'-5'-oligoadenylate synthase 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 2'-5'-oligoadenylate synthase 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.840, 145.080, 80.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.40, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	2'-5'-oligoadenylate synthase 1 / (2-5')oligo(A) synthase 1 / 2-5A synthase 1 / p42 OAS 分子量: 41278.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: OAS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q29599, 2'-5' oligoadenylate synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.39 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Sodium acetate pH 5.5, 10% PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月22日
放射	モノクロメーター: Silicon 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→46 Å / Num. all: 15926 / Num. obs: 15919 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
SADABS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.1→45.498 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2604	793	4.99 %	random
R_work	0.2097	-	-	-
obs	0.2121	15906	99.91 %	-
all	-	15926	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→45.498 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5616	0	0	1	5617

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5746
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.66	7764
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.495	2190
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	838
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1006

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1-3.2942	0.342	139	0.2822	2501	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2942-3.5485	0.3274	139	0.2597	2507	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5485-3.9054	0.3154	135	0.232	2474	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9054-4.4701	0.2532	124	0.2046	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4701-5.6301	0.249	136	0.1989	2524	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6301-45.5033	0.2077	120	0.1807	2561	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1744	2.101	-3.5712	2.2258	-3.1906	6.5789	-0.4156	-0.9233	0.8171	-0.0647	-0.3577	-0.5021	-1.3717	2.0315	0.0002	1.0362	-0.5237	-0.2274	1.4018	0.3117	1.0913	-11.968	21.0452	16.9723
2	6.2121	2.9117	1.1811	3.0501	1.7716	4.273	-0.1306	-0.8559	0.4348	-0.1326	-0.1312	0.2735	-0.2387	-0.4206	0.0729	0.474	0.1327	0.0189	0.5139	-0.0898	0.5448	-34.1811	6.951	38.4206
3	2.4441	0.7957	-3.6434	8.8749	-0.8307	5.5946	-0.2575	0.2385	0.4173	-0.2096	0.582	-0.3493	-0.0784	0.0074	-0.2336	0.7955	0.0555	0.0442	0.7142	-0.1143	0.7975	-33.9902	17.7833	40.1201
4	3.4259	0.3831	0.4039	4.0576	1.254	4.5676	0.0203	-0.2151	0.4605	0.2382	-0.1814	-0.2362	-0.1993	0.1069	0.1881	0.5115	-0.0019	0.0544	0.3807	0.0902	0.485	-33.8711	1.9298	26.8039
5	3.1528	1.0686	-0.1605	4.5072	0.5247	2.583	-0.3879	0.9517	0.5726	-0.5697	0.0112	0.0536	-0.8418	0.5553	0.2477	0.9653	-0.3176	-0.1851	0.8989	0.4054	0.7051	-27.7183	9.6907	9.5795
6	5.4235	1.1388	0.5539	2.0376	0.0376	1.0091	0.3579	-1.726	-0.6935	0.1425	0.0795	0.2981	0.2683	-0.3465	-0.1826	0.8463	-0.1599	-0.1711	1.2532	0.465	0.8872	-18.665	-34.6842	29.5217
7	3.4528	-1.0894	1.3663	5.2977	-1.4374	4.379	0.003	-0.1609	-0.5249	0.3257	0.4241	-0.3278	-0.0587	-0.6038	-0.0025	0.4954	-0.0788	-0.0633	1.0665	0.0141	0.5392	-7.691	-27.2618	13.3395
8	2.9362	-2.0795	0.5683	3.6116	-1.4584	3.4538	0.0417	0.1826	-0.161	-0.106	-0.222	-0.5747	0.1995	0.7777	0.09	0.5541	-0.0724	-0.013	0.8249	0.0485	0.6746	-8.1763	-29.0775	13.3992
9	5.3294	1.8458	-1.028	3.6457	-1.9625	4.2636	0.272	0.1375	-1.2899	0.0932	0.0705	0.0203	0.3885	-0.472	-0.3092	0.5578	-0.0931	-0.0852	0.5298	0.0899	0.7725	-32.9877	-29.6421	15.0201

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 111 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 112 through 132 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 133 through 201 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 202 through 346 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 43 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 44 through 93 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 94 through 185 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 186 through 346 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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