PDB-3kmi: Crystal structure of putative membrane protein from Clostridium d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kmi

タイトル

Crystal structure of putative membrane protein from Clostridium difficile 630

要素

Putative membrane protein COG4129

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Chang, C. / Rakowski, E. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative membrane protein from Clostridium difficile 630
著者: Chang, C. / Rakowski, E. / Bearden, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kmi.cif.gz	93.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kmi.ent.gz	73.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kmi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/3kmi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/3kmi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4rwq-1 4rwq-2 2epg-2 6q5g-2 3nvx-2 1gtt-3 6w13-d 4i0o-d 3gre-d 5tyu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC38194.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative membrane protein COG4129

B: Putative membrane protein COG4129

ヘテロ分子

41.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.378, 66.242, 87.189
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative membrane protein COG4129 分子量: 20716.035 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 144-317 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア) 株: 630 / 遺伝子: CD3042 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: Q184N1
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.54 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 0.2M Ammonium formate pH 6.6, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931, 0.97945

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月12日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97931	1
2	0.97945	1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 25061 / Num. obs: 24870 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 23.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 48.12

反射シェル

解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 9.03 / Num. unique all: 1208 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.96→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 9.31 / SU ML: 0.123 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23526	1263	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19055	-	-	-
all	0.19286	24835	-	-
obs	0.19286	24835	99.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.743 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2750	0	10	294	3054

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	3148
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.291	1.965	4301
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.012	5	407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.659	25.29	155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.546	15	591
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.794	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	489
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.83	1.5	1928
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.484	2	3172
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.078	3	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.329	4.5	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.956→2.007 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	79	-
R_work	0.191	1668	-
obs	-	1747	95.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9473	-0.2663	-0.0088	7.9515	-1.2988	1.5781	-0.0561	-0.2742	0.2146	0.1578	0.1409	-0.2203	-0.0912	-0.0759	-0.0848	0.0149	0.0278	-0.0026	0.0761	-0.0254	0.0388	37.746	55.781	17.632
2	2.3773	2.6477	0.3444	7.8827	0.3562	2.5906	0.0022	0.0088	0.0068	-0.2639	0.0699	0.0768	0.1483	-0.0252	-0.0721	0.0413	0.0114	-0.0018	0.0897	0.0268	0.0297	38.052	44.541	11.479
3	1.6779	-1.0217	-0.1888	3.2467	-0.2184	5.4532	0.1158	-0.0404	0.0196	-0.0361	-0.1169	-0.2757	0.6896	0.5992	0.0011	0.1343	0.1237	-0.0028	0.1865	0.0555	0.0759	46.87	34.659	21.773
4	3.1377	4.0095	0.3969	11.2238	3.1796	5.0535	-0.2744	0.0435	-0.1777	-0.2425	0.1496	-0.2667	0.741	0.3407	0.1248	0.2	0.0918	0.0487	0.1267	0.0493	0.0398	43.201	34.927	12.403
5	3.1263	-0.1598	-1.3591	2.6552	1.1716	3.1716	0.458	0.1559	0.4372	-0.1503	-0.0271	-0.1842	-0.5348	0.0715	-0.4308	0.1409	-0.0423	0.1346	0.1021	-0.032	0.1658	51.728	49.605	-4.217
6	1.9658	-1.8588	-0.6548	7.8076	2.084	3.3436	0.0901	-0.2163	0.1822	0.1706	0.1409	-0.3693	0.1316	0.3246	-0.231	0.0675	-0.0102	0.0324	0.109	-0.0604	0.0673	48.329	40.56	1.284
7	3.5221	0.0911	-1.07	1.815	1.7916	3.7373	-0.0207	0.1999	-0.0383	-0.0138	-0.1024	0.2824	0.1204	-0.3851	0.1231	0.1045	-0.0214	0.018	0.1655	-0.0449	0.118	39.357	31.744	-9.668
8	2.6731	-4.5035	0.0715	12.5938	-3.0472	6.4939	-0.1921	-0.2332	-0.2011	0.0554	0.2674	0.1849	0.7776	-0.2392	-0.0753	0.182	-0.0107	0.0334	0.1418	-0.0172	0.0661	41.789	32.281	-0.357

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	150 - 216
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	217 - 240
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	241 - 284
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	285 - 315
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	150 - 216
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	217 - 240
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	241 - 284
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	285 - 315

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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