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- PDB-4rwg: Crystal structure of the CLR:RAMP1 extracellular domain heterodim... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 4rwg
タイトルCrystal structure of the CLR:RAMP1 extracellular domain heterodimer with bound high affinity CGRP analog
要素
  • CGRP analog
  • Maltose-binding periplasmic protein, Receptor activity-modifying protein 1, Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor fusion protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN/HORMONE / cell surface receptor / MEMBRANE PROTEIN-HORMONE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calcitonin gene-related peptide binding / CGRP receptor complex / calcitonin gene-related peptide receptor signaling pathway / adrenomedullin binding / positive regulation of protein glycosylation / cellular response to sucrose stimulus / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / amylin receptor activity ...calcitonin gene-related peptide binding / CGRP receptor complex / calcitonin gene-related peptide receptor signaling pathway / adrenomedullin binding / positive regulation of protein glycosylation / cellular response to sucrose stimulus / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / amylin receptor activity / calcitonin receptor activity / vascular associated smooth muscle cell proliferation / calcitonin gene-related peptide receptor activity / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / coreceptor activity / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / protein localization to plasma membrane / G protein-coupled receptor activity / intracellular protein transport / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / receptor internalization / calcium ion transport / protein transport / heart development / outer membrane-bounded periplasmic space / G alpha (s) signalling events / angiogenesis / periplasmic space / lysosome / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / endosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / DNA damage response / cell surface / endoplasmic reticulum / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, calcitonin gene-related peptide, type 1 receptor / Receptor activity modifying protein / RAMP domain superfamily / Receptor activity modifying family / GPCR, family 2, calcitonin receptor family / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors ...GPCR, family 2, calcitonin gene-related peptide, type 1 receptor / Receptor activity modifying protein / RAMP domain superfamily / Receptor activity modifying family / GPCR, family 2, calcitonin receptor family / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Receptor activity-modifying protein 1 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Booe, J. / Pioszak, A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Receptor Activity-Modifying Protein-Dependent Selective Peptide Recognition by a G Protein-Coupled Receptor.
著者: Booe, J.M. / Walker, C.S. / Barwell, J. / Kuteyi, G. / Simms, J. / Jamaluddin, M.A. / Warner, M.L. / Bill, R.M. / Harris, P.W. / Brimble, M.A. / Poyner, D.R. / Hay, D.L. / Pioszak, A.A.
履歴
登録2014年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月27日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / software
Item: _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein, Receptor activity-modifying protein 1, Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor fusion protein
B: Maltose-binding periplasmic protein, Receptor activity-modifying protein 1, Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor fusion protein
C: Maltose-binding periplasmic protein, Receptor activity-modifying protein 1, Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor fusion protein
D: CGRP analog
E: CGRP analog
F: CGRP analog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,54810
ポリマ－202,4976
非ポリマー1,0514
水1,26170
1
A: Maltose-binding periplasmic protein, Receptor activity-modifying protein 1, Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor fusion protein
D: CGRP analog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8413
ポリマ－67,4992
非ポリマー3421
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area25370 Å2
手法PISA
2
B: Maltose-binding periplasmic protein, Receptor activity-modifying protein 1, Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor fusion protein
E: CGRP analog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8664
ポリマ－67,4992
非ポリマー3672
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area27110 Å2
手法PISA
3
C: Maltose-binding periplasmic protein, Receptor activity-modifying protein 1, Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor fusion protein
F: CGRP analog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8413
ポリマ－67,4992
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area24940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.806, 104.623, 136.483
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 122.430, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2302-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
12A
22B
32C
13A
23B
33C
14D
24E
34F
15D
25F
16D
26E
36F
17E
27F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113A6 - 49
2113B6 - 49
3113C6 - 49
1213A58 - 61
2213B58 - 61
3213C58 - 61
1313A63 - 93
2313B63 - 93
3313C63 - 93
1413A95 - 119
2413B95 - 119
3413C95 - 119
1513A121 - 124
2513B121 - 124
3513C121 - 124
1613A127 - 132
2613B127 - 132
3613C127 - 132
1713A134 - 141
2713B134 - 141
3713C134 - 141
1813A143 - 172
2813B143 - 172
3813C143 - 172
1913A183 - 202
2913B183 - 202
3913C183 - 202
1123A204 - 247
2123B204 - 247
3123C204 - 247
1223A249 - 271
2223B249 - 271
3223C249 - 271
1323A276 - 314
2323B276 - 314
3323C276 - 314
1423A316 - 322
2423B316 - 322
3423C316 - 322
1523A324 - 326
2523B324 - 326
3523C324 - 326
1623A328 - 329
2623B328 - 329
3623C328 - 329
1723A331 - 355
2723B331 - 355
3723C331 - 355
1823A357 - 363
2823B357 - 363
3823C357 - 363
1133A1035 - 1036
2133B1035 - 1036
3133C1035 - 1036
1233A1040 - 1042
2233B1040 - 1042
3233C1040 - 1042
1333A1046 - 1060
2333B1046 - 1060
3333C1046 - 1060
1433A1062 - 1064
2433B1062 - 1064
3433C1062 - 1064
1533A1068 - 1082
2533B1068 - 1082
3533C1068 - 1082
1633A1084 - 1090
2633B1084 - 1090
3633C1084 - 1090
1733A1092 - 1093
2733B1092 - 1093
3733C1092 - 1093
1833A1095 - 1109
2833B1095 - 1109
3833C1095 - 1109
1145D2040 - 2050
2145E2040 - 2050
3145F2040 - 2050
1245D2064 - 2065
2245E2064 - 2065
3245F2064 - 2065
1343D2068 - 2081
2343E2068 - 2081
3343F2068 - 2081
1443D2083 - 2099
2443E2083 - 2099
3443F2083 - 2099
1543D2101 - 2105
2543E2101 - 2105
3543F2101 - 2105
1643D2107 - 2109
2643E2107 - 2109
3643F2107 - 2109
1743D2111 - 2113
2743E2111 - 2113
3743F2111 - 2113
1845D2114 - 2118
2845E2114 - 2118
3845F2114 - 2118
1943D2120 - 2127
2943E2120 - 2127
3943F2120 - 2127
1153D2066 - 2067
2153F2066 - 2067
1253D2128
2253F2128
1163D30 - 38
2163E30 - 38
3163F30 - 38
1175E29
2175F29

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.236976, -0.049529, -0.970252), (-0.127916, 0.991596, -0.019376), (0.963057, 0.11952, -0.24132)-10.98805, -55.237659, 73.27562
3given(-0.76175, 0.616604, 0.198837), (0.305608, 0.612602, -0.728919), (-0.571262, -0.494488, -0.655089)-132.911667, 60.521351, 67.121597
4given(1), (1), (1)
5given(-0.238762, -0.052804, -0.969641), (-0.127547, 0.991575, -0.022592), (0.962665, 0.118281, -0.243486)-10.78641, -55.176552, 73.412453
6given(-0.75991, 0.618793, 0.199077), (0.307718, 0.612218, -0.728354), (-0.572579, -0.492224, -0.655644)-132.94809, 60.683472, 66.871132
7given(1), (1), (1)
8given(0.054997, -0.053431, -0.997056), (0.103502, 0.993493, -0.047531), (0.993108, -0.100583, 0.06017)6.46377, -41.29961, 89.383034
9given(-0.775283, 0.587902, 0.230882), (0.255503, 0.626216, -0.736595), (-0.577628, -0.512079, -0.635706)-133.803864, 56.270512, 67.44915
10given(1), (1), (1)
11given(-0.037922, 0.004946, -0.999268), (0.051796, 0.998653, 0.002978), (0.997937, -0.051646, -0.038127)-2.81806, -44.908131, 87.158401
12given(-0.796694, 0.565686, 0.212785), (0.227897, 0.607259, -0.761117), (-0.559769, -0.557885, -0.612718)-132.120056, 57.74799, 70.720688
13given(1), (1), (1)
14given(-0.818367, 0.548764, 0.170682), (0.256226, 0.614247, -0.746357), (-0.514415, -0.567061, -0.643287)-128.581375, 57.981682, 77.694397
15given(1), (1), (1)
16given(-0.006567, 0.032456, -0.999452), (0.072842, 0.996834, 0.031893), (0.997322, -0.072592, -0.008911)-2.92739, -43.776901, 88.375603
17given(-0.793736, 0.573937, 0.201442), (0.217497, 0.577082, -0.787192), (-0.568048, -0.58101, -0.582881)-131.336075, 61.323071, 69.395218
18given(1), (1), (1)
19given(-0.378664, -0.471316, -0.796539), (0.515391, 0.607464, -0.60445), (0.768755, -0.639413, 0.012888)10.13028, 115.388268, 116.388283

-
要素

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein, Receptor activity-modifying protein 1, Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor fusion protein


分子量: 66304.562 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: K12 / 遺伝子: malE, CE10_4748, RAMP1, CALCRL, CGRPR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: O60894, UniProt: Q16602
#2: タンパク質・ペプチド CGRP analog


分子量: 1194.357 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic CGRP peptide analog / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 16% PEG3350, 8% Tacsimate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→50 Å / Num. all: 76164 / Num. obs: 76012 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.093 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.45-2.493.90.64737080.748198.6
2.49-2.544.10.60638250.748199.8
2.54-2.594.20.51537580.756199.9
2.59-2.644.30.44637650.7891100
2.64-2.74.30.35938060.7971100
2.7-2.764.30.29938200.8351100
2.76-2.834.30.2637770.8791100
2.83-2.94.30.21138030.9321100
2.9-2.994.30.16937860.9581100
2.99-3.094.30.13438011.0631100
3.09-3.24.30.10437931.1251100
3.2-3.324.30.08437981.1741100
3.32-3.484.30.07137961.2861100
3.48-3.664.30.06237981.4351100
3.66-3.894.30.05338321.449199.9
3.89-4.194.30.05137951.5561100
4.19-4.614.20.04638251.654199.8
4.61-5.284.20.03838231.236199.8
5.28-6.654.20.03638431.1731100
6.65-5040.03338601.199198.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MD2diffractometerデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C4M and 3N7S

3c4m

3n7s


解像度: 2.44→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 25.229 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.434 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2426 3827 5 %RANDOM
Rwork0.1998 ---
obs0.2019 72185 99.37 %-
all-72642 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 203.92 Å2 / Biso mean: 84.555 Å2 / Biso min: 32.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.43 Å20 Å21.35 Å2
2--1.04 Å20 Å2
3----2.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13453 0 70 70 13593
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0213895
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0212819
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5161.94418894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.921329558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.98951692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.62125.053659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.525152230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7021550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.22015
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02115813
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.613.9896807
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.613.9896805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9035.988490
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1690LOOSE POSITIONAL0.035
12B1690LOOSE POSITIONAL0.035
13C1690LOOSE POSITIONAL0.035
11A1004TIGHT THERMAL3.780.5
12B1004TIGHT THERMAL3.880.5
13C1004TIGHT THERMAL4.090.5
11A1690LOOSE THERMAL4.3910
12B1690LOOSE THERMAL4.7510
13C1690LOOSE THERMAL4.9610
21A1340LOOSE POSITIONAL0.035
22B1340LOOSE POSITIONAL0.035
23C1340LOOSE POSITIONAL0.035
21A882TIGHT THERMAL3.120.5
22B882TIGHT THERMAL4.090.5
23C882TIGHT THERMAL3.690.5
21A1340LOOSE THERMAL3.8510
22B1340LOOSE THERMAL4.8810
23C1340LOOSE THERMAL4.4810
31A571LOOSE POSITIONAL0.055
32B571LOOSE POSITIONAL0.045
33C571LOOSE POSITIONAL0.045
31A365TIGHT THERMAL6.90.5
32B365TIGHT THERMAL4.990.5
33C365TIGHT THERMAL5.590.5
31A571LOOSE THERMAL7.3810
32B571LOOSE THERMAL5.7610
33C571LOOSE THERMAL6.0110
41D107MEDIUM POSITIONAL0.120.5
42E107MEDIUM POSITIONAL0.170.5
43F107MEDIUM POSITIONAL0.090.5
41D638LOOSE POSITIONAL0.075
42E638LOOSE POSITIONAL0.095
43F638LOOSE POSITIONAL0.055
41D295TIGHT THERMAL4.440.5
42E295TIGHT THERMAL4.560.5
43F295TIGHT THERMAL7.770.5
41D107MEDIUM THERMAL4.72
42E107MEDIUM THERMAL3.372
43F107MEDIUM THERMAL6.492
41D638LOOSE THERMAL5.1410
42E638LOOSE THERMAL5.0810
43F638LOOSE THERMAL7.7210
51D34LOOSE POSITIONAL0.15
51D18TIGHT THERMAL6.740.5
51D34LOOSE THERMAL9.2110
61D69LOOSE POSITIONAL0.285
62E69LOOSE POSITIONAL0.455
63F69LOOSE POSITIONAL0.385
61D47TIGHT THERMAL3.810.5
62E47TIGHT THERMAL12.130.5
63F47TIGHT THERMAL9.50.5
61D69LOOSE THERMAL4.2210
62E69LOOSE THERMAL12.2210
63F69LOOSE THERMAL8.7510
71E5MEDIUM POSITIONAL0.030.5
71E9LOOSE POSITIONAL0.155
71E5MEDIUM THERMAL0.912
71E9LOOSE THERMAL1.310
LS精密化 シェル解像度: 2.44→2.502 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 265 -
Rwork0.33 4962 -
all-5227 -
obs--93.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.59650.1546-0.7912.6686-1.1013.03110.1214-0.30110.39210.1313-0.23920.3972-0.1777-0.14540.11780.04160.02080.02940.251-0.13130.1644-25.993445.471633.718
23.9251-0.4781-0.62193.619-0.18742.18330.3617-0.4447-0.23860.3572-0.6723-0.8862-0.25840.58780.31060.1741-0.25-0.14130.51390.40390.4538-47.386996.016222.2676
31.92360.3494-0.9653.88210.86173.7576-0.11480.15730.04950.1588-0.2076-0.0988-0.080.59650.32250.22980.05-0.07990.83170.40280.2555-67.073973.033753.9406
45.7267-0.47380.32365.24283.67666.0831-0.11-0.6189-0.96170.23320.1292-0.36220.8330.2696-0.01910.18420.1020.09050.20240.21210.30516.707213.75522.7776
56.85641.71251.7846.98450.25585.30730.07070.796-0.7796-0.27860.0967-0.74440.6911.1077-0.16740.38310.33490.1980.4963-0.11130.5414-60.893960.5609-6.7095
63.30.9152-0.96932.4604-1.30218.10670.0711-0.07220.7830.3478-0.07010.2804-0.4925-0.2394-0.0010.52480.18110.07810.3516-0.06050.5642-93.949478.835292.1284
74.6472-1.3335-0.33184.0749-1.27254.8745-0.4241-0.4941-0.66190.36810.33940.17650.2523-0.5850.08470.0780.02190.06130.16460.06020.0954-8.0822.923216.7855
82.61770.1365-0.09491.6313-0.33055.4789-0.083-0.2747-0.45710.1669-0.1227-0.41150.37930.74830.20580.08910.10140.0320.19980.15070.2492-66.604772.53413.0053
97.54471.4157-1.17523.2859-0.43733.84060.03780.29430.88420.20360.0520.0417-0.50140.2106-0.08980.40010.0727-0.0560.32060.05280.319-76.576479.006585.5975
108.2316-4.10114.03634.47772.30599.6351-0.5947-0.8243-0.57830.66470.370.57210.344-0.51720.22470.24320.2040.17820.51780.14330.1342-14.108623.059730.4228
116.2226-1.5762-2.14120.58920.5470.76760.1998-0.55660.4320.1137-0.0394-0.50780.0720.3367-0.16040.75150.4883-0.34570.96670.31330.8783-52.968870.136613.6841
126.6238-1.87114.80111.9847-0.39226.41160.24291.0874-0.1944-0.1856-0.1359-0.11810.542-0.2206-0.1070.4001-0.06680.07820.7999-0.09140.137-79.540269.144276.1267
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 374
2X-RAY DIFFRACTION1A2201
3X-RAY DIFFRACTION2B3 - 372
4X-RAY DIFFRACTION2B2201
5X-RAY DIFFRACTION3C6 - 374
6X-RAY DIFFRACTION3C2201
7X-RAY DIFFRACTION4A1024 - 1110
8X-RAY DIFFRACTION5B1027 - 1110
9X-RAY DIFFRACTION6C1024 - 1110
10X-RAY DIFFRACTION7A2033 - 2130
11X-RAY DIFFRACTION8B2033 - 2150
12X-RAY DIFFRACTION9C2036 - 2129
13X-RAY DIFFRACTION10D27 - 38
14X-RAY DIFFRACTION11E27 - 38
15X-RAY DIFFRACTION12F28 - 38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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