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- PDB-4rvu: The native structure of mycobacterial Rv1454c complexed with NADPH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rvu
タイトルThe native structure of mycobacterial Rv1454c complexed with NADPH
要素Probable quinone reductase Qor (NADPH:quinone reductase) (Zeta-crystallin homolog protein)
キーワードELECTRON TRANSPORT / QOR / quinone / electron transfer / Mycobacterium tuberculosis / MtbQOR / catalyze transfer of electrons from NADPH to substrates
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH:quinone reductase activity / NADPH binding / peptidoglycan-based cell wall / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily ...: / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Probable quinone reductase Qor (NADPH:quinone reductase) (Zeta-crystallin homolog protein)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7988 Å
データ登録者Zhou, W.H. / Zheng, Q.Q. / Song, Y.L. / Zhang, W. / Shaw, N. / Rao, Z.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: Structural views of quinone oxidoreductase from Mycobacterium tuberculosis reveal large conformational changes induced by the co-factor.
著者: Zheng, Q. / Song, Y. / Zhang, W. / Shaw, N. / Zhou, W. / Rao, Z.
履歴
登録2014年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable quinone reductase Qor (NADPH:quinone reductase) (Zeta-crystallin homolog protein)
B: Probable quinone reductase Qor (NADPH:quinone reductase) (Zeta-crystallin homolog protein)
C: Probable quinone reductase Qor (NADPH:quinone reductase) (Zeta-crystallin homolog protein)
D: Probable quinone reductase Qor (NADPH:quinone reductase) (Zeta-crystallin homolog protein)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,7218
ポリマ－137,7394
非ポリマー2,9824
水25,7791431
1
A: Probable quinone reductase Qor (NADPH:quinone reductase) (Zeta-crystallin homolog protein)
D: Probable quinone reductase Qor (NADPH:quinone reductase) (Zeta-crystallin homolog protein)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3604
ポリマ－68,8692
非ポリマー1,4912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area24500 Å2
手法PISA
2
B: Probable quinone reductase Qor (NADPH:quinone reductase) (Zeta-crystallin homolog protein)
C: Probable quinone reductase Qor (NADPH:quinone reductase) (Zeta-crystallin homolog protein)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3604
ポリマ－68,8692
非ポリマー1,4912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area24920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.195, 43.464, 160.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Probable quinone reductase Qor (NADPH:quinone reductase) (Zeta-crystallin homolog protein) / Quinone reductase Qor


分子量: 34434.730 Da / 分子数: 4 / 変異: G291N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv
遺伝子: genomic DNA, P425_01510, qor, Rv1454c, RVBD_1454c
プラスミド: PET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O53146
#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, and 25 % w/v polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7988→50 Å / Num. all: 122009 / Num. obs: 118593 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 24.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 1.7988→1.83 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QOR

1qor


解像度: 1.7988→26.097 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2086 1991 1.68 %
Rwork0.1782 --
obs0.1787 118468 97.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7988→26.097 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9604 0 192 1431 11227
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910014
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1913717
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7263499
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0811612
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041761
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7988-1.84380.26931330.24327842X-RAY DIFFRACTION93
1.8438-1.89360.2291420.21358156X-RAY DIFFRACTION95
1.8936-1.94930.25811350.20168078X-RAY DIFFRACTION96
1.9493-2.01220.24221330.19948175X-RAY DIFFRACTION96
2.0122-2.08410.2391470.19498212X-RAY DIFFRACTION96
2.0841-2.16750.2111450.19768249X-RAY DIFFRACTION97
2.1675-2.26610.24191370.18928259X-RAY DIFFRACTION97
2.2661-2.38550.2111370.18618311X-RAY DIFFRACTION97
2.3855-2.53480.25711410.18898372X-RAY DIFFRACTION98
2.5348-2.73030.23151500.18748434X-RAY DIFFRACTION98
2.7303-3.00470.23771410.18988400X-RAY DIFFRACTION99
3.0047-3.43870.21241480.17688547X-RAY DIFFRACTION99
3.4387-4.32920.18141480.15448632X-RAY DIFFRACTION99
4.3292-26.09930.14741540.14928810X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 52.8154 Å / Origin y: 28.1466 Å / Origin z: 116.1166 Å
111213212223313233
T0.1887 Å20.0161 Å20.0005 Å2-0.1901 Å20.0079 Å2--0.1858 Å2
L0.002 °20.0193 °2-0.0115 °2-0.0181 °20.0067 °2--0.0267 °2
S0.0048 Å °0.0306 Å °0.0014 Å °-0.0184 Å °-0.0148 Å °-0.0064 Å °0.0067 Å °-0.001 Å °0.0078 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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