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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4run | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human odorant binding protein OBPIIa | ||||||
![]() | Odorant-binding protein 2a | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() sensory perception of chemical stimulus / ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schiefner, A. / Skerra, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the human odorant binding protein, OBPIIa. 著者: Schiefner, A. / Freier, R. / Eichinger, A. / Skerra, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 136.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3eycS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 8 - 152 / Label seq-ID: 8 - 152
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18655.281 Da / 分子数: 2 / 変異: C99S, K112N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FLC / | ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.58 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: Protein solution: 14 mg/ml protein, 0.2 M imidazole, 0.4 M NaCl, 10 mM Tris-HCl, 1.3 mM Menthol, 3.3 %(v/v) Methanol; Reservoir solution: 20 %(w/v) PEG 3350, 0.1 M ammonium citrate, pH 3.5, ...詳細: Protein solution: 14 mg/ml protein, 0.2 M imidazole, 0.4 M NaCl, 10 mM Tris-HCl, 1.3 mM Menthol, 3.3 %(v/v) Methanol; Reservoir solution: 20 %(w/v) PEG 3350, 0.1 M ammonium citrate, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月7日 / 詳細: MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→35 Å / Num. all: 10926 / Num. obs: 10926 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 63.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 0.985 / Net I/σ(I): 31.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 3EYC 解像度: 2.6→33.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / WRfactor Rfree: 0.2651 / WRfactor Rwork: 0.2213 / FOM work R set: 0.7801 / SU B: 33.044 / SU ML: 0.328 / SU R Cruickshank DPI: 1.1842 / SU Rfree: 0.3639 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.184 / ESU R Free: 0.364 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 174.07 Å2 / Biso mean: 75.6 Å2 / Biso min: 36.73 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→33.7 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 7513 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.16 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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