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- PDB-4ruh: Crystal structure of Human Carnosinase-2 (CN2) in complex with in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ruh
タイトルCrystal structure of Human Carnosinase-2 (CN2) in complex with inhibitor, Bestatin at 2.25 A
要素Cytosolic non-specific dipeptidase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Enzyme Function Initiative / Carboxypeptidase / Metalloprotease / Protease / substrate carnosine(dipeptide) / cofactor Manganese / cytosolic
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptidase activity => GO:0016805 / cytosol nonspecific dipeptidase / alanylglutamate dipeptidase activity / Glutathione synthesis and recycling / glutathione biosynthetic process / metallodipeptidase activity / dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity / proteolysis ...dipeptidase activity => GO:0016805 / cytosol nonspecific dipeptidase / alanylglutamate dipeptidase activity / Glutathione synthesis and recycling / glutathione biosynthetic process / metallodipeptidase activity / dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic nonspecific dipeptidase/DUG1 / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 2. / ArgE/DapE/ACY1/CPG2/YscS, conserved site / Alpha-Beta Plaits - #360 / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase ...Cytosolic nonspecific dipeptidase/DUG1 / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 2. / ArgE/DapE/ACY1/CPG2/YscS, conserved site / Alpha-Beta Plaits - #360 / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BES / : / Cytosolic non-specific dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.25 Å
データ登録者pandya, V. / Kaushik, A. / Singh, A.K. / Singh, R.P. / Kumaran, S.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of Human Carnosinase-2 (CN2) in complex with inhibitor, Bestatin at 2.25 A
著者: pandya, V. / Kaushik, A. / Singh, A.K. / Singh, R.P. / Kumaran, S.
履歴
登録2014年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosolic non-specific dipeptidase
B: Cytosolic non-specific dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,91310
ポリマ－105,8932
非ポリマー1,0218
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10070 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area31570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.090, 100.070, 105.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Homodimer

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要素

#1: タンパク質 Cytosolic non-specific dipeptidase / CNDP dipeptidase 2 / Glutamate carboxypeptidase-like protein 1 / Peptidase A


分子量: 52946.312 Da / 分子数: 2 / 断片: Human carnosinase-2 (CN-2) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: longevity / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: CN2, CNDP dipeptidase 2 (metallopeptidase M20 family) [ Homo sapiens (human), CNDP2, CPGL, PEPA
プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q96KP4, cytosol nonspecific dipeptidase
#2: 化合物 ChemComp-BES / 2-(3-AMINO-2-HYDROXY-4-PHENYL-BUTYRYLAMINO)-4-METHYL-PENTANOIC ACID / BESTATIN / ベスタチン


分子量: 308.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H24N2O4 / コメント: プロテアーゼ阻害剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 8
詳細: 0.2M Hepes. 25% PPEG 4000, 100mm NaCl, pH 8.0, LIQUID DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97755 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月20日 / 詳細: mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97755 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→33.6 Å / % possible obs: 23 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 13.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.192 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique all: 6089

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化解像度: 2.25→33.6 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.31 / 位相誤差: 28.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2823 3769 5.03 %
Rwork0.2188 --
obs0.222 74921 88.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.578 Å2 / ksol: 0.416 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.0641 Å20 Å2-0 Å2
2--10.2099 Å2-0 Å2
3----4.1458 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→33.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7016 0 60 228 7304
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117250
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1639835
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7892631
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721074
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051256
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.27850.2971480.20722577X-RAY DIFFRACTION89
2.2785-2.30850.32221360.22952708X-RAY DIFFRACTION90
2.3085-2.34010.3241250.22922702X-RAY DIFFRACTION90
2.3401-2.37350.34741600.23222645X-RAY DIFFRACTION90
2.3735-2.40890.33131420.23452692X-RAY DIFFRACTION90
2.4089-2.44650.33411220.22942676X-RAY DIFFRACTION89
2.4465-2.48660.32091340.20762678X-RAY DIFFRACTION90
2.4866-2.52950.29341410.21292649X-RAY DIFFRACTION90
2.5295-2.57550.29011560.212676X-RAY DIFFRACTION89
2.5755-2.6250.33961400.21872618X-RAY DIFFRACTION89
2.625-2.67860.26421320.25632667X-RAY DIFFRACTION89
2.6786-2.73680.31641360.22892670X-RAY DIFFRACTION89
2.7368-2.80040.30191420.21992661X-RAY DIFFRACTION89
2.8004-2.87040.32221420.22562626X-RAY DIFFRACTION88
2.8704-2.9480.33121390.22632642X-RAY DIFFRACTION88
2.948-3.03470.26631300.2152640X-RAY DIFFRACTION88
3.0347-3.13250.27991650.20882603X-RAY DIFFRACTION89
3.1325-3.24440.30351240.21482654X-RAY DIFFRACTION88
3.2444-3.37420.3151550.21972588X-RAY DIFFRACTION88
3.3742-3.52760.28871380.21432630X-RAY DIFFRACTION88
3.5276-3.71340.23721120.2042630X-RAY DIFFRACTION87
3.7134-3.94570.27151570.20712593X-RAY DIFFRACTION88
3.9457-4.24980.20141510.20022578X-RAY DIFFRACTION87
4.2498-4.67650.22961550.18872581X-RAY DIFFRACTION87
4.6765-5.35080.25471190.20472604X-RAY DIFFRACTION87
5.3508-6.73260.23371510.25452589X-RAY DIFFRACTION87
6.7326-33.62740.27241170.26672575X-RAY DIFFRACTION86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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