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- PDB-4rub: A CRYSTAL FORM OF RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE(SLASH)OXY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rub
タイトルA CRYSTAL FORM OF RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE(SLASH)OXYGENASE FROM NICOTIANA TABACUM IN THE ACTIVATED STATE
要素(RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)) x 2
キーワードLYASE(CARBON-CARBON)
機能・相同性
機能・相同性情報


photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / plasmodesma / chloroplast / monooxygenase activity / defense response to virus / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain ...Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / FORMIC ACID / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Schreuder, H. / Cascio, D. / Curmi, P.M.G. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: A crystal form of ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from Nicotiana tabacum in the activated state.
著者: Suh, S.W. / Cascio, D. / Chapman, M.S. / Eisenberg, D.
履歴
登録1990年5月25日処理サイト: BNL
改定 1.01992年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
S: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
B: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
T: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
C: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
U: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
D: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
V: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)271,58020
ポリマ－269,8748
非ポリマー1,70612
水00
1
A: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
S: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
B: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
T: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
C: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
U: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
D: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
V: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
ヘテロ分子

A: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
S: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
B: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
T: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
C: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
U: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
D: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
V: RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)543,16040
ポリマ－539,74916
非ポリマー3,41224
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area110320 Å2
ΔGint-528 kcal/mol
Surface area117040 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)204.600, 204.600, 117.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Atom site foot note1: PRO 176 IN EACH OF THE LARGE CHAINS IS A CIS PROLINE.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-1), (-0.8131, 0.5821), (0.5821, 0.8131)154, -22.78, 7.31
2given(-1), (-0.5821, -0.8131), (-0.8131, 0.5821)154, 31.82, 16.36
詳細THE FOLLOWING TRANSFORMATION GENERATES APPROXIMATE COORDINATES OF LARGE CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A* AND THE SMALL CHAIN *T* WHEN APPLIED TO CHAIN *S*: 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 + -39.13 0.0 -1.0 0.0 39.13 THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS EIGHT LARGE AND EIGHT SMALL SUBUNITS. COORDINATES ARE PRESENTED IN THIS ENTRY FOR FOUR LARGE SUBUNITS WITH CHAIN IDENTIFIERS *A*-*D* AND FOUR SMALL SUBUNITS WITH CHAIN IDENTIFIERS *S*-*V*. THE FOLLOWING TRANSFORMATION GENERATES THE COORDINATES OF THE REMAINING HALF-MOLECULE FROM THE COORDINATES OF THE HALF-MOLECULE PRESENTED IN THIS ENTRY. 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -1.0 0.0 + 0.0 0.0 0.0 -1.0 78.27 THE TRANSFORMATION PRESENTED IN MTRIX 1 RECORDS GENERATES THE LARGE SUBUNIT *C* WHEN APPLIED TO CHAIN *A* AND GENERATES THE SMALL SUBUNIT *U* WHEN APPLIED TO CHAIN *S*. THE TRANSFORMATION PRESENTED IN MTRIX 2 RECORDS GENERATES THE LARGE SUBUNIT *D* WHEN APPLIED TO CHAIN *A* AND GENERATES THE SMALL SUBUNIT *V* WHEN APPLIED TO CHAIN *S*.

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要素

#1: タンパク質
RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)


分子量: 52967.090 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: P00876, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質
RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (FORM IV)


分子量: 14501.524 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: P69249, ribulose-bisphosphate carboxylase
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 糖
ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O13P2
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
構成要素の詳細THE FOLLOWING SALT BRIDGES EXIST BETWEEN ATOMS WITH COORDINATES IN THE ATOM RECORDS PRESENTED IN ...THE FOLLOWING SALT BRIDGES EXIST BETWEEN ATOMS WITH COORDINATES IN THE ATOM RECORDS PRESENTED IN THIS ENTRY AND ATOMS IN THE SYMMETRY RELATED MOLECULES, WHERE THE SYMMETRY TRANSFORMATION IS GIVEN IN REMARK 7 ABOVE. THE SYMMETRY RELATED CHAIN INDICATOR IS INDICATED WITH '*'. OE2 GLU A 110 NZ LYS C* 146 OE2 GLU C 110 NZ LYS A* 146 NZ LYS A 161 OD1 ASP B* 216 NZ LYS C 161 OD1 ASP D* 216 NZ LYS B 252 OD1 ASP A* 286 NZ LYS D 252 OD1 ASP C* 286 NH1 ARG A 258 OE2 GLU B* 259 NH1 ARG C 258 OE2 GLU D* 259

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化
*PLUS
pH: 8.3 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
114.8 mg/mlenzyme 1drop
233.8 mMTris-HCl1drop
347.5 mM1dropNaCl
49.5 mM1dropMgCl2
518 mM1dropNaHCO3
60.95 mM1dropNaN3
74.9 %(w/v)PEG80001drop
80.5 %(w/v)beta-octyl glucoside1drop
912.8-13.0 %(w/v)PEG80001reservoir
1050 mMTris-HCl1reservoir
1150 mM1reservoirNaCl
1210 mM1reservoirMgCl2
1320 mM1reservoirNaHCO3
141 mM1reservoirNaN3

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解析

ソフトウェア名称: PROFFT / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.202 / 最高解像度: 2.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18608 0 100 0 18708
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg3.2
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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