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- PDB-4ru3: Crystal structure of the cell puncturing protein Orf41 from Pseud... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ru3
タイトルCrystal structure of the cell puncturing protein Orf41 from Pseudomonas phage SN
要素puncturing protein gp41
キーワードCELL INVASION / gp41 / membrane translocation / phage baseplate / Cell puncturing device
機能・相同性Phage protein Gp138 N-terminal domain / Phage protein Gp138 N-terminal domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / metal ion binding / : / Putative baseplate protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage SN (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.172 Å
データ登録者Browning, C. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the cell puncturing protein Orf41 from Pseudomonas phage SN
著者: Browning, C. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.
履歴
登録2014年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.22019年9月25日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.32024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: puncturing protein gp41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2744
ポリマ－24,0861
非ポリマー1883
水5,585310
1
A: puncturing protein gp41
ヘテロ分子

A: puncturing protein gp41
ヘテロ分子

A: puncturing protein gp41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,82212
ポリマ－72,2583
非ポリマー5649
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area25660 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area22860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.540, 84.540, 84.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

FE

21A-302-

CA

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要素

#1: タンパク質 puncturing protein gp41 / Putative baseplate protein


分子量: 24085.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas phage SN (ファージ) / 遺伝子: ORF41
プラスミド: pEE3, pET-23 derivative (TEV cleavage site after His-tag)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834/DE3 / 参照: UniProt: B7VFI6
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 21% PEG 10K, 0.1M Ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月5日
放射モノクロメーター: Si(111) Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.17→34.513 Å / Num. all: 67585 / Num. obs: 67579 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 17.7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 1.17→1.24 Å / 冗長度: 17.8 % / Rmerge(I) obs: 0.293 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / Num. unique all: 9781 / Rsym value: 0.309 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.172→34.513 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 11.31 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1499 2009 2.98 %RANDOM
Rwork0.1343 ---
obs0.1348 67339 99.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.172→34.513 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1578 0 8 310 1896
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5852485
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.397680
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.106276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009340
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.172-1.20130.15241390.12444559X-RAY DIFFRACTION99
1.2013-1.23380.13671430.11674587X-RAY DIFFRACTION99
1.2338-1.27010.14561430.11494606X-RAY DIFFRACTION99
1.2701-1.31110.16221370.11414628X-RAY DIFFRACTION99
1.3111-1.3580.14361420.10474641X-RAY DIFFRACTION100
1.358-1.41240.12521430.10214641X-RAY DIFFRACTION100
1.4124-1.47660.12341450.09724667X-RAY DIFFRACTION100
1.4766-1.55450.12341420.0954639X-RAY DIFFRACTION100
1.5545-1.65190.11961390.10264658X-RAY DIFFRACTION100
1.6519-1.77940.12331460.11194695X-RAY DIFFRACTION100
1.7794-1.95850.14511440.11994687X-RAY DIFFRACTION100
1.9585-2.24180.13771480.12844686X-RAY DIFFRACTION100
2.2418-2.82430.17571460.15814764X-RAY DIFFRACTION100
2.8243-34.52830.16411520.16154872X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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