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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rs6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the C domain of Polo like Kinase II in Homo Sapiens | ||||||
![]() | Serine/threonine-protein kinase PLK2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / First PBD domain of Polo like Kinase II / phosphorylation of target protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of centriole replication / Rap protein signal transduction / negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / polo kinase / ATP-dependent protein binding / long-term synaptic depression / CD163 mediating an anti-inflammatory response / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cellular senescence ...regulation of centriole replication / Rap protein signal transduction / negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / polo kinase / ATP-dependent protein binding / long-term synaptic depression / CD163 mediating an anti-inflammatory response / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of autophagy / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / NPAS4 regulates expression of target genes / centriole / negative regulation of angiogenesis / mitotic spindle organization / long-term synaptic potentiation / regulation of synaptic plasticity / memory / kinetochore / spindle pole / G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of protein catabolic process / peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Ras protein signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / dendrite / chromatin / negative regulation of apoptotic process / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shan, H. / Quan, J. / Wang, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the polo-box domain of polo-like kinase 2 著者: Shan, H.M. / Wang, T. / Quan, J.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 186.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 150.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4j7bS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27444.088 Da / 分子数: 2 / 断片: PBD domain, UNP residues 451-685 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: inserted between EcoRI and XhoI, protease cleavage to remove GST tag. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.83 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 35%(v/v) Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月5日 | ||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→25 Å / Num. all: 18474 / Num. obs: 17518 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 21.8 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rsym value: 0.15 | ||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4J7B 解像度: 2.6→24.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 22.591 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.478 / ESU R Free: 0.291 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.497 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→24.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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