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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rrh | ||||||
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タイトル | K116M mutant of N-terminal editing domain of threonyl-tRNA synthetase from Aeropyrum pernix with L-Ser3AA | ||||||
![]() | Probable threonine--tRNA ligase 2 | ||||||
![]() | LIGASE / DTD-like fold / Proofreading | ||||||
機能・相同性 | ![]() threonyl-tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase activity / aminoacyl-tRNA editing activity / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ahmad, S. / Muthukumar, S. / Sankaranarayanan, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Specificity and catalysis hardwired at the RNA-protein interface in a translational proofreading enzyme. 著者: Ahmad, S. / Muthukumar, S. / Kuncha, S.K. / Routh, S.B. / Yerabham, A.S. / Hussain, T. / Kamarthapu, V. / Kruparani, S.P. / Sankaranarayanan, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 43.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4rr6C ![]() 4rr7C ![]() 4rr8C ![]() 4rr9C ![]() 4rraC ![]() 4rrbC ![]() 4rrcC ![]() 4rrdC ![]() 4rrfC ![]() 4rrgC ![]() 4rriC ![]() 4rrjC ![]() 4rrkC ![]() 4rrlC ![]() 4rrmC ![]() 4rrqC ![]() 4rrrC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15137.429 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-136 / 変異: K116M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-A3S / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.74 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris HCl pH 8.5, 0.2M MgCl2, 30% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年11月14日 |
放射 | モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→25 Å / Num. all: 18352 / Num. obs: 17012 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.73 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→25 Å
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拘束条件 |
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