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万見
- PDB-4rr3: Crystal structure of a recombinant EV71 virus particle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rr3
タイトルCrystal structure of a recombinant EV71 virus particle
要素
  • Capsid protein VP0
  • Capsid protein VP1
  • Capsid protein VP3
キーワードVIRUS / beta barrel / eight-stranded beta barrel / replicate in the cytoplasm
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 ...Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.103 Å
データ登録者Chen, R. / Lyu, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of enterovirus 71 (EV71) recombinant virus particles provide insights into vaccine design.
著者: Lyu, K. / Wang, G.C. / He, Y.L. / Han, J.F. / Ye, Q. / Qin, C.F. / Chen, R.
履歴
登録2014年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Capsid protein VP1
F: Capsid protein VP3
G: Capsid protein VP0
Q: Capsid protein VP1
I: Capsid protein VP1
M: Capsid protein VP1
A: Capsid protein VP1
R: Capsid protein VP3
J: Capsid protein VP3
N: Capsid protein VP3
B: Capsid protein VP3
S: Capsid protein VP0
K: Capsid protein VP0
O: Capsid protein VP0
C: Capsid protein VP0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)475,74615
ポリマ－475,74615
非ポリマー00
水00
1
E: Capsid protein VP1
F: Capsid protein VP3
G: Capsid protein VP0
Q: Capsid protein VP1
I: Capsid protein VP1
M: Capsid protein VP1
A: Capsid protein VP1
R: Capsid protein VP3
J: Capsid protein VP3
N: Capsid protein VP3
B: Capsid protein VP3
S: Capsid protein VP0
K: Capsid protein VP0
O: Capsid protein VP0
C: Capsid protein VP0
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,708,949180
ポリマ－5,708,949180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
Buried area1309140 Å2
ΔGint-7319 kcal/mol
Surface area1263490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)350.599, 350.599, 350.599
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number208
Space group name H-MP4232
詳細The biological assembly is a 60mer generated from the pentamer in the asymmetric unit by the following 12 operations: (x,y,z),(-x,-y,z),(-x,y,-z),(x,-y,-z),(y,z,x),(-y,-z,x),(-y,z,-x),(y,-z,-x),(z,x,y),(-z,-x,y),(-z,x,-y) and (z,-x,-y). The pentamer in the asymmetric unit is generated from the deposited PDB by the following transformations(r11,r12,r13,r21,r22,r23,r31,r32,r33,tx,tx,tz):(1,0,0,0,1,0,0,0,1,0,0,0), (0.3038, -0.8069, 0.5066, 0.804, 0.5025, 0.3181, -0.5112, 0.3106, 0.8014, -0.9474, -1.348, 0.9465), (-0.8079, 0.4819, -0.3392, -0.5134, -0.2927, 0.8067, 0.2895, 0.8259, 0.4839, 5.429, -0.9913, 0.9334), (-0.8132, -0.5063, 0.287, 0.4827, -0.3113, 0.8186, -0.3251, 0.8042, 0.4975, 3.379, -1.134, 0.6254) and (0.3056, 0.8031, -0.5116, -0.8063, 0.504, 0.3097, 0.5065, 0.3179, 0.8015, 2.154, -0.4491, 0.1634).

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要素

#1: タンパク質
Capsid protein VP1


分子量: 33499.781 Da / 分子数: 5 / 変異: K550Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
細胞株 (発現宿主): RD cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F6KTB0
#2: タンパク質
Capsid protein VP3


分子量: 26440.148 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
細胞株 (発現宿主): RD cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F6KTB0
#3: タンパク質
Capsid protein VP0


分子量: 35209.219 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
細胞株 (発現宿主): RD cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F6KTB0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.41 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Imidazole containing 1M sodium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97803 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月6日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97803 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 131863 / % possible obs: 90.72 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.967 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 6498 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.103→46.438 Å / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2652 1995 random
Rwork0.2354 --
all0.2358 131863 -
obs0.2358 131665 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.103→46.438 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27390 0 0 0 27390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d1.131
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.168
LS精密化 シェル解像度: 3.1034→3.181 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3343 141 -
Rwork0.3353 --
obs-9151 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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