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- PDB-4rpk: Crystal structure of Micobacterium tuberculosis UDP-Galactopyrano... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rpk
タイトルCrystal structure of Micobacterium tuberculosis UDP-Galactopyranose mutase in complex with tetrafluorinated substrate analog UDP-F4-Galf
要素UDP-galactopyranose mutase
キーワードISOMERASE / UDP-galactopyranose mutase / MtUGM / flavoenzyme / fad
機能・相同性
機能・相同性情報


Actinobacterium-type cell wall biogenesis / UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / flavin adenine dinucleotide binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase, C-terminal / UDP-galactopyranose mutase / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3UA / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / UDP-galactopyranose mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Van Straaten, K.E. / Sanders, D.A.R.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of Ligand Binding to UDP-Galactopyranose Mutase from Mycobacterium tuberculosis Using Substrate and Tetrafluorinated Substrate Analogues.
著者: van Straaten, K.E. / Kuttiyatveetil, J.R. / Sevrain, C.M. / Villaume, S.A. / Jimenez-Barbero, J. / Linclau, B. / Vincent, S.P. / Sanders, D.A.
履歴
登録2014年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Database references
改定 1.22015年2月11日Group: Database references
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: reflns_shell / software / Item: _reflns_shell.percent_possible_all / _software.name
改定 1.42017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: UDP-galactopyranose mutase
A: UDP-galactopyranose mutase
C: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,9609
ポリマ－137,7853
非ポリマー4,1756
水5,675315
1
B: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子

B: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6406
ポリマ－91,8572
非ポリマー2,7844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
2
A: UDP-galactopyranose mutase
C: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6406
ポリマ－91,8572
非ポリマー2,7844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)173.550, 100.410, 101.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.660, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain B and (resseq 5:395 )
21chain A and (resseq 5:395 )
31chain C and (resseq 5:395 )

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 5 - 395 / Label seq-ID: 5 - 395

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain B and (resseq 5:395 )BA
2chain A and (resseq 5:395 )AB
3chain C and (resseq 5:395 )CC

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.498016, 0.867156, 0.00443), (-0.867168, -0.498012, -0.002208), (0.000292, -0.004941, 0.999988)101.241997, 24.892401, 0.033015
2given(0.497138, -0.86767, -0.001476), (-0.867656, -0.497118, -0.006824), (0.005188, 0.004673, -0.999976)72.317703, 24.8347, -0.247745

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要素

#1: タンパク質 UDP-galactopyranose mutase / UGM / UDP-GALP mutase / Uridine 5-diphosphate galactopyranose mutase


分子量: 45928.348 Da / 分子数: 3 / 変異: P306R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: glf, glfA, Rv3809c / プラスミド: pDEST-His-MBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: P9WIQ1, UDP-galactopyranose mutase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-3UA / (2R,5S)-5-[(1R)-1,2-dihydroxyethyl]-3,3,4,4-tetrafluorotetrahydrofuran-2-yl [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name)


分子量: 606.265 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H20F4N2O15P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: hanging drop vapor diffusion / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 20% PEG 3350, 3% MPD, Hanging drop vapor diffusion, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月8日
放射モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→48.109 Å / Num. all: 53750 / Num. obs: 53750 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 51.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Χ2: 0.921 / Net I/σ(I): 5.98
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.55-2.620.8251.6213718394199.9
2.62-2.690.665213461388599.8
2.69-2.770.522.5113026374299.8
2.77-2.850.4652.7512706365699.8
2.85-2.940.3723.3812370356099.9
2.94-3.050.2994.0711876341499.9
3.05-3.160.254.6511453330199.8
3.16-3.290.1985.7108723141100
3.29-3.440.1646.67105723063100
3.44-3.610.1377.6710057293199.6
3.61-3.80.1298.229418275099.7
3.8-4.030.1188.999119266599.9
4.03-4.310.1059.688332244499.8
4.31-4.660.10110.137881232299.8
4.66-5.10.10610.217179212699.6
5.1-5.70.1089.776517191199.7
5.7-6.580.1059.725754169899.5
6.58-8.060.110.524885145199.4
8.06-11.40.08711.163664112399
11.40.09111.27203662696.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MxDCデータ収集
AutoProcessデータ削減
AutoProcessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MtUGM in complex with UDP-Galp (4RPG)

4rpg


解像度: 2.55→48.109 Å / SU ML: 0.36 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2408 2688 5 %RANDOM
Rwork0.1879 ---
all0.1906 53750 --
obs0.1906 53737 99.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.16 Å2 / Biso mean: 53.4786 Å2 / Biso min: 25.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→48.109 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9573 0 273 315 10161
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310152
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68613856
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031782
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7693743
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B3196X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.402
12A3196X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.402
13C3180X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.427
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.55-2.59630.35151410.285726822823100
2.5963-2.64630.30541410.270726662807100
2.6463-2.70030.31811410.248726822823100
2.7003-2.7590.31761400.2426702810100
2.759-2.82320.3291410.245726732814100
2.8232-2.89380.30641410.241726842825100
2.8938-2.9720.32361410.226426672808100
2.972-3.05940.2681410.232726742815100
3.0594-3.15820.30841420.225727032845100
3.1582-3.2710.2861400.225926602800100
3.271-3.40190.30241410.221226862827100
3.4019-3.55670.27071410.200126822823100
3.5567-3.74420.24521420.189826962838100
3.7442-3.97870.23291410.173226672808100
3.9787-4.28570.19291410.155226872828100
4.2857-4.71660.16191420.140327042846100
4.7166-5.39830.19481430.152727012844100
5.3983-6.79830.22271430.175727192862100
6.7983-48.11730.20161450.15472746289199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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