PDB-4rpj: Crystal structure of Micobacterium tuberculosis UDP-Galactopyrano...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rpj

タイトル

Crystal structure of Micobacterium tuberculosis UDP-Galactopyranose mutase in complex with UDP

要素

UDP-galactopyranose mutase

キーワード

ISOMERASE / UDP-galactopyranose mutase / MTUGM / flavoenzyme / FAD

機能・相同性

機能・相同性情報

Actinobacterium-type cell wall biogenesis / UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / flavin adenine dinucleotide binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Van Straaten, K.E. / Sanders, D.A.R.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of Ligand Binding to UDP-Galactopyranose Mutase from Mycobacterium tuberculosis Using Substrate and Tetrafluorinated Substrate Analogues.
著者: van Straaten, K.E. / Kuttiyatveetil, J.R. / Sevrain, C.M. / Villaume, S.A. / Jimenez-Barbero, J. / Linclau, B. / Vincent, S.P. / Sanders, D.A.

履歴

登録	2014年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月11日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rpj.cif.gz	258.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rpj.ent.gz	209.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rpj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rpj_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rpj_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	4rpj_validation.xml.gz	46.8 KB	表示
CIF形式データ	4rpj_validation.cif.gz	62 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/4rpj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/4rpj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rpgSC 4rphC 4rpkC 4rplC 1v0j S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rpg-1 4rpg-2 5eqf-d 5eqd-d 4rph-2 4rpk-1 4rph-1 4rpl-1 5er9-d 4rpl-2 4mo2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-galactopyranose mutase

B: UDP-galactopyranose mutase

C: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

141 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

B: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
94.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: UDP-galactopyranose mutase

C: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
94.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	176.483, 101.214, 102.056
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.23, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'A' and (resseq 4:396 )
2	1	1	chain 'B' and (resseq 4:396 )
3	1	1	chain 'C' and (resseq 4:396 )

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.499864, -0.866104, 0.000216), (0.866104, -0.499864, -0.000641), (0.000663, -0.000134, 1)	73.434097, -76.513298, -0.072461
2	given	(0.504179, 0.863598, 0.001135), (0.863582, -0.504177, 0.005714), (0.005507, -0.0019, -0.999983)	14.7195, -25.5835, -0.207432

#1: タンパク質	UDP-galactopyranose mutase / UGM / UDP-GALP mutase / Uridine 5-diphosphate galactopyranose mutase 分子量: 45928.348 Da / 分子数: 3 / 変異: P306R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: glf, glfA, Rv3809c / プラスミド: pDEST-His-MBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: P9WIQ1, UDP-galactopyranose mutase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.62 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: hanging drop vapor diffusion / pH: 5.5 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 20% PEG 3350, 10mM Hexammine cobalt (III) chloride, Hanging drop vapor diffusion, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月30日

放射

モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→45.532 Å / Num. all: 58458 / Num. obs: 58458 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.38 % / B_iso Wilson estimate: 69.41 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.59	6.7	0.687	2.2	1	100
2.59-2.69	6.68	0.611	2.5	1	100
2.69-2.82	6.63	0.501	3.1	1	100
2.82-2.96	6.58	0.421	3.7	1	100
2.96-3.15	6.42	0.328	4.7	1	99.7
3.15-3.39	6.25	0.244	6.2	1	99.5
3.39-3.73	6.23	0.168	8.8	1	98.7
3.73-4.27	6.17	0.128	11.4	1	98.9
4.27-5.38	6.28	0.108	15	1	99.1
5.38-45.53	5.83	0.106	16.2	1	99.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.9.9.7L	データスケーリング
d*TREK	9.9.9.7L	データ削減
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
MxDC		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: MtUGM in complex with UDP-Galp (4RPG)

4rpg

解像度: 2.5→45.532 Å / SU ML: 0.37 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 26.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2214	2934	5.02 %
R_work	0.1849	-	-
obs	0.1868	58444	99.47 %
all	-	58458	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.532 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9615	0	234	273	10122

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	10137
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.601	13815
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.931	3876
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.023	1434
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1783

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3205	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.31
1	2	B	3205	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.31
1	3	C	3205	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.396

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.541	0.396	141	0.3207	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.541-2.5848	0.3448	151	0.2977	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5848-2.6318	0.3395	140	0.2875	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6318-2.6824	0.3271	152	0.2602	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6824-2.7372	0.2889	127	0.251	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7372-2.7967	0.329	145	0.2533	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7967-2.8617	0.2921	149	0.267	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8617-2.9333	0.3774	122	0.2821	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9333-3.0126	0.3372	145	0.2722	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0126-3.1012	0.3167	130	0.267	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1012-3.2013	0.2906	150	0.2454	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2013-3.3156	0.2615	129	0.2355	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3156-3.4484	0.2996	146	0.2393	2634	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4484-3.6052	0.2599	138	0.2104	2628	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6052-3.7952	0.2668	136	0.1931	2629	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7952-4.0329	0.2167	141	0.1718	2607	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0329-4.344	0.18	138	0.1579	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
4.344-4.7808	0.1578	137	0.1338	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7808-5.4715	0.1754	137	0.1428	2650	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4715-6.8897	0.1922	140	0.1617	2688	X-RAY DIFFRACTION	99
6.8897-45.5393	0.144	140	0.1317	2706	X-RAY DIFFRACTION	99

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