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- PDB-4rpi: Crystal Structure of Nicotinate Mononucleotide Adenylyltransferas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rpi
タイトルCrystal Structure of Nicotinate Mononucleotide Adenylyltransferase from Mycobacterium tuberculosis
要素nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / NadD / NAD biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Nicotinate/nicotinamide nucleotide adenylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.417 Å
データ登録者Rodionova, I. / Zuccola, H. / Sorci, L. / Aleshin, A.E. / Kazanov, M. / Sergienko, E. / Rubin, E. / Locher, C. / Osterman, A.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2015
タイトル: Mycobacterial nicotinate mononucleotide adenylyltransferase: structure, mechanism, and implications for drug discovery.
著者: Rodionova, I.A. / Zuccola, H.J. / Sorci, L. / Aleshin, A.E. / Kazanov, M.D. / Ma, C.T. / Sergienko, E. / Rubin, E.J. / Locher, C.P. / Osterman, A.L.
履歴
登録2014年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
B: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
C: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
D: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,25015
ポリマ－96,7494
非ポリマー1,50011
水3,027168
1
A: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
C: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0867
ポリマ－48,3752
非ポリマー7115
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
2
B: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
D: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1648
ポリマ－48,3752
非ポリマー7896
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.980, 124.130, 140.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / Deamido-NAD(+) diphosphorylase / Deamido-NAD(+) pyrophosphorylase / Nicotinate mononucleotide ...Deamido-NAD(+) diphosphorylase / Deamido-NAD(+) pyrophosphorylase / Nicotinate mononucleotide adenylyltransferase


分子量: 24187.338 Da / 分子数: 4 / 変異: W117A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: nadD, HKBS1_2563 / プラスミド: pODC29 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: W6GSY1, UniProt: P9WJJ5*PLUS, nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 7 mg/ml protein in 150 mM sodium chloride, 20 mM Tris, pH 8.0, 2.5% v/v DMSO, 0.7 mM TCEP mixed 1:1 with 25% PEG3350, 0.1 M HEPES, 0.2 M magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 160 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月23日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.417→34 Å / Num. all: 34307 / Num. obs: 32648 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 37.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.417→2.51 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.417→33.831 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.2 / 位相誤差: 30.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2582 1987 6.1 %RANDOM
Rwork0.2294 ---
obs0.2312 32648 94.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.417→33.831 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6010 0 88 168 6266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8828448
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1862263
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035942
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061085
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.417-2.44880.3731510.33952264X-RAY DIFFRACTION97
2.4488-2.48230.34391430.33282191X-RAY DIFFRACTION97
2.4823-2.51780.36151380.32132196X-RAY DIFFRACTION96
2.5178-2.55540.30821380.31962204X-RAY DIFFRACTION96
2.5554-2.59530.33271420.29342145X-RAY DIFFRACTION95
2.5953-2.63780.30021430.30022195X-RAY DIFFRACTION96
2.6378-2.68330.36851370.31412141X-RAY DIFFRACTION94
2.6833-2.73210.32381390.29472154X-RAY DIFFRACTION94
2.7321-2.78460.30721350.28272014X-RAY DIFFRACTION89
2.7846-2.84140.28991400.29282177X-RAY DIFFRACTION95
2.8414-2.90310.33171420.27232228X-RAY DIFFRACTION96
2.9031-2.97060.27921430.26922175X-RAY DIFFRACTION97
2.9706-3.04490.33581420.27142202X-RAY DIFFRACTION95
3.0449-3.12710.32441410.25782141X-RAY DIFFRACTION95
3.1271-3.21910.29111410.25192163X-RAY DIFFRACTION95
3.2191-3.32290.28731460.23672147X-RAY DIFFRACTION95
3.3229-3.44160.2761320.22312097X-RAY DIFFRACTION91
3.4416-3.57920.25411450.21962197X-RAY DIFFRACTION97
3.5792-3.74190.25341420.22282197X-RAY DIFFRACTION96
3.7419-3.93890.23681400.20452192X-RAY DIFFRACTION96
3.9389-4.18530.20921420.19252199X-RAY DIFFRACTION96
4.1853-4.50780.21370.16632120X-RAY DIFFRACTION92
4.5078-4.96010.20031470.16072228X-RAY DIFFRACTION98
4.9601-5.67490.2351430.19122173X-RAY DIFFRACTION96
5.6749-7.13880.21051350.21772132X-RAY DIFFRACTION93
7.1388-33.8340.1851420.1822112X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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