PDB-4rpc: Crystal structure of the putative alpha/beta hydrolase family pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rpc

タイトル

Crystal structure of the putative alpha/beta hydrolase family protein from Desulfitobacterium hafniense

要素

putative alpha/beta hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / AB hydrolase-1 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the putative alpha/beta hydrolase family protein from Desulfitobacterium hafniense
著者: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2014年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rpc.cif.gz	214.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rpc.ent.gz	173.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rpc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rpc_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rpc_full_validation.pdf.gz	463.5 KB	表示
XML形式データ	4rpc_validation.xml.gz	25.5 KB	表示
CIF形式データ	4rpc_validation.cif.gz	34.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/4rpc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/4rpc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6azb-2 4gec-3 5zhr-2 1elf-d 4gec-1 1cv2-d 3w06-d 4hba-d 6azb-1 5zhs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-apc113091

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: putative alpha/beta hydrolase

B: putative alpha/beta hydrolase

ヘテロ分子

60.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: putative alpha/beta hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: putative alpha/beta hydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.661, 45.473, 82.787
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.56, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.931942, -0.25814, 0.254652), (0.261715, 0.007228, 0.965118), (-0.250976, 0.96608, 0.060823)	49.14965, -26.30386, 67.89312

#1: タンパク質	putative alpha/beta hydrolase 分子量: 29910.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense (バクテリア) 株: DCB-2 / 遺伝子: Dhaf_3963 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (DE3) magic / 参照: UniProt: B8FSW0
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris, 25 % PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月21日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 27123 / Num. obs: 27123 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 24.9
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.8.0069	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 13.071 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24684	1362	5 %	RANDOM
R_work	0.17644	-	-	-
obs	0.18011	25718	99.18 %	-
all	-	25718	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.602 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.93 Å²	-0 Å²	-0.38 Å²
2-	-	-0.83 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3936	0	15	233	4184

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	4027
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3948
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.76	1.993	5442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.854	3	9068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.324	5	498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.774	23.83	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.392	15	660
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.558	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	603
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4530
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	900
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.464	2.057	1999
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.462	2.055	1997
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.268	3.076	2494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.268	3.078	2495
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.342	2.474	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.336	2.474	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.701	3.566	2949
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.265	17.737	4682
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.265	17.742	4683
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.097→2.151 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	85	-
R_work	0.242	1755	-
obs	-	-	91.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4564	-0.6839	-5.1027	0.9165	-0.2055	6.0534	-0.2859	-0.1503	-0.4088	0.1055	-0.0242	0.1387	0.4957	0.104	0.3101	0.1721	-0.004	0.0272	0.0077	0.0011	0.0446	11.1145	25.461	77.3079
2	2.489	-0.3245	-1.2432	1.0632	-0.4475	2.2947	0.0002	-0.0579	-0.1398	-0.0591	-0.0126	0.1113	0.2079	-0.0368	0.0124	0.1624	-0.0182	0.0048	0.017	-0.0021	0.018	10.6687	28.1417	73.0672
3	8.241	1.0116	-1.601	1.8671	-0.6262	4.9986	0.0672	0.2629	0.093	-0.1544	0.089	0.1954	-0.2487	-0.2843	-0.1562	0.1137	0.0169	0.029	0.0236	0.008	0.0753	7.8819	39.0188	71.0513
4	2.0363	-0.0081	-1.0565	0.7557	0.0792	1.8222	0.1247	-0.175	0.1993	-0.0002	-0.0088	-0.0447	-0.0392	0.304	-0.1159	0.1602	0.0132	0.0154	0.0539	-0.0175	0.0222	25.5389	36.0418	67.4474
5	4.4216	-0.1665	-0.0584	1.9848	-0.6848	2.6373	0.2767	-0.3644	0.4971	0.2761	-0.2024	-0.0017	-0.3548	0.2654	-0.0743	0.2384	-0.0613	0.0456	0.1092	-0.0681	0.0687	17.3309	43.1646	79.764
6	1.8905	-0.5553	0.4991	5.8649	0.5106	1.5806	-0.1276	0.2954	0.3213	-0.2869	0.0607	-0.5306	-0.1055	0.1395	0.0669	0.1028	-0.0058	0.018	0.0872	0.0354	0.0952	45.5082	17.2149	41.3656
7	1.2435	2.6727	-0.1942	9.3588	-4.5381	4.7832	-0.1241	0.0756	-0.1046	-0.2549	0.2142	-0.2004	0.0427	-0.0944	-0.0901	0.087	0.0463	0.0285	0.1018	0.044	0.1509	57.4265	14.0075	38.455
8	2.886	0.7413	-0.497	3.5932	-1.0002	1.1865	-0.3214	-0.2098	0.2783	0.266	0.1052	-0.7104	0.0837	0.0878	0.2162	0.0925	0.0539	-0.103	0.0602	-0.0515	0.2112	52.7336	13.3775	52.142
9	1.4166	-0.5769	-0.2386	2.2753	0.5011	1.1003	-0.1997	0.0037	-0.0459	0.3332	0.0226	0.0567	0.2077	-0.0976	0.1771	0.1778	0.0533	0.0071	0.0722	-0.0289	0.035	38.2143	6.447	54.0266
10	2.9484	-2.5358	-0.3262	3.5274	0.7356	0.9062	-0.3093	-0.25	0.3458	0.7074	0.413	-0.5568	0.0141	0.0544	-0.1037	0.2295	0.1078	-0.1363	0.1165	-0.0936	0.1051	44.9074	20.0978	59.4872

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	34 - 101
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	102 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	122 - 209
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	210 - 258
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	9 - 70
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	71 - 83
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	84 - 125
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	126 - 209
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	210 - 258

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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