PDB-4rnv: G303 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme with the Inhibitor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rnv

タイトル

G303 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme with the Inhibitor p-Hydroxybenzaldehyde

要素

NADPH dehydrogenase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE/Inhibitor / CIRCULAR PERMUTATION / CATALYSIS / OLD YELLOW ENZYME / FLAVIN COFACTOR / OXIDOREDUCTASE-Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

NADPH dehydrogenase / NADPH dehydrogenase activity / FMN binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces pastorianus (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.473 Å

データ登録者

Horton, J.R. / Daugherty, A.B. / Cheng, X. / Lutz, S.

引用

ジャーナル: ACS Catal / 年: 2015
タイトル: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL CONSEQUENCES OF CIRCULAR PERMUTATION ON THE ACTIVE SITE OF OLD YELLOW ENZYME.
著者: Daugherty, A.B. / Horton, J.R. / Cheng, X. / Lutz, S.

履歴

登録	2014年10月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月23日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.2	2018年10月10日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / entity Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.formula_weight
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rnv.cif.gz	620.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rnv.ent.gz	517.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rnv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rnv_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rnv_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	4rnv_validation.xml.gz	55.5 KB	表示
CIF形式データ	4rnv_validation.cif.gz	75 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/4rnv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/4rnv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rnuC 4rnwC 4rnxC 1oyaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4rnu-2 2dt2-d 1ceo-d 3wl0-d 4rnw-2 1oyc-d 4hpn-d 1zbc-d 2r9l-2 4rnu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NADPH dehydrogenase 1

B: NADPH dehydrogenase 1

C: NADPH dehydrogenase 1

D: NADPH dehydrogenase 1

ヘテロ分子

182 kDa, 4 ポリマー
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1

A: NADPH dehydrogenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: NADPH dehydrogenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: NADPH dehydrogenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: NADPH dehydrogenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	45.591, 88.076, 105.617
Angle α, β, γ (deg.)	89.45, 81.43, 89.88
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	NADPH dehydrogenase 1 / Old yellow enzyme 1 分子量: 44943.430 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 303-397, 2-302 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharomyces pastorianus (酵母) / 遺伝子: OYE1 / プラスミド: pET-14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02899, NADPH dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE 分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-HBA / P-HYDROXYBENZALDEHYDE 分子量: 122.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 18% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.25% glucoside, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月1日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.47→34.811 Å / Num. all: 57560 / Num. obs: 56814 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 37.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.47→2.58 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.607 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 5641 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1OYA

1oya

解像度: 2.473→34.811 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2495	1982	3.49 %	RANDOM
R_work	0.2156	-	-	-
obs	0.2168	56763	97.73 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.473→34.811 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12144	0	160	268	12572

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	12616
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.538	17108
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.548	4600
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.023	1776
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	2228

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.473-2.5345	0.3878	104	0.3037	3544	X-RAY DIFFRACTION	86
2.5345-2.6031	0.3519	164	0.3006	3800	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6031-2.6796	0.2907	137	0.284	4025	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6796-2.7661	0.3106	129	0.2718	3843	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7661-2.8649	0.3125	147	0.2635	3978	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8649-2.9795	0.2797	133	0.2592	3920	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9795-3.1151	0.2535	142	0.237	3930	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1151-3.2792	0.2868	182	0.2458	3914	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2792-3.4845	0.2934	113	0.2295	4006	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4845-3.7532	0.281	112	0.2107	3952	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7532-4.1304	0.176	207	0.184	3941	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1304-4.7268	0.2302	153	0.1805	3930	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7268-5.9504	0.1758	56	0.1786	4061	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9504-34.8142	0.2231	203	0.178	3937	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0754	0.5895	0.0803	0.8162	-0.5092	1.186	-0.0369	-0.0977	0.0773	1.0296	0.0376	-0.0085	0.1685	-0.1097	-0.0197	0.7482	-0.0025	0.0753	0.381	0.0121	0.1778	-33.1834	-18.5446	-58.5066
2	1.0233	-0.1008	-0.0743	1.9041	-0.0597	1.4324	0.0598	-0.1966	-0.0856	0.948	-0.0577	0.4668	0.2283	-0.0754	-0.095	0.7047	-0.0541	0.1338	0.3781	0.0169	0.2658	-38.609	-25.6687	-58.788
3	1.5149	0.6378	-0.5531	2.7911	-0.3185	1.0752	-0.1256	0.0471	-0.4288	-0.0859	0.1787	0.4708	0.4842	-0.0805	-0.122	0.359	-0.0689	0.0201	0.356	-0.0679	0.2453	-39.089	-27.5848	-76.2329
4	2.2392	0.9084	-0.2417	2.1608	-0.7296	1.1927	-0.0365	0.8159	-0.8131	-1.3685	0.0617	-0.2803	0.499	-0.0335	0.0554	0.5755	-0.1115	-0.0054	0.4802	-0.1074	0.2498	-30.2836	-21.8351	-88.749
5	1.3307	-0.3201	-0.0873	2.5157	-0.1967	1.1808	-0.0882	0.0388	0.0133	-0.2731	0.0925	0.2206	0.0174	-0.0229	-0.0057	0.226	0.0153	-0.0476	0.2855	0.0169	0.2486	-33.0536	-11.4152	-80.8134
6	1.7924	0.8972	-0.8717	1.6594	0.5159	1.4859	-0.0152	0.2351	0.204	0.2444	0.132	0.3692	-0.0731	-0.0558	-0.0809	0.1814	-0.0314	0.0429	0.2945	0.0159	0.2751	-36.8892	-4.8352	-74.2401
7	2.0123	-0.5595	0.1049	2.2852	-0.5007	1.6416	0.2833	0.3897	0.1008	-1.1602	-0.1646	0.2587	-0.2878	-0.0509	0.0421	0.7362	0.0765	-0.1413	0.5066	-0.0054	0.2474	-12.7471	-38.2561	-128.5617
8	2.5468	-1.3551	0.571	4.7812	-0.239	1.3016	-0.173	-0.1882	-0.0296	0.4547	0.2092	0.5659	-0.3009	-0.1027	-0.0291	0.2624	-0.0052	0.0496	0.322	-0.01	0.2138	-12.408	-41.974	-107.2866
9	0.5441	-0.1502	-0.5182	1.1371	0.3922	0.7919	0.0605	-0.2987	0.3194	0.9267	0.0991	-0.2158	-0.0986	0.1926	-0.1744	0.6978	-0.0413	-0.056	0.3949	-0.0825	0.4697	-23.6014	-71.8951	-57.9605
10	0.8537	0.2068	0.1418	1.0872	-0.1941	1.0972	0.4058	0.0042	0.5531	1.19	0.0137	-0.1102	0.3496	0.1184	-0.2937	1.3271	0.0894	0.1336	0.5425	-0.1549	1.1431	-27.9015	-52.164	-53.012
11	1.5134	-0.5595	-0.8954	2.1872	0.2785	1.428	0.2299	-0.3837	1.3797	0.7502	0.1992	-0.6039	-0.3629	0.0728	-0.2644	0.5157	-0.1005	0.0078	0.3611	-0.0487	1.0867	-17.8024	-58.7385	-65.4826
12	1.5251	0.0102	-1.2206	2.202	-0.3737	1.4698	0.4851	0.0052	1.4183	0.3184	-0.0353	-0.2637	-0.5468	0.3899	0.6946	0.4025	-0.0072	0.0826	0.2332	0.1207	1.3099	-16.8766	-55.4979	-74.1392
13	1.647	0.6832	-0.4088	1.2021	1.1352	2.7939	0.1481	1.1052	1.4447	-0.758	-0.102	0.0592	-1.1596	-0.4223	-0.2203	0.1983	-0.0052	0.2869	0.3491	0.5418	1.2213	-27.3589	-60.8924	-88.5303
14	0.9929	0.2772	0.2013	1.9338	-0.4985	1.1247	0.1197	0.0324	0.6679	0.0642	0.0153	-0.2796	0.0228	0.0543	-0.1129	0.2076	0.0179	0.0844	0.3134	0.0547	0.5935	-23.4702	-74.0838	-78.5389
15	0.851	0.4693	0.4512	2.0151	-0.4038	0.6651	0.0807	0.358	-0.6971	-1.5905	0.0048	-0.2494	0.5103	0.125	-0.0054	1.1154	0.0961	0.0822	0.5754	-0.1532	0.8293	-44.8113	-86.1143	-128.0017
16	1.8944	-0.2291	0.2517	2.7412	-0.7312	1.5329	0.1433	-0.2127	-0.9095	-0.1806	-0.0019	0.02	0.2831	-0.0083	-0.0537	0.2789	-0.0337	-0.0694	0.345	0.0974	0.8659	-45.9041	-82.1311	-106.926

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 87 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 88 through 160 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 161 through 235 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 236 through 281 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 282 through 359 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 360 through 390 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 6 through 159 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 160 through 390 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 6 through 62 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 63 through 105 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 106 through 189 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 190 through 228 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 229 through 281 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 282 through 390 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 6 through 178 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 179 through 390 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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