PDB-4rnr: Crystal structure of broadly neutralizing anti-HIV antibody PGT130

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rnr

タイトル

Crystal structure of broadly neutralizing anti-HIV antibody PGT130

要素

PGT130 Heavy Chain
PGT130 Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / PGT130 / PGT 130 / Immunoglobulin Fold / Broadly Neutralizing Antibody / HIV-1 gp120 binding / N-linked glycan

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.758 Å

データ登録者

Kong, L. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Two Classes of Broadly Neutralizing Antibodies within a Single Lineage Directed to the High-Mannose Patch of HIV Envelope.
著者: Doores, K.J. / Kong, L. / Krumm, S.A. / Le, K.M. / Sok, D. / Laserson, U. / Garces, F. / Poignard, P. / Wilson, I.A. / Burton, D.R.

履歴

登録	2014年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月28日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rnr.cif.gz	338.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rnr.ent.gz	283.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rnr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4rnr_validation.pdf.gz	481.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rnr_full_validation.pdf.gz	495.4 KB	表示
XML形式データ	4rnr_validation.xml.gz	31.4 KB	表示
CIF形式データ	4rnr_validation.cif.gz	42.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/4rnr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/4rnr	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6nb5-1 6l98-d 4uom-d 4qhk-1 4qhk-3 4m5y-1 4ktd-d 3tnn-1 4odu-2 6y1m-d 5f6h-3 1mcq-d 7kqy-2 5kg9-2 1emt-d 5tf1-d 4yx2-2 4wht-6 5tqa-2 4qhk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PGT130 Heavy Chain

B: PGT130 Light Chain

C: PGT130 Heavy Chain

D: PGT130 Light Chain

ヘテロ分子

97.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PGT130 Heavy Chain

B: PGT130 Light Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: PGT130 Heavy Chain

D: PGT130 Light Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.021, 69.052, 272.236
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体

PGT130 Heavy Chain

分子量: 25235.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293 Freestyle / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: 抗体

PGT130 Light Chain

分子量: 22863.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293 Freestyle / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 40% PEG 400, 0.2 M NaCl, 0.1 M Na/K phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 30636 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / R_sym value: 0.67 / % possible all: 85.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.758→47.754 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2694	1544	5.05 %
R_work	0.2436	-	-
obs	0.2449	30568	91.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.758→47.754 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6450	0	56	0	6506

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6688
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.103	9120
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.35	2344
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1043
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	1151

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7576-2.8466	0.386	141	0.3565	2302	X-RAY DIFFRACTION	82
2.8466-2.9483	0.3883	131	0.3401	2457	X-RAY DIFFRACTION	86
2.9483-3.0663	0.3985	126	0.3265	2484	X-RAY DIFFRACTION	87
3.0663-3.2059	0.4022	136	0.3294	2479	X-RAY DIFFRACTION	86
3.2059-3.3748	0.3434	135	0.3059	2515	X-RAY DIFFRACTION	89
3.3748-3.5862	0.3211	128	0.2857	2615	X-RAY DIFFRACTION	90
3.5862-3.863	0.3146	133	0.2749	2726	X-RAY DIFFRACTION	94
3.863-4.2515	0.2634	146	0.2369	2770	X-RAY DIFFRACTION	96
4.2515-4.8662	0.1947	144	0.1916	2852	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8662-6.1289	0.2384	168	0.2071	2861	X-RAY DIFFRACTION	97
6.1289-47.7609	0.2336	156	0.2202	2963	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.624	2.7023	-0.0948	2.8022	0.4883	4.9355	-0.5193	-0.123	0.6651	0.3973	-0.0904	0.1073	-2.4682	0.5184	0.466	2.1082	-0.3137	-0.4536	0.3359	-0.1148	0.7407	7.7685	13.7345	46.1189
2	3.6971	2.1868	3.8556	5.08	1.1846	4.3605	-0.567	0.0032	-0.0182	0.1565	-0.1218	-1.8588	-0.5003	2.4191	-0.2172	2.0838	-1.4201	-0.5212	1.4267	-0.1069	0.8795	22.0076	11.6421	38.2673
3	4.3607	-1.8368	0.5718	4.7148	-0.7786	8.1128	-0.7596	1.2668	0.5168	-0.7402	-0.1879	-0.0092	-2.0102	1.1571	0.8758	1.5825	-0.725	-0.217	1.0908	0.0362	0.6917	11.0049	9.2029	33.2457
4	0.9721	0.378	0.4332	0.6927	0.0483	2.0124	-0.6847	0.6412	0.8446	0.4777	0.0367	-0.1682	-2.9748	0.997	0.5633	1.8957	-0.6101	-0.393	0.7635	0.0819	0.9445	10.0082	14.8522	38.085
5	3.3726	0.9973	-0.1856	1.831	0.0725	6.2819	-0.3045	0.1094	0.1341	-0.0089	0.0046	0.0928	-1.583	0.2307	0.2686	0.9032	-0.0296	-0.1516	0.3639	-0.045	0.5921	5.8577	2.054	55.017
6	6.0999	-0.8771	1.4928	5.8489	-2.3288	5.9063	0.1042	-0.2475	-0.3251	-0.3399	-0.3387	-0.2153	-0.2089	0.1564	0.1787	0.8898	0.1133	0.0241	0.4323	-0.0065	0.483	6.1781	0.5862	66.552
7	4.6422	0.3182	-0.1648	4.7636	-0.9474	8.9534	-0.3116	0.6803	-0.1797	-0.6166	-0.145	-0.0563	-0.4949	1.0171	0.4624	0.4257	-0.0539	-0.1322	0.9379	-0.1543	0.6767	7.9898	-11.7572	28.1483
8	5.4767	1.8566	-0.3868	3.8727	0.3951	7.1963	0.0771	0.3161	-0.2706	-0.0704	-0.0826	-0.4497	-0.2842	2.1808	0.0563	0.4381	-0.0839	-0.0257	0.9995	-0.1072	0.5784	13.2608	-9.1601	33.9498
9	7.1804	-1.6502	-2.4642	9.4383	0.2871	3.9545	0.1474	0.1628	-0.595	0.1427	-0.1279	-0.3764	1.0755	0.6161	0.0423	1.0181	0.0619	-0.1211	0.5342	0.1029	0.453	1.4334	-19.2426	59.5052
10	7.205	1.1025	-1.5194	4.1463	0.6669	8.1489	0.1661	-0.7149	0.3725	0.323	-0.1407	0.3366	-0.2782	-0.6472	-0.0436	0.7182	0.0844	-0.0892	0.4685	-0.0534	0.4283	-8.1272	-10.2309	65.6853
11	5.8042	-0.6314	0.9197	0.535	1.5277	8.8267	0.0234	-0.568	-0.9929	0.1238	-0.1385	0.9024	3.7803	-1.8433	-0.0977	0.377	-0.8653	-0.338	1.3808	0.0586	0.8074	-29.4183	-35.0346	25.8434
12	9.2754	-6.155	0.4083	4.3513	1.1215	6.5201	0.267	-0.6055	0.0802	1.0084	-0.408	0.1274	0.7167	-1.3859	0.2201	0.9436	-0.611	-0.1574	1.1159	0.2608	0.6577	-23.6107	-29.9323	33.1099
13	7.4167	1.3301	1.7634	3.1487	2.0834	6.5638	0.4182	-1.3791	-0.9468	0.4748	-0.3234	0.307	1.524	-2.9473	-0.0354	0.9034	-0.5268	-0.0165	1.8984	0.2827	0.9944	-32.6766	-32.4835	37.727
14	1.4931	0.0082	1.9188	2.3273	1.0245	6.2167	0.3457	-0.2285	-0.2721	0.3995	-0.1791	0.0209	0.9848	-1.3868	-0.1599	0.3884	-0.1882	-0.0543	0.7986	0.0419	0.6533	-23.4186	-26.6993	18.5903
15	4.2818	-1.3714	-0.9198	4.4887	1.797	5.3567	-0.1186	-0.2135	0.1388	0.0369	0.2775	-0.0638	0.2905	0.1045	-0.147	0.2676	0.0136	0.0469	0.7881	0.0351	0.637	-19.3358	-24.0149	2.0596
16	8.7096	-0.029	-6.4357	4.2421	-1.7354	6.0076	0.0673	-0.7756	-0.8661	0.3164	-0.2807	0.3021	0.5815	0.8155	0.185	0.8221	-0.0115	-0.2704	0.6689	-0.1247	0.7908	-4.9913	-26.2116	39.8485
17	5.2732	1.2077	1.0611	5.3685	-0.7012	7.4988	0.5805	-0.2211	-0.8653	0.291	0.1103	-0.8646	2.3513	0.6861	-0.6526	1.0138	0.1385	-0.2656	0.5711	-0.0743	0.7318	-5.539	-32.7874	32.6094
18	3.1879	0.6706	0.4367	2.1617	-2.2933	9.6659	0.0928	-0.2161	0.2006	0.0258	-0.012	-0.0533	0.5342	-0.0791	-0.0925	0.3642	0.1536	-0.0833	0.3641	-0.1887	0.5677	-11.666	-19.2957	16.6369
19	4.1877	-2.091	2.1931	5.8028	-2.9916	5.7268	-0.0532	-0.1982	0.2841	-0.0048	-0.0138	-0.0342	-0.2741	-0.1349	0.0637	0.2549	-0.0056	0.0088	0.5771	-0.0664	0.4721	-7.535	-9.0728	4.0224

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 35 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 35A through 62 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 63 through 94 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 95 through 145 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 146 through 215 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 3 through 32 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 33 through 106 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 106A through 118 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 119 through 210 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 2 through 34 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 35 through 52 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 53 through 72 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 73 through 143 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 144 through 214 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 3 through 32 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 33 through 91 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 92 through 129 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 130 through 210 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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