[日本語] English
万見
- PDB-4rnd: Crystal Structure of the subunit DF-assembly of the eukaryotic V-... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rnd
タイトルCrystal Structure of the subunit DF-assembly of the eukaryotic V-ATPase.
要素
  • V-type proton ATPase subunit D
  • V-type proton ATPase subunit F
キーワードHYDROLASE / alpha helical / Rossmann Fold / Regulatory / Coupling
機能・相同性
機能・相同性情報


Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar acidification ...Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / proton transmembrane transport / Neutrophil degranulation / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / Golgi membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase subunit D / V-type proton ATPase subunit F
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Balakrishna, A.M. / Basak, S. / Gruber, G.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of Subunits D and F in Complex Gives Insight into Energy Transmission of the Eukaryotic V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae.
著者: Balakrishna, A.M. / Basak, S. / Manimekalai, M.S. / Gruber, G.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Crystal and NMR structures give insights into the role and dynamics of subunit F of the eukaryotic V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae.
著者: Basak, S. / Lim, J. / Manimekalai, M.S. / Balakrishna, A.M. / Gruber, G.
履歴
登録2014年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: V-type proton ATPase subunit D
B: V-type proton ATPase subunit F
C: V-type proton ATPase subunit D
D: V-type proton ATPase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7057
ポリマ－85,4284
非ポリマー2763
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15200 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area28100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.063, 168.063, 128.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUARGARGAA37 - 20237 - 202
21GLUGLUARGARGCC37 - 20237 - 202
12ALAALALEULEUBB2 - 1152 - 115
22ALAALALEULEUDD2 - 1152 - 115

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 V-type proton ATPase subunit D / V-ATPase subunit D / Vacuolar proton pump subunit D


分子量: 29235.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SYGP-ORF11, VMA8, YEL051W / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32610
#2: タンパク質 V-type proton ATPase subunit F / V-ATPase subunit F / V-ATPase 14 kDa subunit / Vacuolar proton pump subunit F


分子量: 13479.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: VMA7, YGR020C / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39111
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate, 1.2 M Ammonium citrate monobasic, ph 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月22日
詳細: Vertically Collimating Premirror, Toroidal Focusing Mirror
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.18→30 Å / Num. all: 38345 / Num. obs: 33061 / % possible obs: 80.08 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.18→29.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 20.993 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23201 1010 3 %RANDOM
Rwork0.20365 ---
obs0.20448 33061 97.83 %-
all-38345 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.757 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.23 Å2-0 Å2-0 Å2
2---7.23 Å2-0 Å2
3---14.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.18→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4664 0 18 59 4741
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194753
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.024637
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1251.9636405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.946310636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8545576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.69324.049247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.94615884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9861546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021099
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A80250.17
12C80250.17
21B60480.15
22D60480.15
LS精密化 シェル解像度: 3.177→3.259 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 46 -
Rwork0.3 1879 -
obs--75.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.28661.40910.04450.91620.04670.0219-0.0240.0311-0.21320.05180.0295-0.11890.0153-0.0056-0.00560.1634-0.0687-0.04660.23630.03630.1454-19.880267.58759.7277
21.27330.91990.83422.47581.07421.06290.1536-0.2535-0.07620.4124-0.11030.0610.1542-0.0761-0.04340.2927-0.1465-0.00340.2370.06490.0305-11.258176.933321.8969
33.13850.967-0.15690.3486-0.09510.1116-0.03530.249-0.02160.05240.0721-0.0318-0.007-0.0599-0.03680.17-0.0511-0.01920.17180.03310.1382-54.827453.27889.5829
42.2117-0.58840.07071.5551-0.10631.0174-0.08860.22810.2562-0.07210.1323-0.0431-0.1812-0.0541-0.04370.1658-0.094-0.04470.18780.11830.1099-69.624457.13982.6872
500000000000000-00.16000.1600.16000
600000000000000-00.16000.1600.16000
700000000000000-00.16000.1600.16000
800000000000000-00.16000.1600.16000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 204
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3C37 - 203
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 116
5X-RAY DIFFRACTION5A401 - 423
6X-RAY DIFFRACTION5B301 - 312
7X-RAY DIFFRACTION5C401 - 417
8X-RAY DIFFRACTION5D201 - 210
9X-RAY DIFFRACTION6A301
10X-RAY DIFFRACTION7C301
11X-RAY DIFFRACTION8B201

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る