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- PDB-4rn7: The crystal structure of N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rn7
タイトルThe crystal structure of N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase from Clostridium difficile 630
要素N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
キーワードHYDROLASE / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan catabolic process / membrane => GO:0016020 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Zn-dependent exopeptidases / Ami_3 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, catalytic domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
類似検索 - 構成要素
生物種Peptoclostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.717 Å
データ登録者Tan, K. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase from Clostridium difficile 630
著者: Tan, K. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2014年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6127
ポリマ－20,8861
非ポリマー7266
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.407, 66.407, 96.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase


分子量: 20886.156 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 117-301 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD630_27610 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q183J9, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase

-
非ポリマー , 5種, 129分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.04 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 25% w/v PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97899 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月18日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→28.8 Å / Num. all: 26769 / Num. obs: 26769 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 27.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 54.7
反射 シェル解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.717 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1344 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXDBuilder/HKL3000位相決定
MLPHAREBuilder/HKL3000位相決定
直接法Builder/HKL3000モデル構築
DENZOBuilder/HKL3000データ削減
SCALEPACKBuilder/HKL3000データスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法Builder/HKL3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.717→28.755 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2153 1322 4.95 %random
Rwork0.1948 ---
obs0.1959 26718 99.73 %-
all-26718 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.717→28.755 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1426 0 29 123 1578
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061520
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9882067
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.634578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068240
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003270
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7171-1.78580.28451580.2472768X-RAY DIFFRACTION100
1.7858-1.86710.28981250.2342793X-RAY DIFFRACTION100
1.8671-1.96550.2851760.22282770X-RAY DIFFRACTION100
1.9655-2.08860.25421380.20962807X-RAY DIFFRACTION100
2.0886-2.24980.1871190.19532830X-RAY DIFFRACTION100
2.2498-2.47610.22811630.19892787X-RAY DIFFRACTION100
2.4761-2.83420.2151330.20912851X-RAY DIFFRACTION100
2.8342-3.56970.23011460.19282864X-RAY DIFFRACTION100
3.5697-28.75910.1871640.17922926X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.85073.3388-3.77467.2895-3.99952.70520.31880.8530.3433-0.46180.32440.05630.6311-0.6947-0.64240.3072-0.0617-0.00650.23580.03440.2491-27.35315.6623-17.1819
23.875-0.41330.77255.69581.20620.45120.0807-0.4889-0.16330.821-0.0114-0.38120.09240.23360.02070.3681-0.127-0.02650.22710.02790.3267-26.12936.5523-0.0284
32.75931.305-0.20385.3802-1.5372.9316-0.03040.1630.0888-0.05310.0850.3515-0.0283-0.2306-0.04140.2482-0.07730.01340.2148-0.00930.2339-35.7099.7308-6.9408
42.8937-2.87472.95073.221-3.77337.613-0.03340.3861-0.166-1.0166-0.0761-0.22240.4262-0.14220.05950.5391-0.12910.05190.3762-0.02150.4008-30.61062.582-15.6479
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 114 through 123 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 124 through 158 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 159 through 276 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 277 through 299 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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