ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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SBC-Collect | | データ収集 | SHELXD | Builder/HKL3000位相決定 | MLPHARE | Builder/HKL3000位相決定 | 直接法 | Builder/HKL3000モデル構築 | DENZO | Builder/HKL3000データ削減 | SCALEPACK | Builder/HKL3000データスケーリング | PHENIX | (phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化 | HKL-3000 | | データ削減 | HKL-3000 | | データスケーリング | 直接法 | Builder/HKL3000位相決定 | | | | | | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.717→28.755 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.97 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2153 | 1322 | 4.95 % | random |
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Rwork | 0.1948 | - | - | - |
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obs | 0.1959 | 26718 | 99.73 % | - |
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all | - | 26718 | - | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.717→28.755 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1426 | 0 | 29 | 123 | 1578 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.006 | 1520 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.988 | 2067 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.634 | 578 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.068 | 240 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.003 | 270 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.7171-1.7858 | 0.2845 | 158 | 0.247 | 2768 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.7858-1.8671 | 0.2898 | 125 | 0.234 | 2793 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.8671-1.9655 | 0.285 | 176 | 0.2228 | 2770 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.9655-2.0886 | 0.2542 | 138 | 0.2096 | 2807 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.0886-2.2498 | 0.187 | 119 | 0.1953 | 2830 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.2498-2.4761 | 0.2281 | 163 | 0.1989 | 2787 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.4761-2.8342 | 0.215 | 133 | 0.2091 | 2851 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.8342-3.5697 | 0.2301 | 146 | 0.1928 | 2864 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.5697-28.7591 | 0.187 | 164 | 0.1792 | 2926 | X-RAY DIFFRACTION | 98 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 8.8507 | 3.3388 | -3.7746 | 7.2895 | -3.9995 | 2.7052 | 0.3188 | 0.853 | 0.3433 | -0.4618 | 0.3244 | 0.0563 | 0.6311 | -0.6947 | -0.6424 | 0.3072 | -0.0617 | -0.0065 | 0.2358 | 0.0344 | 0.2491 | -27.353 | 15.6623 | -17.1819 | 2 | 3.875 | -0.4133 | 0.7725 | 5.6958 | 1.2062 | 0.4512 | 0.0807 | -0.4889 | -0.1633 | 0.821 | -0.0114 | -0.3812 | 0.0924 | 0.2336 | 0.0207 | 0.3681 | -0.127 | -0.0265 | 0.2271 | 0.0279 | 0.3267 | -26.1293 | 6.5523 | -0.0284 | 3 | 2.7593 | 1.305 | -0.2038 | 5.3802 | -1.537 | 2.9316 | -0.0304 | 0.163 | 0.0888 | -0.0531 | 0.085 | 0.3515 | -0.0283 | -0.2306 | -0.0414 | 0.2482 | -0.0773 | 0.0134 | 0.2148 | -0.0093 | 0.2339 | -35.709 | 9.7308 | -6.9408 | 4 | 2.8937 | -2.8747 | 2.9507 | 3.221 | -3.7733 | 7.613 | -0.0334 | 0.3861 | -0.166 | -1.0166 | -0.0761 | -0.2224 | 0.4262 | -0.1422 | 0.0595 | 0.5391 | -0.1291 | 0.0519 | 0.3762 | -0.0215 | 0.4008 | -30.6106 | 2.582 | -15.6479 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 114 through 123 )2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 124 through 158 )3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resid 159 through 276 )4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain 'A' and (resid 277 through 299 ) | | | |
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