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- PDB-4rmq: Crystal structure of the D59N Beta-2 Microglobulin mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rmq
タイトルCrystal structure of the D59N Beta-2 Microglobulin mutant
要素Beta-2-microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobin / beta-sandwitch / amyloidosis / pathologic mutation / genetic disease / MHC class I
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-2-Microglobulin / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...Beta-2-Microglobulin / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.461 Å
データ登録者de Rosa, M. / Bolognesi, M. / Ricagno, S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Decoding the Structural Bases of D76N 2-Microglobulin High Amyloidogenicity through Crystallography and Asn-Scan Mutagenesis.
著者: de Rosa, M. / Barbiroli, A. / Giorgetti, S. / Mangione, P.P. / Bolognesi, M. / Ricagno, S.
履歴
登録2014年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9842
ポリマ－11,8781
非ポリマー1061
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.770, 28.930, 67.256
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.76, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11878.372 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-119 / 変異: D59N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P, NM_004048 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 27% PEG4000, 15% glycerol, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月29日 / 詳細: bent cylindrical mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→23.24 Å / Num. all: 18143 / Num. obs: 17472 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.46→1.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.202 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
MxCuBEデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YXF

2yxf


解像度: 1.461→23.236 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1927 1747 10 %10%
Rwork0.1663 ---
obs0.1689 17470 96.13 %-
all-18198 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.461→23.236 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数837 0 7 125 969
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008906
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1981232
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.053346
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052129
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005161
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.461-1.5040.22411410.18571276X-RAY DIFFRACTION95
1.504-1.55260.23591440.18991295X-RAY DIFFRACTION96
1.5526-1.6080.18611440.1811293X-RAY DIFFRACTION94
1.608-1.67240.23021410.1741263X-RAY DIFFRACTION95
1.6724-1.74850.17911460.16351310X-RAY DIFFRACTION97
1.7485-1.84060.20021450.16761311X-RAY DIFFRACTION96
1.8406-1.95590.20411430.16641294X-RAY DIFFRACTION95
1.9559-2.10680.15791470.16051315X-RAY DIFFRACTION97
2.1068-2.31870.17481480.16541326X-RAY DIFFRACTION97
2.3187-2.65380.21891440.1721303X-RAY DIFFRACTION95
2.6538-3.34190.19391520.16951364X-RAY DIFFRACTION99
3.3419-23.23920.18421520.15531373X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.08820.07820.04030.1427-0.12240.1062-0.02980.07180.0688-0.06070.1480.11780.1852-0.2319-0.02090.0837-0.0046-0.01140.08350.02350.0642-6.5204-20.20272.5172
20.0915-0.03810.13430.06420.01130.2554-0.01080.42810.61780.0539-0.00290.0442-0.11450.22040.0160.1058-0.0312-0.03560.14340.07870.2335-9.6922-5.616752.2422
3-0.02230.00770.0243-0.017-0.00980.1633-0.07550.03460.1053-0.05470.0036-0.04460.1704-0.111-0.01160.0779-0.0009-0.01040.09950.02420.0954-6.1763-14.289467.6575
40.0583-0.0054-0.0340.3963-0.24710.22170.18390.04310.07470.1462-0.08170.0278-0.17180.2586-0.01180.06310.00830.00240.09590.00920.06380.5543-13.307674.1138
50.4341-0.29230.32970.26240.26350.63720.0461-0.17490.05010.1042-0.1079-0.0636-0.190.2326-0.01370.0824-0.02040.00040.10040.01860.132-4.5496-9.862171.961
60.10310.14290.1380.0747-0.0310.12690.01020.06370.1054-0.03210.00320.034-0.1429-0.0030.00020.0971-0.0141-0.00020.08270.02750.1161-6.5623-9.9268.6625
70.49720.48620.01550.75110.20650.0954-0.01110.250.261-0.48660.0455-0.00390.25720.6392-0.03140.25780.0820.07260.2943-0.01250.05165.0605-12.624552.9151
80.02630.02030.02070.05810.02060.03990.02960.16350.0581-0.0148-0.1104-0.14760.1150.22180.01030.08330.02460.01540.12450.01670.07543.5602-15.735967.5854
90.15030.07380.060.05630.04150.03530.0325-0.03860.02120.021-0.0997-0.0253-0.00850.1298-0.00960.07180.0245-0.00250.07880.02750.08824.1757-22.198878.0958
100.42770.05090.16520.0475-0.00530.2980.16070.0076-0.3201-0.4171-0.1106-0.0360.21070.01570.01750.27030.0736-0.00750.097-0.04690.07770.3172-20.119359.4778
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 12 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 13 through 21 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 22 through 30 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 31 through 41 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 42 through 61 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 62 through 69 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 70 through 77 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 78 through 83 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 84 through 90 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 91 through 99 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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