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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rmm
タイトルCrystal Structure of the Q7NVP2_CHRVO protein from Chromobacterium violaceum. Northeast Structural Genomics Consortium Target CvR191
要素Putative uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Q7NVP2_CHRVO / CvR191
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-CoA hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Phenylacetic acid degradation-related domain / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioesterase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, L. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Wang, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. ...Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, L. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Wang, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Q7NVP2_CHRVO protein from Chromobacterium violaceum.
著者: Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, L. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Wang, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2014年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0141
ポリマ－18,0141
非ポリマー00
水48627
1
A: Putative uncharacterized protein

A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0272
ポリマ－36,0272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_756-x+2,y,-z+11
Buried area1870 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.065, 47.065, 120.816
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

HOH

21A-221-

HOH

31A-226-

HOH

41A-227-

HOH

詳細IT IS POSSIBLE THAT THE TRIMER OBSERVED IN AGGREGATION SCREENING IS NOT STABLE UNDER CRYSTALLIZATION CONDITIONS.

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 18013.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア)
株: ATCC 12472 / DSM 30191 / JCM 1249 / NBRC 12614 / NCIMB 9131 / NCTC 9757
遺伝子: CV_2300 / プラスミド: CvR191-21.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q7NVP2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under parafin oil / pH: 7
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5). Crystallization solution: 20% PEG 4000, 0.1M potassium nitrate, 0.1M Bis-Tris propane, pH 7.0, microbatch under ...詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5). Crystallization solution: 20% PEG 4000, 0.1M potassium nitrate, 0.1M Bis-Tris propane, pH 7.0, microbatch under parafin oil, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月8日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 13220 / Num. obs: 13206 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 50.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 36.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique all: 1313 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD/E位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→43.855 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 31.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 603 4.6 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.245 13106 99.46 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 184.6 Å2 / Biso mean: 85.715 Å2 / Biso min: 31.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.855 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1053 0 0 27 1080
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091075
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6491452
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.114161
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.59394
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.4210.3431580.2953093325199
2.421-2.7720.3021670.2963134330199
2.772-3.4920.3021460.26931173263100
3.492-43.8640.2571320.21831593291100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 39.0368 Å / Origin y: 28.8089 Å / Origin z: 51.9182 Å
111213212223313233
T0.3102 Å2-0.0762 Å20.016 Å2-0.6031 Å2-0.1303 Å2--0.4208 Å2
L5.9548 °20.4771 °2-0.4256 °2-2.9464 °20.0655 °2--5.5878 °2
S-0.2561 Å °1.0161 Å °-0.5332 Å °-0.3507 Å °0.0263 Å °0.0694 Å °0.6596 Å °-0.9326 Å °0.1641 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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