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万見
- PDB-4rm4: The crystal structure of the versatile cytochrome P450 enzyme CYP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rm4
タイトルThe crystal structure of the versatile cytochrome P450 enzyme CYP109B1 from Bacillus subtilis
要素Cytochrome P450
キーワードELECTRON TRANSPORT / Cytochrome P450 / Secondary metabolites biosynthesis / transport / catabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Putative cytochrome P450 YjiB
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.771 Å
データ登録者Zhouw, W.H. / Zhang, A.L. / Zhang, T. / Hall, E.A. / Hutchinson, S. / Cryle, M.J. / Wong, L.-L. / Bell, S.G.
引用ジャーナル: Mol Biosyst / 年: 2015
タイトル: The crystal structure of the versatile cytochrome P450 enzyme CYP109B1 from Bacillus subtilis.
著者: Zhang, A. / Zhang, T. / Hall, E.A. / Hutchinson, S. / Cryle, M.J. / Wong, L.L. / Zhou, W. / Bell, S.G.
履歴
登録2014年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6652
ポリマ－45,0481
非ポリマー6161
水4,234235
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.996, 67.573, 56.406
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450


分子量: 45048.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: strain W23 / 遺伝子: BSU12210, genomic DNA, yjiB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O34374, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.49 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 16% w/v PEG 1000, 10% w/v PEG 8000, 0.625% w/v PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. all: 36543 / Num. obs: 31135 / % possible obs: 85.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 23.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.031 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 1.77→1.83 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 3.65 / Num. unique all: 2286 / Rsym value: 0.21 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WHW

2whw


解像度: 1.771→27.939 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 23.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2529 1512 5.02 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.2046 30135 82.73 %-
all-36426 --
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.606 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6192 Å2-0 Å22.3686 Å2
2---0.061 Å2-0 Å2
3---1.6802 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.771→27.939 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2892 0 43 235 3170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073020
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0684109
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7911124
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005533
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7706-1.82780.30051490.24962809X-RAY DIFFRACTION90
1.8278-1.89310.30271420.23832861X-RAY DIFFRACTION91
1.8931-1.96880.3658860.2711623X-RAY DIFFRACTION52
1.9688-2.05840.26981450.21362923X-RAY DIFFRACTION93
2.0584-2.16690.24391590.19792866X-RAY DIFFRACTION91
2.1669-2.30260.2684840.19561658X-RAY DIFFRACTION53
2.3026-2.48030.24041360.19943040X-RAY DIFFRACTION95
2.4803-2.72970.26731790.20742923X-RAY DIFFRACTION94
2.7297-3.12430.22521560.2052948X-RAY DIFFRACTION93
3.1243-3.93450.25491370.20272320X-RAY DIFFRACTION75
3.9345-27.94260.2361390.17882652X-RAY DIFFRACTION82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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