PDB-4rlw: Crystal Structure of (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase HadAB heter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rlw

タイトル

Crystal Structure of (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase HadAB hetero-dimer from Mycobacterium tuberculosis complexed with Butein

要素

(3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadA
(3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / double hotdog fold / (3R)-hydroxyacyl-ACP binding / LYASE / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

(3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.196 Å

データ登録者

Li, J. / Dong, Y. / Rao, Z.H.

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2015
タイトル: Molecular basis for the inhibition of beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase HadAB complex from Mycobacterium tuberculosis by flavonoid inhibitors.
著者: Dong, Y. / Qiu, X. / Shaw, N. / Xu, Y. / Sun, Y. / Li, X. / Li, J. / Rao, Z.

履歴

登録	2014年10月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	4rlw_full_validation.pdf.gz	697.1 KB	表示
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CIF形式データ	4rlw_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/4rlw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/4rlw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4rljSC 4rltC 4rluC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rlt-1 3wy7-1 4rlu-1 4m1n-d 6c6o-d 4jf1-d 6gvc-2 7jx9-2 4mlp-1 3d7t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadA

B: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB

ヘテロ分子

33.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadA

B: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB

ヘテロ分子

A: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadA

B: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.373, 82.373, 140.801
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	(3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadA / Rv0635 分子量: 17465.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: hadA, P425_00663, RVBD_0635 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: I6Y8B9, UniProt: P9WFK1*PLUS, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
#2: タンパク質	(3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB / Rv0636 分子量: 15361.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: hadB, P425_00664, Rv0636, RVBD_0636 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: I6WYY7, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
#3: 化合物	ChemComp-BUN / (2E)-1-(2,4-dihydroxyphenyl)-3-(3,4-dihydroxyphenyl)prop-2-en-1-one / 2',3,4,4'-Tetrahydroxychalcone / Butein / ブテイン分子量: 272.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₂O₅
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.19 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES, pH 7.5, 26% w/v PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月17日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.196→50 Å / Num. obs: 25519 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Χ²: 1.046 / Net I/σ(I): 9.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.196-2.28	9.4	0.415	2512	1.092	1	100
2.28-2.37	9.5	0.337	2509	1.09	1	100
2.37-2.48	9.5	0.262	2481	1.077	1	100
2.48-2.61	9.5	0.206	2504	1.057	1	100
2.61-2.77	9.4	0.147	2531	1.038	1	100
2.77-2.99	9.4	0.11	2518	1.017	1	100
2.99-3.29	9.4	0.081	2548	1.035	1	100
3.29-3.76	9.3	0.065	2571	1.06	1	100
3.76-4.74	9	0.06	2592	1.001	1	99.8
4.74-50	8.3	0.059	2753	0.991	1	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4RLJ

4rlj

解像度: 2.196→40.779 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1953	1296	5.09 %	RANDOM
R_work	0.1636	-	-	-
obs	0.1652	25440	99.78 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.3 Å² / B_iso mean: 42.3123 Å² / B_iso min: 17.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.196→40.779 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2281	0	32	173	2486

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2385
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.328	3240
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	360
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	422
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.492	850

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.196-2.2836	0.2487	142	0.1967	2638	2780	100
2.2836-2.3875	0.2147	124	0.1853	2646	2770	100
2.3875-2.5133	0.2154	133	0.1819	2643	2776	100
2.5133-2.6708	0.2077	143	0.179	2647	2790	100
2.6708-2.8769	0.2048	146	0.1747	2644	2790	100
2.8769-3.1664	0.2226	164	0.1806	2651	2815	100
3.1664-3.6243	0.2005	146	0.1664	2696	2842	100
3.6243-4.5652	0.1773	153	0.1423	2710	2863	100
4.5652-40.786	0.1714	145	0.151	2869	3014	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7742	-0.5825	0.3318	0.7127	0.0465	0.3991	0.6182	0.6512	-0.0826	-0.13	-0.4707	-0.3557	-0.2313	1.0577	0.0608	0.4977	-0.114	0.0327	0.6696	0.1317	0.5185	6.4176	35.013	-39.1511
2	1.1877	0.1956	0.1601	1.4555	0.0768	1.4753	0.0203	-0.1843	-0.06	0.0218	-0.0553	0.1885	-0.0189	-0.1125	0.134	0.1731	-0.0074	-0.0044	0.2383	-0.0186	0.2036	-16.4691	18.8877	-27.7247
3	4.2416	-0.031	0.1298	1.5569	0.5475	0.5802	0.3592	-0.8044	0.4542	0.1564	-0.3378	0.2209	-0.222	-0.2752	-0.0152	0.2477	-0.0148	0.0185	0.4771	-0.0871	0.3082	-21.7801	23.5283	-20.5352
4	3.4536	0.5892	-2.0381	1.7478	-1.1218	3.5306	0.1432	-0.0169	0.2206	-0.1655	-0.1144	-0.1943	-0.1139	0.4879	0.1673	0.2856	-0.0135	0.0446	0.3217	-0.0121	0.2788	-3.2461	25.0722	-36.9552
5	1.2405	0.7388	1.1424	2.0141	-0.0767	2.1222	0.0267	-0.0138	0.0711	-0.0378	-0.0817	-0.2888	-0.2215	0.3724	0.0158	0.2478	-0.0395	0.0052	0.323	-0.0194	0.2853	-0.5056	27.8816	-31.0398
6	5.8775	-1.8489	0.4351	2.3317	-1.0787	1.0989	0.051	0.3609	0.0815	-0.017	-0.2093	-0.3881	-0.1091	0.4212	0.1502	0.273	-0.0153	-0.0083	0.4093	0.0083	0.2965	3.9725	29.9361	-30.6784
7	4.1102	-2.1579	-0.2405	3.2864	-0.4571	3.3884	0.2942	0.258	0.0072	-0.1955	-0.3582	-0.2391	-0.3018	0.2835	0.0945	0.3426	-0.0533	0.002	0.3646	-0.0094	0.2428	-2.1944	30.5079	-29.2576
8	5.2898	0.3659	-1.0023	3.3445	-0.5579	1.7421	-0.6475	0.377	0.0257	-0.2273	0.2626	-0.8057	-0.588	0.7108	0.5919	0.7834	0.1525	0.1446	1.8188	0.0754	0.731	13.5587	23.5231	-42.2414
9	7.6868	1.0219	0.2265	3.1481	0.9706	4.4546	-0.4646	-1.1099	0.8203	0.1783	0.5572	1.1808	-0.3376	-0.9724	0.4162	0.3194	0.0181	0.0431	0.6698	-0.0304	0.6254	-21.385	26.589	-6.5405
10	3.0978	-0.2357	-0.2106	3.719	0.9194	3.3085	0.1754	-1.0101	0.1693	0.7181	-0.3811	-0.1255	0.1167	0.0243	0.1434	0.2522	-0.099	0.0109	0.6204	-0.0206	0.3022	-7.4742	22.5684	-1.1938
11	0.6499	0.9013	0.8612	1.6805	0.5897	2.1951	0.085	0.0055	-0.3269	0.0594	0.1528	-0.457	0.2805	0.4092	-0.1927	0.2468	0.0569	-0.0312	0.366	-0.041	0.4024	0.516	7.0583	-29.441
12	0.8545	0.4045	0.6806	1.1636	0.7767	1.0988	0.0587	-0.372	0.062	0.0058	-0.0566	0.053	-0.07	0.0931	0.007	0.2367	-0.0242	-0.0317	0.3558	-0.0066	0.2759	-7.6639	21.4805	-16.4086
13	0.7362	-0.5594	-0.5922	2.1193	1.104	2.6156	-0.0646	-0.1151	-0.3997	-0.3654	0.3217	-0.3168	0.434	0.6338	-0.1013	0.3115	0.0998	-0.1004	0.4135	-0.0119	0.4037	3.5701	6.7088	-22.4022
14	0.9458	-0.083	-0.1882	4.2018	2.01	2.5215	0.0883	-0.4133	-0.035	0.4868	0.101	-0.2816	0.0846	0.2956	-0.0396	0.2483	-0.0239	-0.0507	0.5921	0.0289	0.3239	-2.166	18.6961	-8.4114
15	3.4048	-1.8451	-0.2787	3.607	0.6231	2.9456	0.1802	-0.2241	0.3897	-0.1183	-0.1769	-0.1421	-0.3453	0.1877	-0.026	0.3064	-0.0102	-0.0374	0.5262	-0.0367	0.2716	-4.8531	27.4764	-8.0222
16	2.0275	0.0078	0.2513	0.4591	0.2031	2.2045	0.1079	-0.0079	-0.0513	0.0766	-0.0506	-0.1877	0.146	0.2655	0.0861	0.2209	-0.0435	-0.02	0.4565	0.0269	0.2988	-0.1762	20.5457	-13.3063

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 13 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 14 through 41 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 42 through 58 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 59 through 74 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 75 through 115 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 116 through 129 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 130 through 146 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 150 through 156 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid -4 through 5 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 6 through 17 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 18 through 58 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 59 through 85 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 86 through 99 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 100 through 112 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 113 through 125 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 126 through 142 )	B

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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