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- PDB-4rlu: Crystal Structure of (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase HadAB heter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rlu
タイトルCrystal Structure of (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase HadAB hetero-dimer from Mycobacterium tuberculosis complexed with 2',4,4'-trihydroxychalcone
要素((3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit ...) x 2
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / double hotdog fold / (3R)-hydroxyacyl-ACP binding / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


(3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Dehydratase subunit HadA-like / N-terminal of MaoC-like dehydratase / N-terminal half of MaoC dehydratase / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2',4,4'-TRIHYDROXYCHALCONE / TRIETHYLENE GLYCOL / (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB / : / UPF0336 protein Rv0635
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.198 Å
データ登録者Li, J. / Dong, Y. / Rao, Z.H.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2015
タイトル: Molecular basis for the inhibition of beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase HadAB complex from Mycobacterium tuberculosis by flavonoid inhibitors.
著者: Dong, Y. / Qiu, X. / Shaw, N. / Xu, Y. / Sun, Y. / Li, X. / Li, J. / Rao, Z.
履歴
登録2014年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadA
B: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4766
ポリマ－32,8272
非ポリマー6494
水2,612145
1
A: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadA
B: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB
ヘテロ分子

A: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadA
B: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,95112
ポリマ－65,6544
非ポリマー1,2978
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.376, 82.376, 141.509
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-205-

HOH

-
要素

-
(3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadA / Rv0635


分子量: 17465.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: hadA, P425_00663, RVBD_0635 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: I6Y8B9, UniProt: P9WFK1*PLUS, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
#2: タンパク質 (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB / Rv0636


分子量: 15361.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: hadB, P425_00664, Rv0636, RVBD_0636 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: I6WYY7, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

-
非ポリマー , 4種, 149分子

#3: 化合物 ChemComp-HCC / 2',4,4'-TRIHYDROXYCHALCONE / 2′,4,4′-トリヒドロキシカルコン


分子量: 256.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12O4
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.36 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES, pH 7.5, 26% w/v PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月15日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.198→50 Å / Num. obs: 25514 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 42.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.067 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.198-2.289.60.41925031.021100
2.28-2.379.60.37225011.0691100
2.37-2.489.50.27125091.071100
2.48-2.619.50.20825051.0821100
2.61-2.779.50.14925401.0451100
2.77-2.999.40.10725201.0771100
2.99-3.299.40.07625561.0341100
3.29-3.769.20.05725701.019199.8
3.76-4.7490.04725601.1198.5
4.74-508.60.03227501.155198.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4RLJ

4rlj


解像度: 2.198→36.657 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2131 1294 5.08 %RANDOM
Rwork0.1855 ---
obs0.1868 25449 99.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.28 Å2 / Biso mean: 52.2593 Å2 / Biso min: 28.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.198→36.657 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2277 0 45 145 2467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032384
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7113230
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.479848
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.198-2.28610.25891370.227826522789100
2.2861-2.39010.27671430.224226232766100
2.3901-2.51610.21351510.225326322783100
2.5161-2.67370.25721550.220426292784100
2.6737-2.880.24691530.213226412794100
2.88-3.16970.23811400.212626822822100
3.1697-3.6280.22591450.185526872832100
3.628-4.56960.1741410.16272723286499
4.5696-36.66250.19361290.16322886301599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.19181.54963.09422.87980.37563.89050.25380.45590.38840.0024-0.1783-0.5238-0.581.1284-0.1060.6357-0.21990.03360.70370.1030.66126.359634.9-39.3636
20.97570.29170.01052.1622-0.24941.3722-0.07650.05980.0076-0.1299-0.06530.1518-0.1426-0.1240.05440.3492-0.0178-0.03970.3519-0.02530.3049-16.15521.2074-32.9241
34.6767-1.66710.04652.4060.1731.69240.4156-0.5042-0.50340.5839-0.20590.38670.0911-0.18590.04230.3892-0.06880.05890.4250.01130.404-17.344315.1586-19.3916
49.82070.07-0.83293.03651.55332.8328-0.0946-0.43090.81480.1866-0.15950.2367-0.3029-0.53890.12810.33450.0193-0.01150.5174-0.07850.3951-21.918323.544-20.6815
56.37910.5967-4.12813.5084-2.04136.81820.06580.42890.3618-0.11570.099-0.3771-0.49550.0326-0.16140.4427-0.04230.01470.4213-0.03640.3946-3.362725.1305-37.1353
63.4127-0.064-0.71992.0513-0.61275.5768-0.00720.0556-0.0923-0.19210.0586-0.42290.43190.9027-0.05450.3942-0.03410.01840.5377-0.0360.49774.039423.1249-32.086
76.05351.4250.55281.35960.44943.6180.0151-0.26720.0323-0.0565-0.43980.5402-0.5865-0.42920.43840.37110.04030.0350.4127-0.06310.4413-17.190530.4553-26.7588
84.61791.06230.30832.40990.31962.9764-0.0007-0.26290.04310.1097-0.1471-0.3425-0.35460.65950.13350.505-0.12810.02480.5447-0.00160.53583.07532.6069-32.7393
93.1523-3.74651.50014.4458-1.50242.3439-0.3510.7266-0.26450.1754-0.0908-0.3037-0.04920.81920.3410.4124-0.0446-0.00660.58960.06080.4254.354529.6715-30.8189
108.3819-5.3310.28455.4885-0.94413.5848-0.00790.06160.32950.1184-0.1401-0.3752-0.14990.13590.09730.4552-0.0927-0.01930.4045-0.050.3773-3.14531.026-29.101
111.54750.56290.83863.1422-0.05520.49930.04090.25550.05250.1508-0.0151-1.38450.28190.7741-0.46741.11490.07720.26191.487-0.02781.073313.153522.3106-42.33
122.7988-1.4307-1.28386.50811.23234.4337-0.8354-1.64451.15310.42810.60621.1554-0.5468-0.9501-0.03840.4370.05850.02950.7536-0.11810.7517-21.566526.5607-6.6888
134.112-0.95320.27234.3043-0.36582.4774-0.0795-1.15240.31441.0487-0.32720.02150.11310.02760.31630.3776-0.09160.00070.7845-0.06820.4694-7.586222.6338-1.4093
141.4740.56850.55631.59741.01932.98240.0357-0.035-0.23050.01160.0952-0.22340.13820.2868-0.12380.30480.0066-0.03350.3947-0.01670.3955-2.711112.5899-24.7264
153.15960.92660.63649.70583.08814.15090.0933-0.1244-0.53780.04470.2999-0.51340.3110.5031-0.33220.41410.102-0.10270.5818-0.05510.46873.48766.972-22.5965
162.5475-0.7802-0.41219.43774.9094.54720.07-0.6542-0.13070.77730.1984-0.6790.26170.4064-0.32790.3403-0.0002-0.05570.68750.02850.4258-2.270418.7195-8.5945
173.56120.01330.43750.7405-0.9173.40230.1978-0.51230.50840.0106-0.1648-0.1671-0.56470.3401-0.10860.4567-0.0396-0.02260.672-0.0840.3541-5.009227.4974-8.1666
181.4640.3125-0.88431.9852-0.37182.5857-0.0466-0.15770.05740.40350.0033-0.41660.24410.5722-0.06380.41290.0197-0.06660.683-0.01710.48245.567214.4392-15.3069
197.394-3.6713-2.64654.09022.26535.23850.1369-0.38510.5978-0.2978-0.1029-0.1151-0.5097-0.4402-0.07880.3887-0.0337-0.04020.6294-0.03330.4805-8.213228.7496-10.7724
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 13 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 14 through 31 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 32 through 41 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 42 through 58 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 59 through 74 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 75 through 93 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 94 through 102 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 103 through 115 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 116 through 129 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 130 through 145 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 146 through 156 )A0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid -4 through 5 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 6 through 17 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 18 through 85 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 86 through 99 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 100 through 112 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 113 through 125 )B0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 126 through 134 )B0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 135 through 142 )B0

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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