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Yorodumi- PDB-4rlu: Crystal Structure of (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase HadAB heter... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4rlu | ||||||
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Title | Crystal Structure of (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase HadAB hetero-dimer from Mycobacterium tuberculosis complexed with 2',4,4'-trihydroxychalcone | ||||||
Components | ((3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit ...) x 2 | ||||||
Keywords | LYASE/LYASE INHIBITOR / double hotdog fold / (3R)-hydroxyacyl-ACP binding / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.198 Å | ||||||
Authors | Li, J. / Dong, Y. / Rao, Z.H. | ||||||
Citation | Journal: Protein Cell / Year: 2015 Title: Molecular basis for the inhibition of beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase HadAB complex from Mycobacterium tuberculosis by flavonoid inhibitors. Authors: Dong, Y. / Qiu, X. / Shaw, N. / Xu, Y. / Sun, Y. / Li, X. / Li, J. / Rao, Z. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4rlu.cif.gz | 136.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4rlu.ent.gz | 107.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4rlu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4rlu_validation.pdf.gz | 661.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4rlu_full_validation.pdf.gz | 662.6 KB | Display | |
Data in XML | 4rlu_validation.xml.gz | 14.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4rlu_validation.cif.gz | 20.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/4rlu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/4rlu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4rljSC 4rltC 4rlwC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-(3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | ( Mass: 17465.385 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) Gene: hadA, P425_00663, RVBD_0635 / Plasmid: pRSFDuet-1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: I6Y8B9, UniProt: P9WFK1*PLUS, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase |
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#2: Protein | ( Mass: 15361.449 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) Gene: hadB, P425_00664, Rv0636, RVBD_0636 / Plasmid: pGEX-6p-1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: I6WYY7, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase |
-Non-polymers , 4 types, 149 molecules
#3: Chemical | ChemComp-HCC / | ||||
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#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.66 Å3/Da / Density % sol: 66.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 100 mM HEPES, pH 7.5, 26% w/v PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-5A / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 15, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.198→50 Å / Num. obs: 25514 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 42.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.067 / Net I/σ(I): 14.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4RLJ Resolution: 2.198→36.657 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.33 / Phase error: 20.72 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 130.28 Å2 / Biso mean: 52.2593 Å2 / Biso min: 28.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.198→36.657 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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