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- PDB-4rle: Crystal structure of the c-di-AMP binding PII-like protein DarA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rle
タイトルCrystal structure of the c-di-AMP binding PII-like protein DarA
要素Uncharacterized protein YaaQ
キーワードUNKNOWN FUNCTION / PII-like / cdiAMP
機能・相同性
機能・相同性情報


Cyclic-di-AMP receptor / Cyclic-di-AMP receptor / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2BA / NICKEL (II) ION / Cyclic di-AMP receptor A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Dickmanns, A. / Neumann, P. / Ficner, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Identification, Characterization, and Structure Analysis of the Cyclic di-AMP-binding PII-like Signal Transduction Protein DarA.
著者: Gundlach, J. / Dickmanns, A. / Schroder-Tittmann, K. / Neumann, P. / Kaesler, J. / Kampf, J. / Herzberg, C. / Hammer, E. / Schwede, F. / Kaever, V. / Tittmann, K. / Stulke, J. / Ficner, R.
履歴
登録2014年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22015年2月11日Group: Database references
改定 1.32019年9月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rsym_value
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein YaaQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6703
ポリマ－12,9531
非ポリマー7172
水2,612145
1
A: Uncharacterized protein YaaQ
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein YaaQ
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein YaaQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0109
ポリマ－38,8583
非ポリマー2,1516
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area7810 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area17710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.521, 56.521, 58.201
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

NI

21A-354-

HOH

31A-369-

HOH

41A-405-

HOH

51A-419-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein YaaQ / DarA


分子量: 12952.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU00290, yaaQ / プラスミド: pWH844 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37538
#2: 化合物 ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate / c-di-AMP


分子量: 658.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O12P2
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.63 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1-0.2 M sodium tartrate, 16-20% PEG5000, 10 mM DTT, vapor diffusion, sitting drop, temperature 292K
PH範囲: 7.0-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→37.461 Å / Num. all: 26017 / Num. obs: 26017 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 14.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.025 / Χ2: 0.977 / Net I/σ(I): 38.86
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.3-1.350.17610.49176322789100
1.35-1.40.12614.25151112377100
1.4-1.50.09218.38238463875100
1.5-2.660.02746.119387113886100
2.66-3.240.0275.519256137799.6
3.24-3.820.0274.23767656100
3.82-4.40.02283.5248636099.7
4.4-140.02577.44478667599.7
14-170.01870.9246888.9
170.01655.61521493.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M05

3m05


解像度: 1.3→37.461 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / σ(I): 0 / 位相誤差: 15.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1545 911 3.5 %RANDOM
Rwork0.1296 ---
obs0.1305 26015 99.93 %-
all-26017 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 326.4 Å2 / Biso mean: 37.0171 Å2 / Biso min: 9.17 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→37.461 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数901 0 45 145 1091
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091092
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4691500
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054168
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.624454
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.3-1.36860.17391300.116735753705
1.3686-1.45430.15981290.108835643693
1.4543-1.56660.15311290.101735733702
1.5666-1.72420.15861310.10336013732
1.7242-1.97370.14161290.113635643693
1.9737-2.48660.1441310.141735893720
2.4866-37.47680.16041320.140636383770
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.963 Å / Origin y: 5.402 Å / Origin z: 108.046 Å
111213212223313233
T1.0871 Å20.4224 Å2-0.2868 Å2-0.3752 Å2-0.0763 Å2--1.3349 Å2
L3.1175 °2-0.04 °24.5085 °2-1.7071 °22.0682 °2--9.6702 °2
S-1.9985 Å °3.4292 Å °1.2309 Å °-0.9388 Å °1.0337 Å °-1.4214 Å °-2.6943 Å °2.1038 Å °-2.1361 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ( CHAIN A AND RESID 74:88 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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