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万見
- PDB-4rld: Crystal structure of kkf mutant of bla G 2 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rld
タイトルCrystal structure of kkf mutant of bla G 2 protein
要素Aspartic protease Bla g 2
キーワードHYDROLASE / Bla G 2 / Allegen
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / lysosome / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #1960 / Pepsin-like domain / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Eukaryotic aspartyl protease / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase domain superfamily / Immunoglobulin-like ...Immunoglobulin-like - #1960 / Pepsin-like domain / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Eukaryotic aspartyl protease / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase domain superfamily / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aspartic protease Bla g 2
類似検索 - 構成要素
生物種Blattella germanica (チャバネゴキブリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Li, M. / Gustchina, A. / Pomes, A. / Wlodawer, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: to be determined
著者: Li, M. / Gustchina, A. / Pomes, A. / Wlodawer, A.
履歴
登録2014年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartic protease Bla g 2
B: Aspartic protease Bla g 2
C: Aspartic protease Bla g 2
D: Aspartic protease Bla g 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,22912
ポリマ－144,2704
非ポリマー1,9598
水64936
1
A: Aspartic protease Bla g 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5573
ポリマ－36,0681
非ポリマー4902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aspartic protease Bla g 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5573
ポリマ－36,0681
非ポリマー4902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Aspartic protease Bla g 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5573
ポリマ－36,0681
非ポリマー4902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Aspartic protease Bla g 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5573
ポリマ－36,0681
非ポリマー4902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Aspartic protease Bla g 2
B: Aspartic protease Bla g 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1156
ポリマ－72,1352
非ポリマー9804
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area27660 Å2
手法PISA
6
C: Aspartic protease Bla g 2
D: Aspartic protease Bla g 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1156
ポリマ－72,1352
非ポリマー9804
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area28180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.819, 75.410, 339.852
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Aspartic protease Bla g 2 / Allergen Bla g II


分子量: 36067.539 Da / 分子数: 4 / 断片: Bla G 2 / 変異: K132A, K251A and F162Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Blattella germanica (チャバネゴキブリ)
プラスミド: PGAPZAC / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115
参照: UniProt: P54958, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.55 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG8k, 0.2 M Mg Acetate, 10mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月20日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 39171 / Num. obs: 34481 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.5 % / Num. unique all: 1730 / Rsym value: 0.298 / % possible all: 45.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345serguiデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 35.02 / SU ML: 0.302 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.436 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25674 1074 3.1 %RANDOM
Rwork0.19588 ---
obs0.19775 33408 88.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.338 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.18 Å20 Å20 Å2
2--2.22 Å20 Å2
3----1.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10156 0 116 36 10308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02210540
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1811.9514352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4551316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.14625.21476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.814151640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9721528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21624
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218040
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5561.56528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.092210588
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.42534012
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6054.53764
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 35 -
Rwork0.29 1123 -
obs--41.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.97520.47320.27481.3210.10840.94270.05890.1120.01560.2220.05370.1473-0.0692-0.0894-0.11260.08190.02880.0660.03290.02630.057124.267511.231483.1002
21.2604-0.0730.21350.67450.01492.1928-0.00730.1037-0.0513-0.15250.0867-0.10960.11850.0716-0.07950.0939-0.03710.05280.0748-0.02380.047644.28971.437351.7287
32.01760.3550.65491.29681.01832.06030.0026-0.2295-0.11760.0092-0.0230.01540.15120.30640.02040.14350.01750.04920.31250.04290.029947.90315.54949.9569
41.50181.77430.60255.53342.30462.2653-0.0826-0.1530.30390.0292-0.10660.5824-0.3355-0.10680.18920.29330.0561-0.02020.2084-0.0380.146924.34430.743326.7076
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-8 - 327
2X-RAY DIFFRACTION2B-8 - 327
3X-RAY DIFFRACTION3C-8 - 327
4X-RAY DIFFRACTION4D-8 - 327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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