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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rl1
タイトルStructural and functional analysis of a loading acyltransferase from the avermectin modular polyketide synthase
要素Type I polyketide synthase AVES 1
キーワードTRANSFERASE / hydrolase / ferredoxin-like fold / acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase dimerisation element domain / : / Polyketide synthase dimerisation element domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase extender module SpnB, Rossmann fold domain / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain ...Polyketide synthase dimerisation element domain / : / Polyketide synthase dimerisation element domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase extender module SpnB, Rossmann fold domain / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / PKS_PP_betabranch / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type I polyketide synthase AVES 1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avermitilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, F. / Wang, Y. / Zheng, J.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural and functional analysis of the loading acyltransferase from avermectin modular polyketide synthase.
著者: Wang, F. / Wang, Y. / Ji, J. / Zhou, Z. / Yu, J. / Zhu, H. / Su, Z. / Zhang, L. / Zheng, J.
履歴
登録2014年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type I polyketide synthase AVES 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7541
ポリマ－39,7541
非ポリマー00
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.210, 74.290, 82.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Type I polyketide synthase AVES 1


分子量: 39753.891 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-354 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis (バクテリア)
株: ATCC 31267 / 遺伝子: aveA1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q79ZN1, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.75
詳細: 3.4 M sodium formate, pH 6.75, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97891 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 20229 / Num. obs: 20108 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2-2.114.90.2098.12902199.9
6-314.10.05622.5650190

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
PHASERMR位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HG4

2hg4


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 10.751 / SU ML: 0.138 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24155 1022 5.1 %RANDOM
Rwork0.20788 ---
obs0.20968 19000 99.01 %-
all-19191 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.141 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.9 Å20 Å2-0 Å2
2---1.46 Å20 Å2
3---4.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2392 0 0 58 2450
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192446
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3911.973347
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.70335412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9585316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.02222.47497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.38915368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1651524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9791.4481270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9621.4461269
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9122.161584
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9112.1621585
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1341.8251176
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1331.8261177
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5832.6091764
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.66313.98310728
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.66313.95510709
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 74 -
Rwork0.276 1413 -
obs--99.87 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -22.9699 Å / Origin y: -0.3675 Å / Origin z: -2.4362 Å
111213212223313233
T0.1259 Å2-0.0043 Å20.0027 Å2-0.106 Å20.0116 Å2--0.0096 Å2
L0.9265 °20.0767 °20.0056 °2-0.3673 °20.0538 °2--0.0547 °2
S-0.0184 Å °-0.0514 Å °0.0551 Å °-0.0381 Å °0.0071 Å °0.0415 Å °0.0436 Å °0.0366 Å °0.0112 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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